《外商投資法》第四條規定了准入前國民待遇和負面清單。其實這一點並無驚喜，因爲經過自由貿易試驗區的試驗，2016年全國人大常委會對三資法和《台灣同胞投資保護法》的修改，准入前國民國民待遇加負面清單已經是確定的外資准入規則，此前商務部也發布了普適負面清單和自貿試驗區負面清單，第四條只是重申。誠然，對准入前國民待遇和負面清單分別作了界定，是有積極意義的。
但如果將負面清單與“間接”投資聯系起來，就有一些值得研究的問題，主要是如何防止外商通過各種間接投資方式規避負面清單管理，對“間接”投資前文已經做了分析。是否可以實行穿透管理，穿透管理至哪一層，以什麽作爲穿透標准（股權、協議控制？），穿透是否僅限于負面清單規定的領域，管理的方式是許可還是備案等問題均可探討。
同時，目前尚有一些按照投資方式而非領域進行監管類分的規定。誠如《外商投資法》之“投資”——法律、條例和司法解釋一文所言，商務部《關于外國投資者並購境內企業的規定》規定了境內公司、企業或自然人以其在境外合法設立或控制的公司名義並購與其有關聯關系的境內的公司的關聯並購商務部審批制度。但在《外商投資法》負面清單管理制度項下，除金融等特殊領域外，只有列入負面清單的限制類和禁止類外商投資才需要介入准入管理。關聯並購，與負面清單管理的角度不一樣，不在限制類和禁止類的並購不屬于准入管理範圍，而商務部的規定不能與《外商投資法》抵觸，協調的方式可以是在負面清單裏作出規定。這也意味著負面清單的設計要更加精細。
《外商投資法實施條例》對負面清單的産生和發布做了明確規定，其第四條和第十一條規定，負面清單由國務院投資主管部門會同國務院商務主管部門提出，報國務院發布或者報國務院批准後由國務院投資主管部門、商務主管部門發布，對厘清相關部門職能意義重大。
《最高人民法院關于適用<中華人民共和國外商投資法>若幹問題的解釋》則對投資合同糾紛的司法裁判做了明確，而且將負面清單對合同效力的影響作爲重點。按照這個司法解釋，外商投資准入負面清單之外的領域形成的投資合同，當事人以合同未經有關行政主管部門批准、登記爲由主張合同無效或者未生效的，人民法院不予支持，這類投資合同即便簽訂于《外商投資法》施行前，只要人民法院在《外商投資法》施行時尚未作出生效裁判的，仍然應按照新法認定合同有效；外國投資者投資准入負面清單規定禁止投資的領域，當事人主張投資合同無效的，人民法院應予支持；外國投資者投資准入負面清單規定限制投資的領域，當事人以違反限制性准入特別管理措施爲由，主張投資合同無效的，人民法院應予支持，但如果在人民法院作出生效裁判前，當事人采取必要措施滿足准入特別管理措施的要求，投資合同依然有效；在生效裁判作出前，因外商投資准入負面清單調整，外國投資者投資不再屬于禁止或者限制投資的領域，當事人主張投資合同有效的，人民法院應予支持。整體上秉承從新、有利于合同的原則。
除了第四條，《外商投資法》第二十八條又重申了負面清單管理模式。第二十八條第三款規定，“外商投資准入負面清單以外的領域，按照內外資一致的原則實施管理”。這裏使用的是內外資一致原則，王晨副委員長在向全國人大做《外商投資法（草案）》解讀的時候也將內外資一致作爲一個特點，並列舉了多項草案條款以爲支撐。反觀《外商投資法》第四條第二款的規定則是，“國家對負面清單之外的外商投資，給予國民待遇”，與第四條第一款和第二款多次使用的准入前國民待遇相對應。那麽，內外資一致等于國民待遇嗎？似乎不一樣，後者是指“不低于“，第四條第二款已經明確。相較于國民待遇，內外資一致在國際上不是一種常見的提法，會否引起外國投資者的疑惑，可以探討。
進而言之， 在2016年修訂外資三法後，我國針對外商投資已經開始施行負面清單管理制度，2018年6月28日，國家發展和改革委員會和商務部頒布《外商投資准入特別管理措施（負面清單）》（2018年版），未列入負面清單的鼓勵類和允許類外商投資則執行備案制度。然則，外資備案執行發改委的《外商投資項目核准和備案管理辦法》和商務部的《外商投資企業設立及變更備案管理暫行辦法》，按照“內外資一致”的管理原則，《外商投資法》生效以後，應不能繼續使用僅針對外商投資企業的《外商投資企業設立及變更備案管理暫行辦法》（該辦法已經爲《外商投資信息報告辦法》廢止），但是對負面清單內需要辦理核准、備案的投資項目，按照《外商投資法實施條例》第三十六條，應按照國家有關規定執行，這裏的有關規定主要就是應指《外商投資項目核准和備案管理辦法。
進而，《外商投資法實施條例》對外商投資企業從准入到設立再到日常管理做了明確的職能劃分。按照《外商投資法實施條例》第三十五、三十六、三十七、三十八、三十九條，外商投資于依法需要取得許可的行業、領域，由負責實施許可的有關主管部門審核外國投資者的許可申請，外商投資于需要辦理核准、備案的投資項目，按照項目情況分別由國家發改委、省和其他地方政府核准，外商投資企業的注冊和變更登記，由市場監督管理部門進行，外商投資信息報告制度由商務主管部門執行。2019年12月30日，商務部、市場監管總局聯合制定了《外商投資信息報告辦法》，也于2020年1月1日生效了。商務主管部門基本撤出了企業登記環節，與市場監督管理部門各司其職。商務部門和市場監督管理部門亦在2019年12月31日分別發文明確了外商投資信息報告及外商投資企業登記注冊等具體工作的實施安排。