目前主要在新加坡傳播的病毒種類不是原有的德爾塔變種毒株，而是兩種德爾塔的亞型變異株。受訪專家指出，目前沒有證據顯示亞型變異株的傳播力比原有的德爾塔毒株高，也不意味著疫苗會失效。
冠病毒株的變種問題一直受到關注，雖然新加坡暫時沒有出現“奧密克戎”（Omicron）變種毒株，但今年下半年肆虐全球的德爾塔毒株也沒有“閑著”，而是悄悄發生了亞變異。
根據全球共享流感數據倡議組織（GISAID）的數據和瑞士CoV-Spectrum網站分析，德爾塔今年6月占新加坡上傳的病毒基因排序超過八成，但在6月底和7月初驟降，取而代之的是7月中旬占超過99％的德爾塔AY.23亞型變異株。
之後，德爾塔的另一種亞型變異株——AY.23.1在8月中旬出現並上漲至當地上報數量的六成，AY.23反而退居第二。
新加坡積極監測通報
截至11月13日，新加坡之前14天所上傳的基因排序中，55.8％是AY.23.1亞型、41.7％是AY.23亞型，其余排序也都是屬于德爾塔病毒的亞型變異株。新加坡一向積極通報，這兩種亞型基因數量分別占了全球上傳量的97％和32％。
新加坡科技研究局生物資訊研究院副院長（研究）莫勒—斯特羅（Sebastian Maurer-Stroh）受訪時指出，原有的德爾塔毒株和兩種亞型變異株的不同之處，在于細微的基因變化。
他解釋，病毒自然會産生變化，細微變化也可用以標記不同毒株的組別和世系。
他說：“這些世系的差別純粹在于他們的基因構造，並不是說一定要改變病毒傳播力才會形成新世系。進行大量基因組監測的國家都會發現一些新的世系，目前沒有證據和表象顯示，AY.23.1的傳播力有任何改變。”
印度印尼更早發現AY.23.1
針對有一些網站將AY.23.1列爲“新加坡毒株”，莫勒—斯特羅指出，GISAID的數據顯示全球另六個國家早前也發現這種亞型變異病毒株，其中包括印度和印尼，亞型變異病毒株之後才在新加坡出現，因此稱之爲“新加坡毒株”並不准確。
國家傳染病中心的國家公共衛生實驗室主任林擇彬副教授也解釋，由于新加坡完成的基因排序比本區域其他國家多，也導致亞型變異株看起來多來自新加坡。
亞型變異株的出現是否會影響疫苗的效能？
林擇彬副教授說：“目前這些變異株的病毒刺突蛋白質並沒有改變，抗體會附著在病毒刺突蛋白質上消滅病毒，因此沒有迹象顯示疫苗的效能會受到影響。”