玄武門之變是唐朝武德九年六月初四庚申日（626年7月2日）由唐高祖李淵次子唐太宗李世民爲首的秦王府集團在唐朝首都長安城（今陝西省西安市）太極宮的北宮門——玄武門附近發動的一次流血政變。李世民率衆殺害自己的長兄儲君東宮太子李建成（李世民親自射殺）、四弟齊王李元吉，並殺死兩人諸子，迫使李淵立自己爲儲君，並掌握京師兵權，不久後李淵爲時勢所迫而退位並內禅，同年八月初九甲子日（陽曆9月4日）世民繼承帝位，是爲唐太宗。
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唐朝建立者李淵
617年，李淵在太原起兵並很快占領隋朝京城大興城（唐朝建立以後改名長安城），立隋恭帝爲傀儡皇帝；據正史的說法，這一切都是次子李世民之功，因此李淵曾對世民說：“如果事業成功，那麽天下都是你帶來的，該立你爲皇太子。”李世民拜謝並推辭。待到李淵被隋恭帝封爲唐王，將領們也請求以世民爲世子，李淵准備立他，世民堅辭才不受，改立長子李建成爲世子。618年李淵建立唐朝，改元“武德”，以世子建成爲太子，世民爲秦王，元吉爲齊王。
據《資治通鑒》記載：太子建成性情松緩惰慢，喜歡飲酒，貪戀女色，愛打獵；高祖第四子、齊王李元吉，常有過錯；二人均不受高祖寵愛。世民功勳名望日增，高祖常常有意讓他取代建成爲太子，建成心中不安，于是與元吉共同謀劃，並答應元吉在自己即位以後，立他爲皇太弟，所以元吉倒向大哥建成，爲建成盡死效力，他們各自交結建立自己的黨羽，組成太子黨，一起排擠世民。然而司馬光在編寫《資治通鑒》時，曾懷疑關于建成、元吉的史料真實性。司馬光認爲：建成、元吉雖然是頑愚之人，既然被世民所殺，關于他們的記載，也很可能被史官渲染、汙蔑，真實性有待考證，不能盡信。
秦王世民一方也不甘示弱，隨著李世民在外屢立戰功，威望日高，李淵先後封他爲司徒（三公之一）、尚書令（相當于宰相）、中書令（亦相當于宰相），乃至無可再封時，便創造了史無前例的天策上將之職授予他，位在諸王之上，在朝中的地位僅次于李淵和太子建成，且擁有衆多支持者；秦王府內人才濟濟，與李世民的支持者們一起形成了秦王黨，與太子黨相抗衡。而李淵的優柔寡斷，也使朝中政令相互沖突，加速了諸子的兵戎相見。不過現在很多曆史學家懷疑高祖欲傳位世民、建成謀害世民等傳聞可能是李世民掌權後制造出來的，爲的是使自己的政變和即位合法化。
二子爭儲
李淵晚年心愛且臨幸的嫔妃很多，生了近二十位小皇子、小公主，最受寵的兩個嫔妃張婕妤生下兒子李元方、尹德妃生下兒子李元亨，她們爲了自身利益及鞏固地位，極力巴結討好太子李建成、齊王李元吉，竭力攻擊诋毀秦王李世民。建成和元吉則都曲意侍奉繼母張婕妤、尹德妃，奉承獻媚、賄賂、饋贈，無所不用其極，以求得皇帝的寵愛。並有傳說李建成、齊王李元吉與後母張婕妤、尹德妃，通奸偷情，淫亂後宮，但宮禁幽深神秘，此事無從證實。當時，太子東宮、各王公、妃主之家以及後宮妃嫔的親屬，在長安橫行霸道，爲非作歹，而主管部門卻不敢追究。世民不討好諸位妃嫔，所以嫔妃們很生氣，爭相稱贊建成、元吉而诋毀世民。
世民住在承乾殿，元吉住在武德殿後院，他們的住處與皇帝寢宮、太子東宮之間日夜通行，不再有所限制。太子與秦、齊二王出入皇帝寢宮，均乘馬、攜帶刀弓雜物，彼此相遇只按家人行禮。皇帝所下達的诏敕、太子所下達的令、和秦、齊二王所下達的教並行，有關部門不知該聽哪個的命令，只有按照收到的先後爲准。
世民平定盤踞在洛陽的王世充以後，高祖讓貴妃等幾人到洛陽挑選隋朝宮女和收取倉庫裏的珍寶。貴妃等人私下向世民索要寶物並爲自己的親戚求官，世民回答道：“寶物都已經登記在冊上報朝廷，官位應當授予賢能有功勞之人。”沒有答應她們的任何要求，因此妃嫔們更加恨他。世民因爲淮安王李神通有功，撥給他幾十頃田地。張婕妤的父親通過張婕妤向高祖請求要這些田，高祖手寫敕令將這些田賜給他，李神通因爲秦王的教令在先，不讓田。張婕妤向高祖告狀道：“陛下敕賜給我父親的田地，被秦王奪去了給了李神通。”高祖因此發怒，責備李世民說：“難道我的手敕不如你的教令嗎？”過了些天，高祖對左仆射裴寂說：“這孩子長期在外掌握軍隊，受書生們教唆，已經不再是原來的那個兒子了。”尹德妃的父親尹阿鼠驕橫跋扈，秦王府的官員杜如晦經過他的門前，尹阿鼠的幾名家僮把杜如晦拽下馬，揍了他一頓並打斷了他一根手指，說道：“你是什麽人，膽敢過我的門前不下馬！”尹阿鼠怕世民告訴皇帝，先讓尹德妃對皇帝說：“秦王的親信欺侮我家人。”高祖又生氣地責備世民說：“我的妃嫔家都受你身邊的人欺淩，何況是小老百姓！”世民反複爲自己辯解，但高祖始終不相信他。
