包機機組准備執行航班（東航供圖）
東航于2月28日接到民航局重大辦的任務通知，立即向局方申請航路，完成一系列飛行報備工作，並與機場、海關等多家單位溝通協調，依托在此前多次救災物資運輸中積累的豐富經驗，快速開展運輸准備。
考慮到上海至卡拉奇飛行時間長、飛行距離遠，並且還要飛躍喜馬拉雅山脈，東航決定派出機隊中的全貨機旗艦機型波音747執飛包機–該機型最大航程可達1.4萬公裏、最長連續飛行時間達15.5小時以上。東航還選派了飛行經驗豐富、技術過硬的機組提前待命，召開航前准備會，評估、推演目標航線和目的地機場的飛行狀況、保障能力，形成相關應急預案，確保飛行安全。
3月7日至3月8日下午，承運物資分批抵達東航物流的上海浦東機場西區貨站，東航物流立刻啓動綠色通道，進行全程冷鏈存放保障，並高效完成收運、打板、托運等環節。3月9日淩晨2:13，全部物資順利完成裝載，CK5001航班按計劃騰空而起，飛往卡拉奇。
執飛本次航班的機長吳勤已安全飛行逾1.7萬小時，在應急運輸方面經驗豐富。他曾于2014年8月首飛西非三國，執行抗擊“埃博拉”疫情的包機運輸任務，還執行了2016年我國援助厄瓜多爾地震災區、2018年我國支援老撾阿速坡省潰壩事故的緊急空運救援物資任務。這一次，他又帶隊克服任務急、首飛航線陌生、當地機場設施簡陋、沿途地形複雜等諸多困難，出色完成任務，爲中巴友誼再次架起空中橋梁。