傳統史學界在探尋上述曆史事件的原因和推動因素時，總是可以總結出勝利方有多麽英明睿智、未蔔先知，失敗方則是怎樣的昏招叠出、無可救藥。然而，假如沒有瘟疫的神助攻，也許就不會有勝利方的臨門一腳，那麽上述結論可能就會顛倒過來了。每當看到專家們按照傳統史學的思維方式發表的類似評論時，我仿佛聽到了瘟疫之神正在某個陰暗的角落，發出了詭異而輕蔑的冷笑。
一
歐洲人無不對1348年和1918年這兩個年份談之色變，前者是黑死病（1347-1353年）的高峰之年，這場黑死病殺死了當年歐洲約三分之一的人口。後者是曆史上最凶猛的流感大暴發的高峰之年，這場流感從歐洲開始蔓延至世界各地，吞噬了約5000萬條生命。
實際上傳染病改變曆史走向的事件常常發生，但耐人尋味的是，在傳統史學界的敘述中，傳染病的作用常常被完全忽略了。下面舉出幾個在學術界已得到廣泛認同的例子。
拿破侖大軍遠征俄國的失敗，是導致拿破侖帝國由盛轉衰並最終覆滅的轉折點。實際上擊倒拿破侖大軍的頭號功臣是斑疹傷寒將軍，這場在法國大軍中肆虐的斑疹傷寒疫情，曾創造了每天殺死法軍6000人的記錄，無論是導致法軍死亡的數量，還是在法軍中所引發的恐慌和戰鬥力喪失，都比敵軍的作用要大得多。
另一個典型例子是1918年全球大流感在第一次世界大戰中的影響。蘇維埃革命使德國人結束了東線戰事，得以將全部力量聚集到西線。爲了在美國人全面參戰之前結束戰事，德軍于1918年春季在西線發動了猛烈的攻勢，一度進逼到巴黎郊區。但來勢凶猛的流感大暴發，放倒了德軍一半以上的士兵，使德軍精心策劃的“最後一擊”化爲泡影，雖然英法軍隊也飽受流感的折磨，但對于需要時間等待美國全面參戰的英法來說，這場大流感卻來得太是時候了。很多戰爭史專家認爲，如果沒有這場大流感的阻擊，德國很可能會成爲第一次世界大戰的最終贏家。
三國時期的赤壁之戰在中國婦孺皆知，然而瘟疫在這場戰爭中的作用卻很少有人知曉。《三國志-魏書-武帝紀第一》中明確記載了曹軍的真正敗因“公至赤壁，與備戰，不利。于是大疫，吏士多死者，乃引軍還。”也就是說，曹軍在赤壁之戰中吃了敗仗不假，但並沒有因此導致一敗塗地，真正迫使曹軍敗走的原因是“大疫”。至于華容道捉放曹之類的情節，純屬小說家的文學創作了。
明朝亡于天災的說法，是現代明史研究者普遍認同的觀點。盡管“小冰河期”的幹冷氣候和頻發的旱災，助推了明朝的衰亡過程，但鼠疫卻在明朝的最後時刻砍出了最關鍵的一刀。明末鼠疫發生于1633年的山西，並于1641年蔓延到北京周邊地區。1643年底，更恐怖的事情發生了，傳播力和殺傷力更強的肺鼠疫逐漸取代了腺鼠疫。1644年春，鼠疫在北京達到流行高峰，累計已造成北京20-30%的人口死亡，出現了“人鬼錯雜，日暮人不敢行”的人間地獄景象。就在此時，李闖王大軍撞上大運，輕而易舉地攻陷了這座原本城防堅固、防衛森嚴的帝都。然而當志得意滿的李自成坐在皇帝的寶座上之時，瘟疫的幽靈已經滲入到他的大軍之中。結果，一貫作戰頑強骁勇的大順農民軍，在鼠疫的侵襲下竟然短時間內戰鬥力大減，慘敗于多爾衮和吳三桂的聯軍，使北京城在短短一個多月就更換了兩次主人。李自成及其軍隊爲何在這麽短的時間內就突然“腐化”了，一直是曆史學界討論的熱門話題，直到近10多年來，鼠疫這個幕後推手才被人推到了曆史研究的前台。
二
縱觀中國“二十五史”及各地地方志等史籍所記載的傳染病疫情記錄，總體趨勢是年代越往後，被記載的疫情就越多。這並不能說明疫情的頻率在中國曆史上呈現越來越高的趨勢，而更可能是因爲越往後的年代，史料記載就越詳細，疫情被遺漏的幾率就越小。但是有兩個時代，疫情次數與之前的時代相比呈現大幅度的增長，甚至高于其後的時代，說明這兩個時代確實是曆史上傳染病的高峰期。
第一個時代是東漢末期到三國初。實際上從東漢中期開始，傳染病疫情已經出現了發生頻率越來越高、強度越來越大的趨勢，並在東漢末年達到了疫情流行的最高峰。東漢最後三十年，有記載的全國性大瘟疫發生了12次，小規模的地方性疫情則不計其數。204-219年是最可怕的年代，在瘟疫的蹂躏之下，很多地方的人口死亡率達到50%甚至更高，強度甚至可能高于歐洲14世紀中期的黑死病。醫聖張仲景在《傷寒卒病論》中描述“余宗族素多，向逾二百，自建安以來，猶未十年，其亡者三分之二，傷寒十居其七”。東漢末年到三國初年，是中國有文字記載的三千多年曆史上人口減少最劇烈的年代，人口從6000多萬驟減到1500萬以下，而瘟疫可能是這個苦難年代的頭號殺手，在減少人口方面的作用可能超過了戰爭和饑荒。