世民每次在宮中侍奉高祖宴飲，面對諸位妃嫔，想起母親太穆皇後死得早，沒能看到高祖擁有天下，有時不免歎氣流淚，高祖看到後很不高興。各位妃嫔趁機暗中一同诋毀世民道：“天下幸好平安無事，陛下年壽已高，只適合娛樂娛樂，而秦王總是一個人流淚，這實際上是憎恨我們，陛下作古後，我們母子必定不爲秦王所容，會被殺得一個不留！”因此相互對著流淚，並且說：“皇太子仁愛孝順，陛下將我們母子托付給太子，必然能獲得保全。”高祖也爲此很傷心。從此高祖打消了改立太子的念頭，對世民逐漸疏遠，而對建成、元吉卻日益親密了。
太子中允王珪、太子洗馬魏徵勸說太子道：“秦王功蓋天下，內外歸心；而殿下不過是因爲年長才被立爲太子，沒有大功可以鎮服天下。現在劉黑闼的兵力分散逃亡之後，剩下不足一萬人，又缺乏糧食物資，如果用大軍進逼，勢如摧枯拉朽，殿下應當親自去攻打以獲得功勞名望，趁機結交山東的豪傑，也許就可以保住自己的地位了。”太子于是向高祖請求帶兵出征，高祖答應了。武德五年十一月初七甲申日（622年12月14日），高祖下诏命太子李建成帶兵討伐劉黑闼，陝東道大行台及山東道行軍元帥、黃河以南、以北各州均受建成處置，他有權隨機行事。
齊王元吉勸說太子建成趁早除去秦王世民，他說：“我自當替兄長殺之！”世民隨從高祖前往元吉的府第，元吉命令護軍宇文寶埋伏在寢室裏，准備刺殺世民。建成心軟，制止了他。元吉惱怒地說：“我這是爲兄長著想，對我自己有什麽好處！”
建成擅自召募長安及各地的骁勇之士兩千多人，充當東宮衛士，讓他們分別在東宮左右長林門駐紮下來，號稱長林兵。建成還暗中讓右虞候率可達志，從燕王李藝那裏調集來幽州骁勇精銳的騎兵三百人，將他們安置在東宮東面的各個坊市中，准備用他們來補充在東宮擔任警衛的低級軍官，結果被人告發。高祖召見建成，把他責備了一番，將可達志流放到巂州。
慶州都督楊文幹曾經在東宮擔任警衛，建成親近並厚待他，私下裏讓他募集勇士，送往長安。高祖准備前往仁智宮，命令建成留守京城，世民與元吉一起隨行。建成讓元吉乘機圖謀世民，他說：“關系到我們安危的大計，就決定在今年了！”建成又指使郎將爾朱煥和校尉橋公山將盔甲贈給楊文幹。兩人來到豳州的時候，上報發生變故，告發太子指使楊文幹起兵，讓他與自己內外呼應。還有一位甯州人杜風舉也前往仁智宮講了這一情形。高祖大怒，借口有別的事情，以親筆诏書傳召建成，讓他前往仁智宮。建成心中害怕，不敢前去。太子舍人徐師谟勸他占據京城，發兵起事；詹事主簿趙弘智勸他免去太子的車駕章服，屏除隨從人員，到高祖那裏去承認罪責。
武德七年六月廿四壬戌日（624年7月14日），建成決定前往仁智宮。還沒有走完六十裏的路程，建成便將所屬官員，全部留在北魏毛鴻賓遺留下來的堡柵中，帶領十多個人騎馬前去進見高祖，向父皇伏地叩頭，承認罪責，身體猛然用力，自己摔了出去，幾乎暈死過去。高祖的余怒未消。當天夜裏，高祖將他囚禁在帳篷裏，給他麥飯充饑，讓殿中監陳福看守著他，派遣司農卿宇文穎速去傳召楊文幹。宇文穎來到慶州，將情況告訴了楊文幹。于是，楊文幹起兵造反。高祖派遣左武衛將軍錢九隴和靈州都督楊師道攻擊楊文幹。
六月廿六甲子日（7月16日），高祖傳召秦王世民商量此事。世民說：“楊文幹這小子，竟敢做出狂妄叛逆之舉，想來他幕府僚屬應當已經將他擒殺。如若不然，就應當派遣一員能幹的將領討伐之。”高祖說：“不能這樣。楊文幹的事情關連著建成，恐怕響應他的人爲數衆多。你最好親自前往，回來以後，我便將你立爲太子。我不願意效法隋文帝去誅殺自己的兒子，屆時就把建成降爲蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以後他能夠事奉你，你應該保全他的性命；如果他不肯事奉你，你要捉拿他也容易啊。”
高祖因爲仁智宮建造在山中，擔心盜兵突然發難，便連夜率領擔任警衛的軍隊從南面開出山來。走了數十裏地的時候，太子東宮所屬的官員相繼到來，高祖讓大家一概以三十人爲一隊，分派軍隊包圍、看守著他們。第二天，高祖才又返回仁智宮。
世民出發以後，元吉與嫔妃輪番替李建成求情，封德彜又在外朝設法解救建成。于是，高祖改變了初衷，又讓建成回京城留守。高祖只以他致使兄弟關系不和睦的過錯而責備他，將罪責推給了太子中允王珪、左衛率韋挺和天策上將府兵曹參軍杜淹，將他們一並發配巂州（今四川省越西縣）。當初，洛陽平定以後，杜淹長時間沒有得到升遷，打算謀求事奉建成。房玄齡認爲杜淹狡詐的招數很多，擔心他會教唆引導建成，越發對世民不利，便向李世民進言，將杜淹推薦到天策上將府任職。
