1965年的印尼軍政府之所以大肆屠華，導火索是當時軍方與蘇加諾總統、以及印尼共産黨的政治攤牌——即印尼史上著名的“930”政變。在這場政治搏殺中，以蘇哈托少將爲代表的軍方大獲全勝，蘇加諾總統從此淪爲傀儡，而作爲蘇加諾盟友的印共，則被軍方強力清繳，包括黨領袖艾地在內的三十萬黨員被殺，黨組織被摧毀，印共從此走向敗亡。
之所以如此，是基于以下幾方面原因：
首先，中國對印尼的影響力，主要構建在共産主義這個意識形態的基礎上，而並非民族和血緣。所以當時與中國親密的，主要是印共這個以底層印尼土著爲主要擁趸的無産階級政黨，以及蘇加諾政府。雖然印尼華人也有一些參加了印共，甚至蘇加諾政府，但這種加入也是基于自身政治信仰或者階級屬性，並不代表印華這個族群與印共、蘇加諾形成合作。
基于這種邏輯，雖然不乏印華個體加入印共乃至蘇加諾政府，但作爲一個族群，尤其是這個族群中占據大量社會資源的主流勢力，絕不可能成爲當時的中國政府，以及蘇加諾、印共的擁趸。所以，蘇哈托所謂印華與印共政變有瓜葛的說法，僅僅是一種借口罷了。他之所以如此，完全是基于自身利益考量。
面對這種困局，蘇加諾政府的手段是扶植印共，借印共之手，一方面可以打土豪分田地，削弱這些傳統地主的勢力，剝奪它們的資源；另一方面，則可以從蘇中這兩個外部勢力手中獲取援助（這個是直接給蘇加諾中央政府的），增強中央政府的實力。
可現在，蘇哈托爲首的軍方軟禁了蘇加諾，剿滅了印共，這樣一來，土改搞不成了，蘇中的援助沒有了。這種情況下，蘇哈托就得面對一個問題：它拿什麽來支撐自己的集權甚至獨裁？
當然，蘇哈托有軍隊，但軍隊也要用錢養。如果強行用軍隊去奪土著地主的利益，那首先必然會引發全國內戰；其次，這本身就是自毀長城——畢竟很多軍官本身就出自地主階級，而且地主階級也是支持蘇哈托上位的一大勢力。
所以，蘇哈托不能用武力強行解決問題。在這種情況下，它就必須另尋財源——而這個目標，就是華人。
基于上述考慮，蘇哈托在絞殺印共後，順帶著對印華舉起了屠刀。二十萬印華淪爲刀下之鬼，而他們多年積累的財富，也就進了軍政府和國庫，和蘇哈托們的腰包。
只不過，在65屠華結束後，印華與蘇哈托軍政府的關系，又出現了一個奇迹般的轉折——兩方居然重歸于好！
這是爲什麽？其實這還是雙方共同利益決定的。
就蘇哈托而言，在通過大屠殺撈夠了錢和政治資本後，他依然要面臨一系列問題：接下來印尼該怎麽走？自己的獨裁將如何長久維持？
首先，蘇哈托的軍政府需要錢來維持。雖然屠華可以撈一大筆，但這只是一次性的買賣，用不了多久就會坐吃山空。所以工商業依然要發展，印尼的工業化也必須啓動。
由于印華沒有政治勢力，只能依賴軍政府才能生存，所以蘇哈托們就可以在大發橫財的同時，增加中央政府對社會資源的掌控力度，這樣既增加了中央政府的權威，又可以推動社會經濟的發展。相反，印尼的土著地主，由于在經濟變革過程中被印華競爭，其經濟上的生存空間自然縮窄，實力相對削弱，最終會走向沒落，進而作爲一個階層被自然消解掉。
這就是蘇哈托的如意算盤。而就印華而言，他們的邊緣少數族群地位，以及印尼土著民衆對他們的排斥，決定了他們必須有一個強勢靠山才能存活。所以，即便蘇哈托當年的屠華之舉十分可惡，但在蘇哈托放下屠刀、抛出橄榄枝後，印華出于自身利益考量，也只能選擇依附于軍政府，成爲它們的附庸。
這就形成了印華現代史上畸形的“主公制度”——蘇哈托一方面將華人的政治文化權利剝奪殆盡，另一方面卻又在經濟上放寬了對華人的限制，簡單的說，就是華人企業家提供資金和技術，印尼裔的軍政官員提供經營許可證和政治保護。