蝙蝠這種生物，想搞明白它是怎麽演化的，其實非常難。我們知道，想要搞明白一種生物的來龍去脈，最重要的依據就是化石了，沒有化石證據，研究就無從談起了。可是蝙蝠這種生物，其骨骼很脆弱，不易形成化石，所以直到如今，發現的蝙蝠化石數量極少，正是因爲如此，還無法對蝙蝠的起源給出圓滿的解釋。
2003年，距今5200萬年的蝙蝠化石被發現了，這表明在5200萬年前就已經存在蝙蝠了。另一方面，從蝙蝠的化石來看，古蝙蝠的形態與如今的蝙蝠相差不大，科學家推測在那個時候，蝙蝠就已經可以飛翔了，且形態與現代蝙蝠相似，從圖中的蝙蝠化石形態就可以輕易的看出與如今的蝙蝠沒有多大分別。
難就難在這裏，目前發現的最早蝙蝠化石距今有5500萬年，從化石上來看，那個時候的蝙蝠與現今的蝙蝠差不多，都會飛行了，這樣的結果說明不了什麽問題，因爲無法展現蝙蝠的演化曆程，難道蝙蝠是剛一出現就會飛的嗎？
還能不能發現比蝙蝠更早的能夠飛行的哺乳動物呢？
2006年，我國科學家在內蒙古甯城發現了距今約1.25億年的遠古翔獸化石。遠古翔獸也是哺乳動物，還是目前爲止人類發現的最早的能夠飛行的哺乳動物，它們生活在1.25億年前的白垩紀早期，是與恐龍同時代的哺乳動物。從化石來看，遠古翔獸體型非常小，體長12-14厘米，體重僅爲70克左右，與一般的小老鼠差不多大，這次發現的化石保存得非常完整，可以了解到它全身覆有毛發，有翼膜，由尾巴和四肢支撐翼膜，這點與蝙蝠很相似。
最早的蝙蝠化石是5500萬年前的，現在又發現了距今1.25億年前的遠古翔獸化石，這之間是不是有什麽聯系呢？它們都有翼膜，都可以飛，很自然的就讓我們聯想到了它可能是蝙蝠的祖先，即便不是祖先，也可能與之類似。
上面說到都可以飛，其實我說得並不嚴謹，從化石來看，遠古翔獸還不會真正的飛行，它可以做到從一棵樹滑翔到另一棵樹上，它的翼膜只能用來滑翔，而如今的蝙蝠是真正的可以飛行。
雖然到如今還無法知道蝙蝠的祖先到底是什麽，但從已有的證據來看，蝙蝠的祖先很可能是類似遠古翔獸一樣的動物，起初它們並不會真正的飛翔，它們只能夠借助翼膜來完成樹與樹之間的滑翔，不斷地演化，或者說是因爲基因的突變，才得以掌握飛行。
蝙蝠的演化曆史悠久，比人類祖先早出現于地球上，它們在這顆星球上已生活了數千萬年甚至上億年，由于其特殊的生理特性，蝙蝠身上攜帶了大量的病毒，這些病毒在蝙蝠身上不會發病，這並不是因爲蝙蝠的免疫力強，而是因爲蝙蝠的體溫高以及其本身特殊的免疫應答系統，並且蝙蝠還具有DNA損傷修複能力。雖然蝙蝠是“移動的病毒庫”，但蝙蝠生活的地區與人類聚集區沒有多少重疊，且蝙蝠是夜行性動物，所以只要我們做到拒絕野味，就可以有效地防止病毒感染。