蒙古高原一分爲二，蒙古國與內蒙古，但內外蒙古之分並非到了近代才有。
元朝覆滅之後，蒙古各部日漸分裂，成祖皇帝屢次禦駕親征，致使北方騎兵多年不敢犯邊。在這段曆史裏我們經常可以看到“漠南”、“漠北”這樣的名詞，而它們事實上也是內蒙和外蒙的前身。一般來說，征討蒙古的中原軍隊都是出長城，先平漠南，而後穿沙漠，再擊漠北。這裏的“漠”就是區分內蒙和外蒙的地理標志。
蒙古高原是誕生遊牧民族的搖籃，但這裏卻並非都是一望無際的草原，在今蒙古國南部東戈壁省、南戈壁省、戈壁阿爾泰省，以及我國內蒙古錫林郭勒西部一帶就是浩瀚的沙漠。在漢朝和唐朝的曆史文獻裏，這片沙漠經常被冠之以“瀚海”，到了明末清初，圍繞著這片沙漠一共盤踞著三大蒙古勢力，分別是“漠北蒙古”、“漠南蒙古”和“漠西蒙古”。
漠北蒙古主要是喀爾喀部，後來演化爲今天的蒙古國；漠南蒙古主要是科爾沁部和察哈爾部，後來演化爲今天的內蒙古自治區；漠西蒙古主要是准噶爾部，後來就是今天的新疆。成吉思汗的黃金家族就是源自科爾沁部的，換句話說內蒙古才是蒙古帝國的正統繼承者。但明末之時，漠南蒙古逐漸式微，東面有強勢崛起的後金，西面則是一心稱雄的准噶爾。
此時黃金家族的掌舵人爲林丹汗，這也是蒙古帝國法理上的最後一位大汗。林丹汗想效仿其祖先入主中原，但首先要統一北方，而此時他面對的最大敵人卻是盤踞于白山黑水的女真人。漠南蒙古與後金的戰爭爆發，努爾哈赤勢如破竹，很快將林丹汗的軍隊擊潰，漠南也就順勢被後金收入囊中，改稱“內屬蒙古”，即內蒙古。因爲歸順滿人的時間最早，所以清廷對內蒙的控制最爲牢固。後來滿蒙聯姻無一不是從內蒙挑選後妃，外蒙則從來沒有這個待遇。
漠南擺平之後，剩下漠北和漠西，但此時滿人忙著入主中原，也就沒空關注貧瘠的蒙古高原。恰在此時，准噶爾部的擴張卻促成了外蒙的歸附。發源于伊犁河谷的漠西蒙古日漸強大，准噶爾汗國決心吞並漠北，喀爾喀部不敵，于是向清廷告急。康熙皇帝問訊料定准噶爾在吞並漠北之後必然要與清廷一決雌雄，當即率師出征，准噶爾被擊退。此戰遏制了漠西蒙古的東進步伐，同時也將漠北收入版圖，改稱“外藩蒙古”，即外蒙古。
至此，內外蒙古盡皆被清廷控制，此後滿人對其采取不同的管理制度，從某一方面來說也固化了兩地的差異。而漠西蒙古直至乾隆年間才徹底平定，曆經康雍乾三朝用兵，准噶爾汗國終于從地圖上消失了。對于這片土地，清廷沒有再以“西蒙古”之類的稱呼命名，而是取“故土新歸 ”之意，取名“新疆”。
早在俄羅斯進入亞洲之前，蒙古各部就已經四分五裂。而在後來的演化當中，由于地理阻隔、曆史糾纏等各種因素，逐漸形成了內蒙和外蒙兩大區域版塊，並且一直延續到今天。