七月初一己巳日（7月21日），楊文幹攻陷甯州，驅趕劫掠官吏與百姓出城，占據了百家堡。秦王世民的軍隊來到甯州以後，楊文幹的黨羽便全部潰散。七月初五癸酉日（7月25日），楊文幹被自己的部下殺死，他的頭顱被傳送到京城。李世民捉獲了宇文穎，將他殺掉。
建成進讒
有人勸高祖說：“突厥之所以屢次侵犯關中地區，是由于我們的人口與財富都集中在長安的緣故。如果燒毀長安，不在這裏定都，那麽胡人的侵犯便會自然平息下來了。”高祖認爲有道理，便派遣中書侍郎宇文士及越過終南山，來到樊州、鄧州一帶，巡視可以居留的地方，准備遷都到那裏去。太子建成、齊王元吉和裴寂都贊成這一策略，蕭瑀等人雖然知道不應當如此，卻不敢谏阻。秦王世民挺身而出，勸谏道：“夷狄爲禍中原的情況自古就有。陛下憑著聖明英武，創建新皇朝，安定中夏，擁有百萬精兵，所向無敵，怎麽能因有胡人攪擾邊境，便連忙遷都來躲避他們，使舉國臣民感到羞辱，讓後世來譏笑呢？那霍去病不過是漢朝的一員將領，尚且決心消滅匈奴，何況兒臣還愧居藩王之位呢！希望陛下給我幾年時間，請讓我把繩索套在颉利的脖子上，將他逮到宮阙之下。如果到時候不成功，再遷都也爲時不晚。”高祖說：“說得好。”建成卻說：“當年樊哙打算率領十萬兵馬在匈奴人中間縱橫馳騁，（結果被引爲笑談，）秦王的話該不會是和樊哙的相似吧！”世民說：“面對的情況各有區別，用兵的方法也不相同。樊哙那小子有什麽值得稱道的呢！不超過十年，我肯定能夠將漠北地區平定下來，並不是憑空妄言啊！”于是，高祖不再遷都。李建成與嫔妃因而共同誣陷李世民說：“雖然突厥屢次在邊疆上爲禍，但只要他們得到財物就會撤退。秦王假托抵禦突厥的名義，實際上是打算總攬兵權，成就他篡奪帝位的陰謀罷了！”
高祖在京城南面設場圍獵，太子建成、秦王世民和齊王元吉都隨同前往，高祖命令三個兒子騎馬射獵，角逐勝負。建成有一匹胡馬，膘肥體壯，但是喜歡尥蹶子，建成將這匹胡馬交給世民說：“這匹馬跑得很快，能夠越過幾丈寬的澗水。二弟善于騎馬，騎上它試一試吧。”世民騎著這匹胡馬追逐野鹿，胡馬忽然尥起後蹶，世民躍身而起，跳到數步以外站穩，胡馬站起來以後，世民再次騎到馬身上，這樣的情況連續發生了三次。世民回過頭來對宇文士及說：“他打算借助這匹胡馬害我，但人的生死自有命運決定，就憑他們能夠傷害到我嗎？”建成聽到此言，乘機教唆張婕妤、尹德妃在高祖枕邊誣陷世民：“秦王自稱：上天授天命于我，正要讓我去做天下的主宰，怎麽會白白死去呢！”高祖大怒，先將建成、元吉二人召來，然後又把世民召來，責備他道：“誰是天子，自然會得到天命，不是人的智力所能夠謀求的。你謀求帝位之心怎麽這般急切呢！”世民摘去王冠，伏地叩頭，請求將自己交付司法部門查訊證實自己沒有說過這種悖逆之話，高祖仍然怒氣不息。適逢有關部門奏稱突厥前來侵擾，高祖這才改變了生氣的面容，轉而勸勉世民，讓他戴上王冠，系好腰帶，與他商議對付突厥的辦法。
武德七年閏七月廿一己未日（624年9月9日），高祖頒布诏書命令世民與元吉率領兵馬由豳州出發抵禦突厥，在蘭池爲他們餞行。每當發生敵情，高祖總是命令世民前去討伐敵人，但在戰事平息以後，高祖對世民的猜疑卻越發加重了。
秦王避禍，太子下毒
秦王世民與太子建成、齊王元吉結下嫌隙以後，認爲洛陽地勢優越便利，擔心總有一天會發生變故，打算離開京城保守此地，所以就讓行台工部尚書溫大雅鎮守洛陽，派秦王府車騎將軍張亮率領親信王保等一千多人前往洛陽，暗中結交崤山以東的豪傑，等待事態變化，拿出大量的金銀絲帛，任憑他們使用。元吉告發張亮圖謀不軌，張亮被交付法官考察驗證。張亮從始至終一言不發，朝廷便釋放了他，讓他返回洛陽。
