受疫情的影響，全國的各所學校2020春季學期都沒有進行線下的教學活動。教育部在4月10日發布文件，明確指出學費（保教費）不得跨學年或學期預收。未開學或未開課不得提前收取學費（保教費）；住宿費不得跨學年或學期預收，未住宿不得提前收取住宿費。但是還是有一部分家長向澎湃新聞反映，他們孩子就讀的上海新加坡外籍人員子女學校並沒有將之前提前繳納的二、三、四月份學費退還給家長，對于已預交但後續不續讀的家長則完全沒有進行退款，並且在四月初各地未確定開學時間的情況下，要求家長4月30日前必須交留位費1萬元才能保留新學年的位置，另外還有學費漲價等情況。
據了解，上海新加坡外籍人員子女學校幼兒園部在2月3日起未再開園，但提前收取的幼兒園學費2月不肯退。3月只退一半。（後續校方同意向續讀學生退還2月份一半的學費）。學校在未明確開學時間的情況下就要求家長4月30日前必須交留位費1萬元才能保留新學年的位置。學校在未明確開學時間的情況下要求家長6月11日前交齊下學期全年學費。學校在疫情期間未經家長同意，單方面下學期學費漲價27.6%（各年級各漲價4萬元）。
國際學校的收費標准和收費方式長期以來一直不同于教育部門直屬的公辦學校，校方的收費方式大部分根據自身情況來擬定。同時國際學校也將國外學校通常采用的留位費概念引入了國內，學生需要提前預交一部分費用，才能保證下學期的入學資格。
學校下發給學生家長的下學期留位費繳費通知
校方發送給學生家長的關于疫情處理的通知，其中表示教育相關部門對于外籍人士子女學校未發布明確的收費指導意見
實際上根據多個國家頒布的官方文件，特別是近期在疫情期間頒布的指導意見，已經明確指出禁止學校預收學費和其他各種費用。
根據上海市教委2020年2月28日發布的《關于做好疫情防控期間本市幼兒園相關工作的指導意見》，幼兒園在疫情未結束之前不得擅自開園,幼兒不來園情況下不得收取任何費用。另根據2020年4月10日教育部發布的《教育部治理教育亂收費工作領導小組辦公室關于疫情防控期間學校收費有關問題的預警》，各級各類學校和幼兒園對學費不得跨學年或學期預收；未開學或未開課不得提前收取學費；學校不得借疫情防控名義擅自增設收費項目、擴大收費範 圍、提高收費標准，違規亂收費。2014年12月12日教育部和國家發展改革委發布的《明確外籍人員子女學校收費管理政策等有關問題的通知》規定，國際學校要規範自身辦學和收費行爲，及時向社會公示收費項目、標准，主動接受學生、家長和社會的監督。各級價格主管部門、教育行政部門依法加強對國際學校招生、教學、收費行爲的監管，及時掌握辦學和收費管理中的問題，維護學生權益和促進學校健康發展。
澎湃新聞了解到，對于學校的不合理收費情況，以及學校自身存在的一些注冊資質不明的情況，學生家長們已聯系律師事務所，向校方正式提交了律師函。學生家長要求校方出示合法注冊登記證明以及辦學資質、退還自 2020 年 2 月 3 日至正式複課期間所發生的全額學費、取消關于預收留位費及全年/半年學費的相關規定並且向家長們合理說明提高學費收費標准的理由，主動接受聯名委托人及社會的監督這幾項要求。
記者多次電話聯系上海新加坡外籍人員子女學校，由家長提供的招生辦老師電話均未接通。其總機接通後告知記者會將情況轉告招生辦等待後續答複，發稿前未收到校方回應。
根據學校官網介紹，上海新加坡外籍人員子女學校（SSIS）由新加坡國際元立集團投資及創辦，經中華人民共和國教育部批准，于1996年9月3日正式成立。SSIS爲上海外籍家庭2歲至18歲的孩子提供幼兒園至12年級的一貫制課程。建校初年，學校只有18名學生和9名教師。如今，SSIS擁有1,300名學生，200多名教師。
教育部網站信息顯示，2017 年 3 月 28 日教育部公布批准設立的外籍人員子女學校名單中有上海新加坡外籍人員子女學校（SSIS）。但學生家長委托的律師表示，目前沒有任何信息顯示該校的合法注冊登記情況以及相應的法人資格。