那麽，東漢末期的大瘟疫究竟是什麽傳染病造成的呢？目前有鼠疫、流行性出血熱、傷寒、流感等多種說法，也有人認爲是一種已經消失的古代傳染病。從多數病死者的症狀來看，這是一種由哺乳動物作爲病毒宿主傳播，以突發高熱和劇烈呼吸道症狀爲主要特征，並出現血斑瘀塊的傳染病。結合症狀及其高致死率的特點，推斷爲鼠疫的可能性最大。當然，個人認爲應該是多種傳染病混合流行，以鼠疫爲主要致死病種。
第二個恐怖的大瘟疫時代，前面也已經描述過，就是明末清初。這一次的主要流行病種比較明確，是鼠疫和天花這兩種古代最可怕的殺手接踵而至，輪流肆虐于神州大地。從萬曆年間開始，傳染病疫情出現了發生頻率逐漸增加，烈度逐漸提高的趨勢，在崇祯年間達到了最高峰。
明末清初一系列令人目不暇接的大事件，背後都有瘟疫忙碌的身影。除了鼠疫直接導致了北京城的意外淪陷和李自成軍隊的迅速“腐化”之外，天花也殺死了順治皇帝、多铎等政壇大佬，而康熙皇帝被選爲接班人的主要原因，就是他已經出過天花，不用擔心被感染了。從現有記載來看，兩大殺手似乎有所“分工”。鼠疫在底層民衆和士兵中的沖擊更廣，而天花則對上層政治人物的打擊更大。明末大鼠疫的發生，說起來也是一個徹頭徹尾的悲劇，饑荒中的民衆，爲了避免餓死，挖開了老鼠洞，吃掉了老鼠及其儲藏的食品，而老鼠則留下了鼠疫杆菌，作爲報複人類社會的工具。
三
那麽，東漢末三國初、明末清初這兩個時代，爲何會成爲中國曆史上最恐怖的大瘟疫時代？這兩個時代與曆史上其它時代相比，有何獨特之處？這兩個時代之間又有何共同點？首先會被提到的是，這兩個時代都是著名的亂世，大災之後必有大疫，戰爭、災荒之後必定會發生疫情，這在中國古代基本已成爲規律。問題在于，中國曆史上的亂世也有很多，爲何就這兩個時代的疫情特別強烈，達到了古代傳染病發病強度的頂峰？
如果我們從大尺度來觀察中華文明的發展曆程，我們會發現，東漢末三國初、明末清初這兩個時代，恰恰有一個共同點，都是中華文明對外交流的範圍發生質的變化之後，所面臨的第一個亂世。自從漢武帝時期鑿空西域，漢宣帝首次在西域設立管理機構之後，中亞就已被納入中華文明的輻射範圍。不過當時西亞和地中海區域尚處于混戰狀態，絲綢之路並未真正形成。東漢中期，漢帝國的勢力再次深入中亞，此時羅馬帝國和安息帝國已分別在地中海區域和西亞建立了穩定的秩序，絲綢之路真正貫通了。對于中國來說，這意味著從孤立于東亞大陸一隅，轉變爲亞歐大陸核心區經貿文化交流鏈條中的重要成員，是中華文明對外交流範圍的第一次質的變化。此後在蒙古帝國時期，由于帝國的擴張使歐亞大陸各地發生了更加緊密的交流，但影響所及的範圍並未明顯超出此前的狀況，不能算是一次質的飛躍。
第二次質的飛躍發生在明朝的後期。16世紀的地理大發現，開始將全球連結起來，西班牙人、葡萄牙人相繼建立了地跨各大洲的帝國。這個時期的中國看似內斂保守，實際上也在不自覺地卷入全球化進程之中。東南沿海的貿易規模不斷擴張，“倭寇”這種海上武裝走私集團大量湧現。澳門成爲西方人在中國的第一個立足點，西方傳教士也已經大批進入中國。
世界各地交流強度和範圍的擴大，既包括人員交流、商品交流的擴大，也包括物種交流、微生物交流的擴大。各地區難以避免會傳入一些新傳染病，或者舊傳染病的新亞種（明末的瘟疫，1918年的流感大流行，看似沒有新的傳染病病種發生，但很可能出現了新的亞種）。而對于這些新傳染病或新亞種，該地區的人口尚未有機會産生出免疫力，便導致了傳染病疫情的流行高峰。東漢末三國初、明末清初的傳染病流行高峰，用這種理論來解釋最爲靠譜。當然在世界範圍內更典型的例子，則是歐亞大陸各種傳染病對于美洲原住民的大屠殺了。
在人類曆史上，兩種情況下最有可能引入新的傳染病病種或亞種。一是與原本沒有交流（包括直接和間接交流）的地區和人群發生了密切的交流；二是與原本沒有接觸的動物發生了密切的接觸（主要是指馴養各種哺乳動物）。