建成在夜間召來世民，與他飲酒，暗中在酒中下毒害他。世民突然心痛，吐血數升，淮安王李神通攙扶著他返回西宮。高祖來到西宮，詢問世民的病情，敕令建成：“秦王向來不善于飲酒，從今以後，你不能夠再與他在夜間飲酒。”高祖因而對世民說：“首先提出反隋的謀略，消滅敵雠，平定海內，都是你的功勞。我本打算立你爲太子，你卻堅決推辭。而且，建成年紀最大，被立爲太子已經很長時間了，我也不忍心奪去他的太子之位啊。我看你們兄弟似乎難以相容，一起住在京城裏，肯定要發生紛爭，我應當派你返回行台，留居洛陽，陝州以東的廣大地區都歸你主宰。我還要讓你設置天子的旌旗，如漢朝梁孝王故事。”世民哭泣著，以不願意遠離父皇膝下爲由表示推辭。高祖說：“天下都是一家，東都和西都兩地，路程很近，只要我想念你，便可動身前往，你不用煩惱悲傷。”世民准備出發的時候，建成和元吉一起商議說：“如果秦王到了洛陽，擁有了土地與軍隊，我們便再也不能控制他了。不如將他留在長安，這樣他就只是一個匹夫而已，捉住他也就容易了。”于是，他們暗中讓好幾個人以密封的奏章上奏高祖，聲稱：“秦王身邊的人們得知秦王要前往洛陽，無不歡欣雀躍。看秦王的意向，恐怕他不會再回長安了。”他們還指使高祖寵信的官員以秦王去留的得失利弊來勸說高祖，高祖便改變了主意，秦王前往洛陽的事情又半途擱置了。
建成、元吉與後宮的嫔妃日夜不停地向高祖誣陷世民，高祖信以爲真，便准備懲治世民。陳叔達進谏說：“秦王爲天下立下了巨大的功勞，是不能夠廢黜的。況且，他性情剛烈，倘若加以折辱貶斥，恐怕經受不住內心的憂傷憤怒，一旦染上難以預料的疾病，陛下後悔還來得及嗎！”于是，高祖才沒有處罰世民。元吉暗中請求殺掉秦王世民，高祖說：“他立下了平定天下的功勞，而他犯罪的事實並不顯著，用什麽作爲借口呢？”元吉道：“秦王剛剛平定東都洛陽的時候，觀望形勢，不肯返回，散發錢財絲帛，以便樹立個人的恩德，又違背陛下的敕命，不是謀反又是什麽！只應該趕緊將他殺掉，何必擔心找不到借口！”高祖不答應。[22]
明爭暗鬥，各逞所能
秦王府的幕僚屬官人人憂慮，個個恐懼，不知所措。行台考功郎中房玄齡對比部郎中長孫無忌說：“現在仇怨已經造成，一旦禍患暗發，豈只是秦王府不可收拾，實際上社稷的存亡都成問題。不如勸說秦王采取與周公平定管叔、蔡叔相似的行動，以便安定皇室與國家。存亡的樞機，形勢的危急，就是現在了！”無忌說：“我有這一想法已經有很長時間了，只是不敢說出口。現在你說的這一席話，正好符合我的願望。請讓我代您禀告秦王。”于是，無忌進入世民的臥室告訴了世民。世民把房玄齡召來商議此事，玄齡說：“大王功蓋天地，應當繼承皇帝的大業。現在大王擔心危機發生，正是上天在幫助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”于是，房玄齡與秦王府屬官杜如晦共同勸說世民誅殺建成、元吉。
建成、元吉因爲秦王府擁有許多骁勇的將領，打算引誘他們爲自己所用，便暗中將一車金銀器物贈送給左二副護軍尉遲恭，並且寫了一封書信招引他說：“希望得到您的屈駕眷顧，以便加深我們之間的布衣之交。”尉遲恭推辭說：“我是編蓬爲戶、破甕作窗人家的小民，遇到隋朝末年戰亂不息、百姓流亡的時局，長期淪落在抗拒朝廷的境地裏，罪大惡極，死有余辜。秦王賜給我再生的恩典，現在我又在秦王府注冊爲官，只應當以死報答秦王。我沒有爲殿下立過功，不敢憑空接受殿下如此豐厚的賞賜。倘若我私自與殿下交往，就是對秦王懷有二心，就是見利忘義的小人，殿下要這種人又有什麽用呢！”建成大怒，便與他斷絕了往來。尉遲恭將此事告訴了世民，世民說：“明公對我的忠心就像山嶽那樣堅實牢靠，即使他贈送給您的金子堆積到了北鬥星，我知道明公的忠心還是不會動搖的。他贈給您什麽，您就接受什麽，這又有什麽值得猜疑的呢！況且，這樣做能夠了解他的陰謀，難道不是一個上好的計策嗎！否則，禍事就將降臨到您頭上了。”不久，元吉指使勇士在夜間刺殺尉遲恭，尉遲恭得知這一消息以後，將層層門戶敞開，自己安然躺著不動，刺客屢次來到他的院子，終究沒敢進屋。于是，元吉向高祖誣陷尉遲恭，把他關進奉诏獄中審問處治，准備將他殺掉，由于世民再三請求保全他的生命，這才得以幸免。元吉又誣陷左一馬軍總管程知節，高祖將他外放爲康州刺史。程知節對世民說：“大王的輔佐之臣快走光了，大王自身又怎麽能夠長久呢！我誓死不離開京城，希望大王及早將定下計策。”元吉又用金銀絲帛引誘右二護軍段志玄，段志玄不肯從命。建成對元吉說：“在秦王府有智謀才略的人物中，值得畏懼的只有房玄齡和杜如晦。”建成與元吉又向高祖誣陷他們二人，使他們遭到斥逐。
世民的心腹只剩下長孫無忌還留在秦王府中，他與他的舅舅雍州治中高士廉、右候車騎將軍三水人侯君集以及尉遲恭等人，日以繼夜地勸說世民誅殺建成和元吉，世民猶豫不決。此外世民可能還曾向靈州大都督李靖、行軍總管李世������問計。
前奏
秦府密謀
武德九年五月傅奕密奏李淵：“太白金星在秦地出現，秦王當有天下。”武德九年六月初一丁巳日（626年6月29日），太白金星在白天出現于天空正南方的午位，按照古人的看法，這是“變天”的象征，是暴發革命或當權者更叠的前兆，代表要發生大事了。
