晚清留學生本是一個傳統的人，他到日本留學時，雖然有不給張之洞下跪的壯舉，但骨子裏仍然是對清朝懷有好感的。留學日本之前，在武昌停留的10余天裏，黃尊三感到時光虛擲，實在可惜。因而，在啓程赴日的輪船上．他就開始了苦讀生活。一路上，他除了不時地學習日語之外，也時常翻看《水浒傳》、《紅樓夢》、《隨園詩話》等中國經典名作。留學生到日本後，一般需要先從基礎知識學起當時，魯迅、許壽裳、黃尊三等留日學生皆是如此。
黃尊三到日本後，先進入弘文學院，然後進入早稻山大學普通預科，二年後考入明治大學學習法律。黃尊三在赴日之前，雖然有張之洞要求行跪拜之禮産生的不快，但初到日本之時，他對清朝仍然抱有希望，仍然堅持通過自己的努力，將來回國爲朝廷效力的觀念。
1905年，“取締規則”發生之時，黃尊三接到同鄉會的一封邀請函，邀請他一起商量對策。當時，留學生中提出罷課以敦促日本政府取消“取締規則”已經成爲一種呼聲。黃尊三接到邀請函後，參加了湖南同鄉會關于“取締規則”問題的討論，會上．許多同學主張“以停課要求，若日本政府不許，則全體退學回國”
對于這樣的觀點，黃尊三表示反對，他認爲，湖南同鄉會應該認真調查日本政府取締留學生的原因、規則的具體內容以及其他省同鄉會的意見態度，正所謂沒有調查就沒有發言權。黃尊三的觀點較爲理性，但其他同學堅持認爲不必調查，就是要停課，最後通過舉手表決的方式，多數舉手通過停課，然後學生們一哄而散。12月初，在留學生停課的風潮中，黃尊三的內心十分矛盾、仿徨，他不知道自己該何去何從。在其他省同鄉會紛紛響應停課回國的行動中，湖南同鄉會也作出決定，“全省留日學生，一律退學回國”這個決定，讓黃尊三的內心更加矛盾，他雖然也在志願歸國書上簽字表示願意罷課回國，但他感到學業因此而荒廢，內心不免憂心忡忡。他在日記中寫道：
自取締規則起，無一日舒展，日既廢學，夜不成眠。晚，輾轉床褥，呼天長歎，念古人學書學劍，能以一藝自成其志，余求學無地，救國無才，茫茫天壤歸將安爲？思至此淚潸然下。
停課的日子，他痛感光陰的流逝，也爲自己的前途深深地擔憂。取締規則事件平息後，黃尊三于1906年3月返回日本，他決心把失去的時間找回來，他抛棄一切雜念，專心讀書，希望學成以後報效祖國。此時，他對于革命黨在日本的活動並不贊賞，認爲，革命固然是在救國，但救國並非空言革命就能成功，貴在實行。他認爲認真求學，才能救國。以至于同盟會骨幹宋教仁前去勸說他加入同盟會，也遭到黃尊三的婉拒。黃尊三說，革命與求學，實難兩立，“余學業正在半途，今何可遽棄。”
對于革命黨人的革命救亡活動，黃尊三當時也有自己的見解。他說，職分二字，最要認清，現在同學們大多抛棄學問，整日奔走于青年會、同鄉會，整日宣揚救亡。以學生之力最終沒能實現救亡，而學業卻已荒廢。這是沒有認清自己的職責所造成的啊。
但是，自1909年初，他的觀念開始發生重大轉變。促使黃尊三觀念發生轉變的契機，是1909年4月孫中山到日本東京神田金輝館的一次演說。
自1908年到1911年，革命黨領袖孫中山爲革命活動頻繁地行走在從亞洲到歐美的旅途之中。1908年11月中，光緒皇帝和慈禧太後相隔一天先後亡故。光緒皇帝沒有子嗣，在他去世之前，慈禧太後決定由光緒的親侄兒溥儀繼承大統，年號宣統。溥儀年僅三歲，他的父親醇親王載沣以攝政王的身份輔佐朝政。載沣是一個沒有能力卻又剛愎自用的人，他輔佐朝政後冷落漢人，推行皇室集權政策，使得朝野上下矛盾更加突出，激起了各省督撫的不滿，甚至朝廷中的一些滿族官員對他也是心生怨怼，這使得清王朝的矛盾更加突出。
此時，頻繁策動革命起義的孫中山感到“虜家子母相繼死亡，人心大動，時局可爲”，可惜財政比較困難，便于1908年11月20日從新加坡赴暹羅（泰國的古稱）籌款。不料，暹羅當局勒令他離境，孫中山又只得返回新加坡。
雖然清王朝爲了維系自己的江山穩固，處處設法打擊革命力量，但不管清廷怎樣掙紮，它的滅亡是必然的了。在革命的烽火中，各地同志紛紛策劃起義，在國外的留學生也更加希望聆聽孫中山的教誨。當時，國內一些省份的革命黨力量派出代表專門到新加坡聽取孫中山的指示。孫中山吸取了以往的教訓，叮囑各地同志“養足實力以待之”。
1909年初，他一方面制訂今後的革命方略；一方面將國內一切計劃委托黃興、胡漢民施行。他感到，要革命成功，自己必須親赴歐美，解決財政、外交兩大問題，得到國外各界的支持。
在赴歐美之前的1909年4月，孫中山再次來到東京，留日學生聽說孫中山再度來到東京，非常高興，在神田錦輝館集會，舉行了隆重的歡迎大會。當時，參加集會的有600多人，黃尊三也參加了這次歡迎大會。
會上，孫中山發表了激情洋溢的演說。這次歡迎大會上，孫中山先講述自己的革命經曆，又說現在的形勢非革命不足以救國。孫中山侃侃而談，會場上，學生們秩序井然，毫不淩亂。
黃尊三站在學生當中，雖然久久站立，但是也不覺其苦。他被孫中山豪邁的革命熱情所感染。這次孫中山的演講之後，黃尊三的思想開始漸漸地傾向革命，他感到，單純地靠刻苦攻讀並不能改變祖國的命運。