大家看過電視劇《小娘惹》嗎？
峇峇娘惹（Baba-Nyonya），又稱土生華人（Peranakan Chinese）或海峽華人（Straits Chinese），是指 15-17 世紀期間由中國移民至馬六甲海峽一帶的華人後代。有別于 19 世紀末至 20 世紀初下南洋的華人，峇峇娘惹在文化上既保留了中國傳統習俗，又深度融合了東南亞特有風俗（圖1），並接受大量歐洲西式教育，在東南亞具有舉足輕重的政治經濟影響力。新加坡開國總理李光耀等衆多東南亞政商名流都來自于這個群體。《小娘惹》講述的，就是這樣一個群體。
圖1. 東南亞的峇峇娘惹文化: 娘惹菜、傳統服飾Sarong Kebaya、傳統建築Baba House的外觀及內部。（圖片來自互聯網）
如今，峇峇娘惹文化已成爲東南亞的重要文化標志。東南亞的公衆，特別是各華人社群，也越發希望深入了解峇峇娘惹文化的起源。因爲欠缺可靠的相關文字記錄，土生華人社群對其自身的群體演變一直有不同意見，特別是在其祖先是否曾與東南亞馬來人混血這個問題上，尚未達成共識。
追溯土生華人的起源，最爲人所熟知的傳說是，15 世紀時，馬六甲蘇丹國國王迎娶明朝的漢麗寶（Hang Li Po）公主，而公主的隨行人員也一並定居，並與當地人通婚，繁衍生息，成爲了今天土生華人的祖先。然而，有關漢麗寶公主的記載僅存于馬來史書，而未見于中國史書。更可信的假說是，明朝鄭和下西洋之後，隨著中國和馬來半島諸國恢複貿易往來，東南沿海的商人南下經商，在馬來半島定居並建立家庭，衍生了土生華人社群。
每個人身上攜帶了從祖先代代相傳下來的大量遺傳變異。這些變異在不同人群中的頻率存在差異，不僅影響了不同人群中個體的性狀差異和罹患疾病的風險，還爲反向推斷人群的遷徙和混合曆史提供了可能性。
2021 年 6 月 21 日，華中科技大學公衛學院王超龍教授團隊聯合新加坡基因組研究所等多家單位，在新加坡土生華人協會的支持下，合作在Molecular Biology and Evolution發表了題爲 Genetic admixture in the culturally unique Peranakan Chinese population in Southeast Asia 的研究論文，首次基于全基因組測序數據重構了東南亞土生華人與馬來人的遺傳混合曆史。
該研究收集並完成了對新加坡土生族群的 177 個樣本的全基因組測序（15X），結合團隊于2019年在Cell上面發表的新加坡華人、馬來人、和印度人的全基因組測序數據【1】（詳見BioArt報道：Cell | 王超龍/劉建軍合作發表對新加坡三大亞洲人群的全基因組測序研究）以及國際千人基因組數據【2】進行分析，推斷其是否有馬來血統，比例多大，發生混合的時間以及祖先人群性別構成等。
作者首先進行了群體遺傳結構分析。主成分分析（PCA）結果顯示，雖然土生華人在 PCA 中與華人相近，但其主成分的分布提示了微弱的馬來祖源信號（見圖 2）。于是，作者進一步用 RFMix方法【3】，量化土生華人的馬來祖源比例，並與其他三個華人群體（新加坡華人、中國南方和北方漢人）比較，發現土生華人的常染色體平均含有 5.62%（95%置信區間 4.76-6.49%）的馬來血統，顯著多于其他三個華人群體（圖 3）。這兩個結果顯示，土生華人確實有顯著的馬來血統。
圖 2. PCA結果顯示在排除了離群樣本（A）之後，土生華人相比于新加坡普通華人、南方以及北方漢人等具有微弱但是統計學顯著的偏向于馬來人群的趨勢（B, C, D），提示土生華人具有馬來祖源。
圖3. RFMix分析對比四個華人人群在常染色體（上排）和X染色體（下排）的馬來祖源比例（每條豎線代表一個個體，不同顔色代表不同祖源成分）。