適逢突厥郁射設帶領數萬騎兵駐紮在黃河以南，突入長城邊塞，包圍烏城，太子建成便推薦齊王元吉代替秦王世民都督各路軍馬北征以抵抗突厥入侵。高祖聽從了他的建議，命令元吉督率右武衛大將軍李藝、天紀將軍張瑾等人援救烏城。元吉乘機請求讓尉遲恭、程知節、段志玄以及秦王府右三統軍秦瓊等人與自己一同前往，檢閱並挑選秦王帳下精銳的兵士以增強自己軍隊的實力。在太子的東宮中擔任率更丞（主管計時的官員）職位的王晊，已被秦王世民收買，成爲世民在東宮的眼線，他悄悄告訴世民：“太子對齊王說：‘現在，你已經得到秦王骁勇的將領和精銳的士兵，擁有兵馬數萬之多了。我與秦王在昆明池爲你餞行，讓勇士在帳幕裏將秦王殺死，上奏父皇時就說他暴病身亡，父皇應該不會不相信。我自當讓人進言，逼父皇將國家大事交給我處理。尉遲恭等人已經落到了你的手中，應該將他們悉數坑殺，誰敢不服！’”世民將王姓官員的話告訴了長孫無忌等人，無忌等人勸李世民先發制人。世民歎息道：“骨肉相殘，是古往今來的大罪惡。我當然知道禍事即將來臨，但我打算在禍事發生以後，再舉義討伐他們，這不也是可以的嗎！”尉遲恭說：“作爲人之常情，有誰能夠舍得去死！現在大家誓死侍奉大王，這是上天所授。禍事馬上就要發生，大王卻仍舊神態自若，毫不擔憂。即使大王把自己看輕，又怎麽對得起宗廟社稷呢！如果大王不肯采用我的主張，我就准備逃身荒野草澤，不能留在大王身邊，拱手任人宰割！”無忌說：“如果大王不肯聽從尉遲恭的主張，事情肯定要失敗了。尉遲恭等人肯定不會再追隨大王，我也應當跟著他們離開大王，不能夠再事奉大王了！”世民說：“我講的意見也不能完全放棄，明公再計議一下吧。”尉遲恭說：“如今大王處理事情猶豫不定，這是不明智的；面臨危難，不能決斷，這是不果敢的。況且，大王平時畜養的八百多名勇士，凡是在外面的，現在都已經進入宮中，他們穿好盔甲，手握兵器，起事的形勢已經形成，大王怎麽能夠制止得住呢！
世民征求秦王府幕僚們的意見，大家都說：“齊王凶惡乖張，是終究不願意事奉自己的兄長的。近來聽說護軍薛實曾經對齊王說：‘大王的名字，合起來可以成爲一個唐字，大王終究是要主宰大唐社稷。’齊王歡喜地說：‘只要能夠除去秦王，奪取東宮太子之位就易如反掌了。’他與太子謀劃作亂還沒有成功，就已經有了奪取太子之位的心思。作亂的心思沒有滿足，又有什麽事情做不出來呢！假使這兩個人如願以償了，恐怕天下就不再歸大唐所有。以大王的賢能，捉拿這兩個人就如拾取地上的草芥一般容易，怎麽能夠爲了信守匹夫的節操，而忘了國家社稷的大事呢！”世民仍然沒有決斷，大家又問道：“大王認爲舜是什麽樣的人呢？”世民答道：“是聖人。”大家說：“假如舜帝在疏通水井的時候沒有躲過父親與弟弟在上面填土的毒手，便化爲井中的泥土了；假如他在塗飾糧倉的時候沒有逃過父親和弟弟在下面放火的毒手，便化爲糧倉上的灰燼了，怎麽還能夠讓自己恩澤遍及天下，法度流傳後世呢！所以，舜帝在遭到父親用小棒笞打的時候便忍受了，而在遭到大棍笞打的時候便逃走了，這大概是因爲舜帝心裏所想的是大事啊。”世民命人算卦以蔔吉凶，恰好秦王府的幕僚張公謹從外面進來，便將占蔔的龜殼奪過來扔在地上，說：“占蔔是爲了決定疑難之事的，現在事情並無疑難，還占蔔什麽呢！如果占蔔的結果是不吉利的，難道就能夠停止行動了嗎？”于是便定下了行動計劃。
世民命令長孫無忌秘密地將房玄齡等人召回，房玄齡等人不答應回秦王府，說道：“陛下敕書的旨意是不允許我們再事奉大王的。如果我們現在私下去谒見大王，肯定要因此獲罪而死，因此我們不敢接受大王的教令！”世民發怒，對尉遲恭說：“房玄齡、杜如晦難道要背叛我嗎！”他摘下佩刀交給尉遲恭道：“明公前去察看一下情況，如果他們果真沒有回來的意思，可砍下他們頭回來見我。”尉遲恭前去，與長孫無忌一起明示房玄齡等人說：“大王已經將行動的計劃決定下來了，衆位明公應該速去秦王府中共議大事。我們四個人不能在街道上同行。”于是命令房玄齡和杜如晦穿上道士的服裝，與長孫無忌一同進入秦王府，尉遲恭則經由別的道路也來到了秦王府。
秦王密奏
