盡管我國希望及早獲得疫苗，評估候選疫苗的安全性仍是首要考量。一般在接種兩劑疫苗後，會出現發燒、注射部位疼痛等不適，但這些其實是免疫反應帶來的副作用，並不代表疫苗是不安全的。
薛寒友解釋，疫苗的安全性和耐受性（tolerability）之間有明顯差別。“安全性關乎對個人造成實際傷害的事情，但耐受性是你可能有輕微發燒或頭痛，吃了藥隔天就好了……有些人會産生這些副作用，但這並不影響整體疫苗的安全性。”
陳世民說，從在動物到在人體上進行試驗，並逐漸擴大規模，疫苗的研發全程經過多重安全檢查，各個環節須嚴格遵守安全要求，這給予很大程度的保障。
“沒有任何一項研究是萬無一失的……重要的是落實有關機制，發生狀況時能按照標准作業程序采取行動，保護病患和之後接種疫苗的人。”
除了安全性和耐受性，薛寒友說，專家團也會綜合考慮其他因素，包括根據逐步公開的試驗結果，評估候選疫苗的有效性，以及我國是否能及早獲得該款疫苗等。“例如有些疫苗已經被其他地區大規模采購，因此我們會研究多個因素，才決定向政府建議采購哪款疫苗。”
在這之上，監管本地藥物的衛生科學局擁有獨立的審查機制。輝瑞疫苗日前已通過該局徹底和嚴謹的審核，並在大流行病特別采用程序（Pandemic Special Access Route）下獲得臨時批准。若有最新數據顯示這款疫苗的風險大于益處，衛生科學局可隨時終止臨時批准。
由于輝瑞疫苗和莫德納疫苗采用的信使核糖核酸（mRNA）是新技術，日前有人謠傳疫苗注射到人體後，會改變人體基因。
薛寒友澄清這是不可能的，這項技術無法改變人體基因，而且注射的mRNA疫苗很快就會被人體細胞吸收，並在48個小時內消失，因此不會留下長期作用。