移民與關卡局通過嚴禁非職員使用、獲取或更改官方檔案內的民衆個人資料，以及軟硬件防範措施等方式，確保虹膜特征、指紋等個人資料的安全，以避免這類資料被竊取或濫用。
數名議員對采用虹膜掃描技術表示支持，但同時也呼籲當局在收集和儲存生物特征檔案時，加強保護措施，以避免民衆的個人隱私遭泄露。
鄭德源（西海岸集選區）指出，一個人的虹膜特征經過掃描，就會成爲數碼檔案，這類檔案持續面對遭人竊取或濫用的風險，他詢問當局是否采取防範措施，避免這類情況的發生。
移民局侍服器防範措施符合國際安全標准
內政部兼國家發展部高級政務部長李智陞說，移民局對民衆的個人資料檔案有嚴格管制，唯有獲授權並且執行公務的官員才能使用相關資料。當局也定期進行檢查，凡是違例使用檔案者將受處分。
李智陞強調，虹膜特征和指紋等檔案在存檔前都經過加密（encrypt），而移民局的侍服器無論在硬件或軟件防範措施上，都符合國際安全標准。
此外，李智陞指出，國民登記條例嚴格管制生物特征檔案等資料的分享，任何人未經許可的參考或公開有關資料都是違法的。
楊益財（丹戎巴葛集選區）贊成允許移民局委任非職員成爲登記人員，以便在更多地點爲民衆提供服務的做法，但他也詢問當局如何確保登記人員不會濫用所收集的資料。
李智陞說，移民局不允許非職員接觸、獲取或更改當局檔案內的民衆個人資料，而登記人員受委過程嚴謹，除了必須由移民與關卡局總監委任，他們的身份也須經過審核。
登記人員只能執行如分發身份證或記錄虹膜特征等任務，所有收集到的資料直接傳送給移民局，而他們在執行當局委派的任務時，必須出示身份證明。