地鐵跨島線最終“直走”，直接穿過中央集水地帶自然保護區地底下，受訪自然愛好者直言，結果雖不是他們所向往的，但也不令人意外。他們希望當局下來對工程進行深入研究和施工時，能繼續參與其中，提出建議，協助減少對自然生態的影響。
自然愛好者許國豐（70歲，研究員）說，倘若在六年前，他會對“直透路線”的決定感到驚訝和激動，但過去多年，政府積極和他們溝通，進行了環境評估報告，也回應了他們對各方面，如土壤和水質等的擔憂。
“如今，我只能說，這個安排不是自然愛好組織所傾向的，但並不令人意外。與陸路交通管理局和政府對話時，我們提出了不少緩解措施……希望這些舉措能減少‘直走’安排對自然環境的沖擊。”。
許國豐指出，自然組織關注的其中一個問題是建築工程對瀕臨絕種的印度尼西亞葉猴（Raffles’ Banded Langur）穿行于溫莎自然公園和叢林之間的影響。但慶幸的是，陸交局接納了他們的建議，除了原則上同意將一些設施器材移到較不敏感的地方等，也將委任靈長類動物學家展開調查，了解葉猴會途徑的地點，及提出建議維持當中的銜接性。
許國豐說，自然組織希望繼續和陸交局保持緊密合作，參與下來深入工程研究和施工階段。
另一方面，盡管政府承諾會采取緩解措施，降低工程對環境的影響，但一些自然愛好者仍對這舉措有所保留。
野生動植物保護者薇爾瑪博士（Vilma D’ Rozario）說，“任何在自然保護區的發展將爲未來開啓先例，我們不該冒這個險……陸交局雖說已考慮各方面，這難以爭論，但我們不知道在熱帶雨林底下鑽隧道的長期影響。時間會告訴我們。我們要冒這個險嗎？”
問及跨島線工程是否開啓在自然保護區施工的先例，交通部兼衛生部高級政務部長藍彬明醫生昨晚受訪時表示，這須逐案審議，不能一概而論。
“我希望這不是相互合作的終點，相反的，只是個起點。我們下來將進行深入工程研究，之後，也希望和自然組織繼續合作，善用他們的專業知識和經驗，在規劃和建造隧道時，一同共創解決方案和緩解措施。”