六月初三己未日（626年7月1日），太白金星再次在白天出現在天空正南方的午位。傅奕秘密上奏道：“金星出現在秦地的分野上，這是秦王應當擁有天下的征兆。”高祖將傅奕的密奏給秦王世民看。于是就這樣，李世民做好一切准備之後，乘機秘密上奏父皇，上朝揭發李建成和李元吉的罪行，說他們在後宮胡作非爲，並告發李建成、李元吉與尹德妃、張婕妤私通亂倫，關系暧昧，而且說：“兒臣絲毫沒有對不起皇兄和皇弟，現在他們卻打算殺死兒臣，這簡直就像要替王世充和窦建德報仇。如今我快要含冤而死，永遠地離開父皇，魂魄歸于黃泉，如果見到王世充諸賊，實在感到羞恥！”高祖望著李世民，驚訝不已，回答道：“明天朕就審問此事，你應該及早前來參見朕。”
張婕妤暗中得知了世民密奏的大意，急忙告訴建成。建成將元吉召來商議此事，元吉說：“我們應當管好東宮和齊王府中的士兵，托稱有病不去上朝，以便觀察形勢。”建成道：“宮中的軍隊防備已很嚴密了，我與皇弟應當入朝參見，親自打聽消息。”于是二人決定先入大內皇宮逼高祖表態。不料在宮城北門玄武門執行禁衛總領常何本是太子親信，卻被世民策反，因此宮中衛隊已經倒向秦王，建成和元吉卻不知道，還以爲宮中都還是自己人。
經過
太極宮玄武門遺址
六月初四庚申日（626年7月2日），世民率領長孫無忌、尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗（一說爲長孫無忌、尉遲恭、房玄齡、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知節、秦瓊、段志玄、屈突通、張士貴）等人入朝，並在玄武門埋下伏兵。建成、元吉二人不知底細，也一起入朝，騎馬奔向玄武門。此時，高祖已經將裴寂、蕭瑀、陳叔達、封德彜、裴矩等人召集前來，准備查驗這件事情了。
建成、元吉來到臨湖殿，察覺有變，立即掉轉馬頭，准備向東返回東宮和齊王府。世民跟在後面呼喚他們，元吉心虛，先張弓搭箭射向世民，但由于心急，一連兩三次都沒有將弓拉滿，箭沒有射中。世民卻搭弓射向建成，將他射死了。尉遲恭帶領騎兵七十人相繼趕到，他身邊的將士射中元吉，元吉跌下馬來。可就在此時，世民的坐騎受到了驚嚇，帶著世民奔入玄武門旁邊的樹林，世民被林中的樹枝挂住，從馬上摔下，倒在地上，一時爬不起來。元吉迅速趕到，奪過弓來，准備勒死世民，尉遲恭躍馬奔來大聲喝斥他。元吉知道自己不是對手，趕緊放開世民，想快步跑入武德殿尋求父皇庇護，但尉遲恭快馬追上他，放箭將他射死了。
太子建成的部下、翊衛車騎將軍馮立得知建成身死，歎息道：“難道能夠在太子生前蒙受恩惠而太子一死便逃避禍難嗎！”于是，他與副護軍薛萬徹、屈直府左車騎謝叔方率領東宮和齊王府的精銳兵馬兩千人，急馳趕到玄武門，准備爲太子和齊王報仇。張公謹膂力過人，他獨自關閉了大門，擋住馮立等人，馮立等人無法進入。偏向秦王的雲麾將軍敬君弘掌管著宿衛軍，駐紮在玄武門。他挺身而起，准備出戰，與他親近的人阻止他說：“事情未見分曉，姑且慢慢觀察事態的發展變化，等到兵力彙集起來，結成陣列再出戰，也爲時不晚。”敬君弘不聽從，便與中郎將呂世衡大聲呼喊著向敵陣沖去，結果全部戰死。把守玄武門的士兵與薛萬徹等人奮力交戰，持續了很長時間，薛萬徹擂鼓呐喊，准備進攻秦王府，將士們大爲恐懼。此時，尉遲恭提著建成和元吉的首級給薛萬徹等人看，東宮和齊王府的人馬頓失戰心，迅速潰散，薛萬徹與騎兵數十人則逃入終南山中。馮立殺死敬君弘後，對部下說：“這也足以略微報答太子殿下了。”于是，他丟掉兵器，落荒而逃。至此，政變以秦王李世民的勝利而告終。
後續
懲治政敵家屬，秦王成爲太子
政變發生時高祖正在宮內的海池上劃船，世民讓尉遲恭入宮擔任警衛。尉遲恭身披铠甲，手握長矛，徑直來到高祖所在的船上。高祖大驚，問道：“今日作亂的人是誰？愛卿到此做什麽？”尉遲恭回答道：“秦王因爲太子和齊王作亂，起兵誅殺了他們。秦王殿下擔心驚動陛下，故派臣擔任警衛。”高祖對裴寂等人說：“不料今天竟然會出現這種事情，你們認爲應當怎麽辦呢？”蕭瑀和陳叔達說：“建成與元吉本來就沒有參與舉義兵反抗隋朝的謀略，又沒有爲天下立下功勞。他們嫉妒秦王功勞大，威望高，便一起策劃奸邪的陰謀。現在，秦王已經聲討並誅殺了他們，秦王功蓋宇宙，天下歸心，陛下如果能夠決定立他爲太子，將國家大事委托于他，就不會再生事端了。”高祖只得表示：“這正是我素來的心願啊！”當時，宿衛軍和秦王府的兵馬與東宮和齊王府的親信交戰還沒有停止，尉遲恭請求高祖頒布親筆敕令，命令各軍一律接受秦王的處置，高祖聽從了他的建議。天策府司馬宇文士及從東上閣門出來宣布敕令，衆人便這樣安定下來了。高祖又讓黃門侍郎裴矩前往東宮開導原建成麾下的諸將士，將士們便都棄職而散。于是，高祖召世民前來，撫慰他說：“近些日子以來，我幾乎産生了投杼的疑惑。”世民跪了下來，伏在高祖的胸前，號啕大哭良久。
