6月1日，馬來西亞皇家空軍發布消息稱，5月31日16架中國軍用運輸機“進入領空”（原文：memasuki ruang udara），並稱這些軍機在南中國海上空進行“可疑”活動，對其主權和飛行安全“構成威脅”。
馬來西亞皇家空軍稱，5月31日11時53分，砂拉越防空中心的雷達偵察到這些飛機由伊爾-76和西安運-20戰略運輸機組成，彼此保持60海裏距離，以縱隊隊形飛行，而且當天剛好是馬國空軍慶祝63周年慶。 
（黃色箭頭是機群運動軌迹。圖源：馬來西亞皇家空軍） 馬國空軍稱，“之後，這些飛機改變方向，朝峇丁宜阿裏空域（Beting Patinggi Ali）飛行，這是屬于馬來西亞的主權空域”。 “在進入大馬海事轄區（ZMM）、亞庇飛航情報區和隨後飛向距離砂拉越海岸60海裏的地方之前，這些飛機在2萬3000英尺至2萬7000英尺的高度，以290節的速度，飛過新加坡飛航情報區（FIR）。”
【編注：飛航情報區FIR是國際認可的民航空管安排，以協調該區域內空中交通、提供情報預警服務包括天氣狀況、附近航空器位置以及對飛行的任何潛在危險。飛航情報區以管理該情報區的城市命名，如新加坡飛航情報區、胡志明飛航情報區、三亞飛航情報區、香港飛航情報區等。新加坡飛航情報區涵蓋南中國海的西南部分。】 馬國空軍聲稱，盡管向中方飛機發出了幾次指示信息，但中國空軍機群未遵照指示與區域空中交通管制員聯系，而是越過亞庇飛航情報區，朝砂拉越飛去。 下午1333時，機群飛向距離砂拉越邦沿岸60海裏時，納閩空軍基地鷹式208戰鬥機緊急升空，進行目視識別。 
（鷹式208戰機。圖源：馬來西亞皇家空軍） 
（進行目視識別。圖源：馬來西亞皇家空軍）
（進行目視識別。圖源：馬來西亞皇家空軍）
（進行目視識別。圖源：馬來西亞皇家空軍） 馬來西亞皇家空軍司令阿克巴將軍在文告中指出，盡管這些多次指示這些飛機與區域航空交通管制單位聯系，但它們並未遵從；基于亞庇飛航情報區內航線的空中交通密度，此次事件“嚴重威脅國家主權和航空安全”。 馬國外交部將提出外交抗議 馬來西亞外交部發文告指出，留意到馬國皇家空軍關于中國人民解放軍空軍16架軍機的報告。 馬國外長希山慕丁說，“根據大馬皇家空軍的文告，外交部將針對中華人民共和國政府的行爲，提出外交抗議。” 他表示，外交部將傳召中國駐馬大使，要求他針對此事做出解釋。
希山慕丁重申，大馬立場很明確，與任何國家建立友好外交關系，但並不意味著大馬將損害自己國家的安全，“大馬仍然堅定地捍衛我們的尊嚴和主權。” 中國駐馬使館：嚴格遵守國際法沒有進入他國領空 中國大使館發言人在答複媒體查詢時表示，據了解，這是中國空軍的例行飛行訓練活動，不針對任何國家。依據相關國際法，中國軍機在有關空域享有飛越自由。 發言人說，在此次訓練中，中國軍機嚴格遵守國際法有關規定，沒有進入他國領空。中馬是友好鄰邦，中國願同馬來西亞繼續通過雙邊友好協商，共同維護地區和平與穩定。
馬來西亞全國愛國者協會
批評當局反應緩慢
馬來西亞全國愛國者協會（Patriot）批評聯邦政府反應遲緩，認爲“軍機事件”是中國蓄意侵犯大馬主權領土的最新一例。 Patriot稱，這個機群飛行高度是2萬3000到2萬7000英尺之間，是民航機和商務機的飛行高度，這可能會危及附近的任何民航客機，尤其是吉隆坡國際機場和亞庇往返飛行的民航機，因爲機群的航線與這些民航機交叉。 Patriot指出，“我們必須提出最強烈的抗議，同時驅逐中國大使，並要求道歉。” 它稱，“我們是很需要中國的疫苗，中國是我們最大的貿易夥伴，我們有個部長把中國外長稱爲大哥，但是，現在國家主權和國家尊嚴受到侵犯了。我們的中央政府要怎麽處理？”
（Patriot理事會） Patriot成立于2017年，由一批退役軍警高層人員創辦，會長是Mohd Arshad退役准將。