其次，由于不同的人群在 Y 染色體和線粒體單倍群（haplogroup）的頻率分布上可能有顯著差別；且Y染色體只從父系遺傳，線粒體只從母系遺傳，人們可以依據一個人群的單倍群分布推斷出該人群的父系和母系祖源成分。該研究利用全基因組測序産生的Y 染色體和線粒體數據，推斷了每個樣本的 Y 染色體和線粒體所屬的單倍群，並與參考人群進行對比分析。
線粒體單倍群分析結果顯示，土生華人的線粒體中同時含有東南亞人群特有的 E 單倍群和在華人中常見但在馬來人中罕見的 D 單倍群，可見華人女性和馬來人女性均對土生華人有顯著的遺傳學貢獻。作者以此爲基礎並結合常染色體信息，設計統計方法推斷土生華人的女性祖先中有12%（95%置信區間 8-17%，P<0.001）是馬來女性，其余來自華人女性。
作者對 Y 染色體單倍群進行類似分析推斷土生華人男性祖先的來源。結果顯示，馬來男性的占比只有 5%（0-9%）且不具有統計學意義（P=0.087），而其余貢獻均來自華人男性。因此，在土生華人群體形成的過程中，馬來人的遺傳貢獻絕大部分來自于馬來女性。
最後，作者使用GLOBETROTTER方法 【4】 對土生華人基因組進行了深入分析，根據不同祖源成分在基因組上的分布特征推斷群體混合曆史。結果顯示，在土生華人中至少可推斷出兩次混合事件，其中，新近的混和事件發生在約 190（159-213）年前，參與的祖先人群有兩個，約90%來自于一個與現代南方漢人密切相關的祖先人群，另外10%則來自于一個與現代馬來人密切相關的祖先人群。這一混和事件反映了土生華人祖先在東南亞與當地馬來人通婚的曆史。
而另一混和事件則推斷發生在1662（1287-1986）年前，約75%的遺傳貢獻來自于一個與現代南方漢人高度相似的的祖先人群，另外25%則來自于另外一個祖先人群，其遺傳特征則與現代馬來人、越南京族人和南方漢人關系密切。作爲比較，作者對新加坡的普通華人也進行了相同分析，發現普通華人只經曆了一個早期混和事件，其發生時間和參與的祖先人群均與在土生華人中推斷出的早期混和事件高度一致。
作者認爲，在土生華人和新加坡華人中推斷出的早期混和事件，反映的是同一事件：由于朝代更叠，自東漢至唐朝期間中原漢人大規模南遷，並與當時生活在中國南部的部落族群融合。值得注意的是，公元 686 年，唐朝中央政府于福建漳州首次建立管治機構。由于該混和事件的祖先人群的遺傳特征主要出現在現代馬來人、越南京族人和南方漢人中，作者推測這些生活在中國南方沿海的原住民可能屬于南島語系人群（Austronesians）。該人群與大約4000年前從台灣開始逐步向東南亞擴張，最終廣泛分布于太平洋和印度洋上的衆多島嶼（即著名的南島擴張事件，Austronesian expansion）。
結合團隊前期對馬來人的遺傳混和曆史研究結果 【1】，作者推測，現代南方漢人是中原漢人與早期南島人群在大約 1612（1345-1923）年前在中國南方發生混和的後代，而現代馬來人則是早期馬來人與早期南島人群在大約 1696（1469-1890）年前在馬來半島發生混和的後代。而土生華人的中國祖先來自南方漢人，大約在190（159-213）年前與當地馬來人發生混和，但馬來血統的占比不超過10%，且絕大部分來自于馬來女性（圖 4）。
圖 4. 群體遺傳學分析重構土生華人、南方漢人及馬來人的混和曆史。
該項研究利用全基因組數據和最新的群體遺傳學分析方法，重構了東南亞土生華人以及南方漢人的混和曆史，揭示了土生華人群體中的馬來祖源成分大小，從群體遺傳學的獨特角度補充並豐富了相關的曆史研究。這對于了解東南亞華人的遷徙發展史以及與東南亞原住民的曆史互動與交流具有重大參考價值。
華中科技大學公共衛生學院王超龍教授和新加坡基因組研究所的 Roger Foo 教授爲論文的共同通訊作者，王超龍課題組博士後巫德剛爲第一作者。
原文鏈接：
https://doi.org/10.1093/molbev/msab187
制版人：十一
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