建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、钜鹿王李承義，元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸾、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊上被刪除名字。傳說李世民恐懼兄弟的鬼魂前來索命，于是派尉遲恭與秦瓊擔任門前守衛，但後來因兩人年老，無法長期擔任，只好轉繪制兩人的畫像挂在門口，成爲後世門神的由來。
事變後，李建成的東宮被李世民入住、齊王府財産被查抄並賞賜給尉遲恭。對于原東宮和齊王府的女眷在政變後的境遇，史書中並沒有詳細的記載。從對個人的記載來看，李建成遺孀、太子妃鄭觀音墓志，提及“妃言依別館”，最終鄭觀音在唐高宗時期死于唐長安城皇城內。李建成的次女李婉順、五女和李元吉的四個女兒在日後都獲得了縣主的封號，並且大都嫁給了名門大族或功臣之後，李元吉的女兒文安縣主甚至得以陪葬昭陵。李元吉王妃楊氏則與歸仁縣主的生母共同撫養了歸仁縣主，後來楊氏爲李世民生下一子，沒有記載她是否獲得正式的妃嫔封號，而史書的記載中，她作爲李元吉王妃的名分至死未變。楊氏十分受寵，李世民甚至有立她爲皇後之意，卻被魏征舉辰嬴的例子谏止。這也是李世民爲部分學者所诟病的原因，認爲他霸占弟媳，有乖倫常。不過也有學者認爲李唐皇室本就有北方少數民族血統，較中原漢族更爲開放，兄納弟媳很正常，他們的思想中亂倫的概念較爲淡薄。
秦王府諸將領准備將建成和元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家産沒收官府，尉遲恭再三爭辯說：“罪孽都是兩個元凶所犯，而他們已經伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，就不是謀求安定的做法了！”于是諸將領停止了追殺。當天，高祖頒布诏書赦天下，叛逆的罪名只加給建成和元吉二人，對其余的黨羽，一概不加追究。僧人、女尼、道士、坤道都應當依照原先頒布的诏令處理。國家的各項事務，都任憑秦王處置。
六月初七癸亥日（7月5日），高祖立秦王世民爲皇太子，又頒布诏書：“從今天起，軍隊和國家的各項事務，無論大小，全部委托太子處理和決定，然後再報告給朕。”[44]
盡棄前嫌用人，大賞秦府功臣
政變後的第一天，即武德九年六月初五辛酉日（626年7月3日），馮立和謝叔方都自動出來自首。薛萬徹逃亡躲起來以後，世民多次讓人明示他，他也出來自首了。世民說：“這些人都能夠忠于自己的職務，是義士啊！”都赦免了他們。
六月十二戊辰日（7月10日），高祖任命政變功臣宇文士及爲太子詹事，長孫無忌與杜如晦爲左庶子，高士廉與房玄齡爲右庶子，尉遲恭爲左衛率，程知節爲右衛率，秦王府舊臣虞世南爲中舍人，褚亮爲舍人，姚思廉爲太子洗馬，論及政變的功勞，以長孫無忌和尉遲恭爲第一，分別賜絹一萬匹。高祖還將特別嘉獎尉遲恭，慰勞他說：“愛卿對于國家來說有安定社稷的功勞。”把齊王國司的金銀布帛器物全部賞賜給尉遲恭。
魏徵半身雕像
當初，太子洗馬魏徵經常勸說太子建成及早除去秦王。建成敗亡後，六月十二戊辰日（7月10日），世民傳召魏徵，問道：“你爲什麽挑撥我們兄弟的關系呢？”大家都爲魏徵擔驚受怕，魏徵卻舉止如常地回答道：“如果已故的太子早些聽從我的進言，肯定不會有今天的禍事。”世民素來器重他的才能，便改變了原來的態度，對他以禮相待，引薦他擔任詹事主薄。世民還將王珪和韋挺從巂州（治所在今四川西昌）召回，兩人和魏徵一起都擔任了谏議大夫。
同一天（7月10日），任命政變功臣屈突通爲陝東道行台左仆射，鎮守洛陽。
七月初三己醜日（7月31日），以秦王府護軍秦瓊爲左衛大將軍，又以程知節爲右武衛大將軍，尉遲恭爲右武候大將軍。
七月初六壬辰日（8月3日），以高士廉爲侍中（相當于宰相），房玄齡爲中書令（亦相當于宰相），蕭瑀爲左仆射（亦相當于宰相），長孫無忌爲吏部尚書，杜如晦爲兵部尚書。
七月初七癸巳日（8月4日），以宇文士及爲中書令，封德彜爲右仆射（亦相當于宰相）；又以前天策府兵曹參軍杜淹爲禦史大夫，前任中書舍人顔師古、劉林甫爲中書侍郎，左衛副率侯君集爲左衛將軍，左虞候段志玄爲骁衛將軍，副護軍薛萬徹爲右領軍將軍，右內副率張公謹爲右武候將軍，右監門率長孫安業爲右監門將軍，右內副率李客師爲領左右軍將軍。[51]至此，李世民集團成員和支持李世民的官員控制了國家的要害部門和職位，完全掌握了全國軍政大權。
