近日有網友發現，京東商城下架了神舟電腦自營旗艦店全部商品，消費者無法在神舟電腦京東自營旗艦店搜索到任何商品。有媒體報道稱，神舟與京東目前仍就雙方的貨款一事在商談，尋求解決方案。雙方均表示暫時不再接受對外采訪，所有官方發布的信息均以此前的最新回應爲主。
神舟電腦表示，京東去年雙11要求“二選一”被拒絕，隨後對神舟産品進行降價銷售。結算時，京東要求神舟支付1559萬元返利，神舟不同意此部分返利，京東就扣下了神舟全部貨款。
本月20日，神舟電腦宣布起訴京東之後，@京東電腦數碼 回應稱，因神舟違反雙方簽署的産品購銷協議條款，導致其未結算貨款被暫緩支付。自2月10日以來，我們與神舟一直就爭議問題進行溝通。我們希望大家在遵守契約精神的前提下，合理合法地解決分歧。
2月20日，神舟宣布正式起訴京東，原因爲北京京東世紀貿易有限公司拖欠3.383 億元貨款。深圳市神舟電腦股份有限公司董事長吳海軍評論並轉發此條微博，稱欠賬還錢，天經地義。