截至2月2日13:04,疫情實時數據顯示:確認病例14418,疑似病例19544,之余病例339,死亡病例304,治愈首次超過死亡。
達摩院算法專家顧斐博士在疾控中心基因檢測分析現場
當前,全國新型冠狀病毒肺炎疫情依然嚴峻,快速、精確診斷對于疫情控制尤其重要。 公開信息顯示,該病毒是基因組序列最長的病毒之一,全基因組序列全長29847bp,臨床診斷需要將患者樣本與該病毒基因序列進行比對才能確定診斷結果。
目前醫院普遍采用核酸檢測方法,其只能檢測到病毒基因的局部。 由于病毒存在變異的可能性,對于整個基因序列來說這種檢測方法猶如盲人摸象,一旦病毒發生變異,就可能出現漏檢的情況。
設置基因檢測分析參數
達摩院算法專家專業解讀:
Q: 這一平台有何特點?
A: 此次研發的自動化全基因組檢測分析平台屬于高通量測序,平台由阿裏巴巴達摩院聯合傑毅生物共同研發,可以給浙江省疾控在新型冠狀病毒疫情防控上提供了全自動建庫和分布式計算分析能力。傑毅生物開發了全自動高通量測序建庫儀,把整體常規人工需要12小時的工作縮短到2個小時。每次測序過程會産生海量的數據,達摩院采用分布式設計的分析算法,樣本基因分析的速度由數小時縮短到半小時;同時,由于采用分布式算法,病毒拼接的速度由30分鍾-1小時縮短到15-30分鍾。除此之外,不同于傳統核算檢測方法,這一平台還可以檢測到病毒的全貌,避免因爲病毒變異造成的漏檢情況。
Q: 達摩院團隊提供的算法有哪些價值?
A: 達摩院針對新冠病毒基因的特征進行了分析,基于pdb等公共數據集的數據進行算法的優化訓練。本次分析病毒檢測和病毒變異部分主要基于開源算法,設計分布式算法以加速分析流程。病毒序列拼接完成後,通過設計BiLSTM+DNN的方式訓練模型預測病毒蛋白二級結構。同時,達摩院還在研究基于序列的蛋白質三維結構預測模型以及藥物篩選模型 。
延伸:阿裏還利用AI算法還幹了哪些事?
1. 智能疫情機器人答疑解惑
日前,阿裏巴巴達摩院已經宣布研發了“智能疫情機器人”。該産品用于“浙裏辦”APP上線的應對新型冠狀病毒感染肺炎的專門平台上。
據悉,當選取“網上智能問診與人工服務”時,後台機器人幾乎能夠秒答所有疫情問題,比如什麽情況下需要就醫、浙江省定點醫院都有哪些,怎麽選用口罩、怎麽檢查口罩的氣密性、口罩用完了如何處理等等。
據相關負責人介紹,該産品上線第一天,網上智能問診服務對用戶咨詢的解決率超過92%。目前,智能疫情機器人同時支援了浙江、黑龍江、山東濟南等地。
2. 向全球公共科研機構免費開放一切AI算力
除了搭建公共管理平台,阿裏雲的AI算力也開始發揮作用。
1月29日,阿裏雲宣布,在疫情期間,向全球公共科研機構免費開放一切AI算力,以加速本次新型冠狀病毒肺炎疫情的新藥和疫苗研發。
新藥和疫苗研發期間,需要進行大量的數據分析、大規模文獻篩選和科學超算工作。阿裏雲可以提供強大的AI算力,支持病毒基因測序、新藥研發、蛋白篩選等工作,幫助科研機構縮短研發周期。