相比三孔，尼山孔廟要低調得多，它位于曲阜市東南約28公裏處的尼山東麓。據資料介紹，尼山原名尼丘山，因孔子名丘，爲避聖諱，故名更名爲尼山。其山並不高大，海拔僅有300余米，正可謂“山不在高，有仙則名。水不在深，有龍則靈”。因這裏誕生了我國偉大的思想家、政治家、教育家孔子，所以這座並不算巍峨的小山，卻成爲名揚世界的儒家名山。
大成殿
尼山孔廟總共有五進院落，裏面的殿堂共有80余間。前爲石構棂星門，門前石橋旁建碑亭，立有《重修尼山孔子廟記》碑。最著名的建築是大成殿，是祭祀孔子的主要場所，始建于宋慶曆三年，現在我們看到的是清道光年間重修的建築。大殿爲單檐黃瓦歇山頂，檐下有鬥拱，前檐柱爲石質，八角形，每面均爲淺刻小幅雲龍。殿內供奉孔子及四配，神龛及塑像爲1989年複制，原像等在“文革”初期被毀。殿前有元代石幢，記載了當時的修廟、祀廟的曆史情況。
觀川亭始建于金明昌五年，現在我們看到的建築是清朝重修的建築。整體爲方形，木架無鬥拱，單檐灰歇山頂。觀川亭東臨沂水，下臨懸崖，視野開闊，憑欄遠眺，似乎還能感受到當年孔子在此望川的情景。
啓聖殿前有兩棵古柏，據工作人員介紹說，其樹齡已超過千年，是唐朝（甚至更早些時候）栽植的，見證了多年朝代的更叠，而這座孔廟卻依如昔年一樣，每天都會迎來五湖四海的儒家門客前來參觀祭祀。
尼山書院
在尼山孔廟的後面，有一座尼山書院，是曆代儒家學者講學的地方，據史書記載，書院之名始于唐代，而書院制度卻形成于宋朝，而尼山書院也在宋代興起，之所以建築在尼山孔廟之後，主要是因爲孔子是曆代尊崇的文化聖人，故有特別意義。尼山書院爲學長（正八品官銜）管理，以《四書》、《五經》爲基本教材，爲一地方的教育中心，爲著名學者研討學問的勝地。
夫子洞
在觀川亭東側崖下，有一個曾名爲“坤靈洞”的天然山洞，相傳孔子曾在此降生，所以後人都將其稱爲“夫子洞”，這也是這個景區的一大著名景點。相傳孔子的母親在尼山祈禱之後，不久便懷孕了。然而當孔子出生後，因爲孔子的母親與父親年齡相差太大而不被世人接受，加上孔子的父親覺得孔子長的太醜，故而將其遺棄于尼山的這個天然石洞之中。
“龍生虎養鷹打扇”的傳說是否真實存在，我們無法考證，但有趣的是，這個並不算大的石洞中，卻有著天然形成的石床、石枕，仿佛真的有人在裏面生活過一樣。現在這個石洞已經被列爲曲阜市級重點文物保護單位，外面還用木柵欄圍了起來，遊客只能遠觀，而不能你元代楊奂《東遊記》裏所記載的人“持火曳绠而入“，去”比三數丈，忽隙間有光，睹一室，口廣兩楹許”。