李光耀祖籍廣東梅州市高陂鎮，其高祖父李沐文出生于1846年，1863年遷至海峽殖民地新加坡，李氏一族自此在東南亞生根。李光耀的祖父名叫李雲龍（Lee Hoon Leong），李雲龍堅持要求對孫子施以英語教育，使得李光耀自幼便受到了英國文化強烈影響。李光耀有三弟一妹，作爲家中長子，李光耀在12歲時考入當地的英校萊佛士書院，經曆過殘酷的日據時期，有一次差點遭日軍毒手。
二戰結束後，李光耀在親友的幫助下湊集學費赴英留學，在劍橋大學攻讀法律，並在英國與自己的終身伴侶柯玉芝女士完婚。柯玉芝祖籍福建，父親爲華僑銀行的總經理，亦屬華人。
1950年，李光耀返回新加坡從事律師行業，因替郵差打官司而名聲大噪，漸漸步入政壇，後來李光耀一路披荊斬棘成了“新加坡之父”。他一生最大的成是使一窮二白的新加坡在三十年內發展成全球最富裕繁榮的國家之一。直到今天，李光耀所留下的衆多政治遺産還爲世人所稱道，很多人將其視爲上世紀全球最成功的領導人之一。
身爲華人，晚年的李光耀在接受記者采訪時表示，自己並沒有“落葉歸根”的想法，雖然很多老華人都有這種情感，比如李光耀的姨夫就曾對他表示希望自己死後能葬回中國。李光耀將這種情感稱爲“老一輩華人的浪漫主義”，他說：“老一代人有這種情懷，覺得自己應該往回寄錢，該幫助親人。”他還列舉了很多有那種浪漫主義情感的人，比如著名的華僑企業家陳嘉庚先生。
李光耀能理解這種情懷，但是他同時也表示，自己對祖籍並沒有任何浪漫的想法。李光耀回憶了自己的曾祖父李沐文的故事：當年李沐文在南洋發了財後曾返回故鄉，給自己捐了個官，還建了一個大宅子，這個宅子後來成了當地的一個景點。某次，家鄉的“親戚”給他寄了關于這個宅子的錄像帶，並表示希望李光耀能爲宅子“做點貢獻”，李光耀明確拒絕道：“我是新加坡人，我是不會去那裏參觀的……後來他們又給我寄了一張宅子裏居住者的照片，照片裏的人都很土，而我差點成了其中一個……”
當記者問道：“隨著中國的日漸發展，新加坡的年輕華人會不會因此産生一些別樣的情感”，李光耀直接回答說：“回歸祖國是不切實際的幻想，我們已經變得不同了，也無法再融合了……”