太子李建成和齊王李元吉的余黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續頒布赦免令，他們仍然感到內心不安，圖謀僥幸獲利的人爭相告發捕捉他們，以此邀功請賞。谏議大夫王珪將這種情況告訴了太子世民。七月初十丙申日（8月7日），世民頒布太子令：“六月四日玄武門之變以前與東宮和齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反有牽連的人，一概不允許相互告發，對違反規定的人以誣告罪論處。”
七月十一丁酉日（8月8日），朝廷派遣谏議大夫魏徵安撫崤山以東地區，允許他見機行事。魏徵來到磁州的時候，遇到州縣枷送前任太子千牛李志安、齊王護軍李思行前往京城。魏徵說：“我奉命出使的時候，對原來的東宮與齊王府的屬官已經一概赦免，不予追究。現在又押送李思行等人，那麽誰會不對赦令産生懷疑呢！雖然朝廷爲此派遣了特使，又有誰會相信他呢！我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不爲國家考慮。何況我既然被視爲國中才能出衆的人士而受到禮遇，怎敢不以國中才能出衆人士的本色來報答太子呢！”于是，他將李志安等人一律釋放。太子世民得知此事後甚爲高興。
李世民即位後，于貞觀十七年二月廿八戊申日（643年3月23日）下令將宮廷畫師閻立本所畫的輔佐他平定天下，安邦治國的二十四位功臣的畫像懸挂于宮中淩煙閣之上，[世稱這二十四位功臣爲“淩煙閣二十四功臣”，其中大部分功臣都參與了“玄武門之變”的謀劃，在政變前就屬于世民一黨或支持世民一黨，也有如魏徵這樣原太子建成一黨、後來爲太宗所用的能臣。
高祖內禅，太宗即位
六月十六壬申日（626年7月14日），高祖將親筆诏書賜給裴寂等人說：“朕應當加上太上皇的尊號。”表達了自己要退位和內禅的想法。
六月廿九乙酉日（7月27日），撤銷了太子世民兼任的天策上將府邸，爲世民登基做准備。
八月初八癸亥日（9月3日），高祖頒布制書，將皇帝位傳給太子世民，自爲太上皇，仍居于大內皇宮正殿——太極殿。世民堅決推辭，高祖不許。
高祖頒布傳位制書的第二天，即武德九年八月初九甲子日（626年9月4日），太子世民在東宮顯德殿即皇帝位，是爲唐太宗，並大赦天下，從此開始了他輝煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（627年1月23日）改元貞觀。太宗在位期間文治昭昭，武功赫赫，史稱“貞觀之治”。
追谥政敵，過繼己子
太宗即位後，于武德九年十月初一丙辰日（626年10月26日）下達诏書，追封已故太子皇兄李建成爲息王，谥號爲隱，是爲息隱王；皇弟齊王李元吉爲海陵郡王，谥號爲剌，是爲海陵剌王，以皇家喪禮重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋門大哭一場，顯得十分哀痛。谏議大夫魏徵、王珪兩人上表請求陪送靈車到安葬地，太宗答應了他們的請求，並命令原東宮和齊王府的幕僚屬官都去送葬。從太宗給兩位兄弟的封號和谥號來看，無疑是降低了他們的地位身份：建成原爲太子，降爲息王（親王級別），谥號爲隱，是中下等谥號（按谥法：“隱拂不成曰隱。不顯屍國曰隱。見美堅長曰隱。”指本性難改，言過其實。又：“隱，哀也。”指柔弱短壽）；元吉原爲齊王（親王級別），降爲海陵郡王（郡王級別），谥號爲剌，是下等谥號（按谥法：“愎很遂過曰剌。不思忘愛曰剌。”指剛愎自用，忘恩負義）。
貞觀十三年十二月初七乙亥日（640年1月5日），太宗封庶出皇子李福爲趙王，過繼給已故皇兄建成爲嗣。
貞觀十六年六月初六庚寅日（642年7月8日），太宗再次下诏恢複息隱王建成皇太子的封號，改封海陵剌王元吉爲巢王（恢複爲親王級別），谥號不變，故後世稱兩人爲“隱太子”、“巢剌王”。兩人生前的身份地位恢複了，但惡谥依然伴隨著他們。此外，李建成女李婉順等也沒有相應地按太子女規格進封爲郡主。
太宗去世後，其子李治繼位，是爲唐高宗。高宗于顯慶年間下達诏書，令太宗的小兒子、自己最小的弟弟曹王李明，過繼給已故皇叔元吉爲嗣。
至此，玄武門之變事件的前前後後算是畫上了一個句號。