雖然工地和通風建築將設在自然保護區外圍，但有自然愛好者擔心，其中一個工地靠近溫莎自然公園，會阻礙野生動物往來叢林和自然公園之間，陸路交通管理局因此同意設法縮小工地範圍。
多名自然愛好者在數周前，針對三個月前公布的跨島線第二階段環境影響評估報告共同作出回應，就直透路線對泥土穩定性、震動的影響及施工地點等表達關注。
其中一個關注點是，設于溫莎自然公園和新加坡島嶼鄉村俱樂部高爾夫球場之間的工地。
自然愛好者指出，這個工地會阻礙野生動物從附近一片10公頃叢林往返溫莎自然公園之間，該地區對棲息于島嶼俱樂部路兩側的走禽類和樹棲哺乳動物覓食很重要。
自然愛好者反映問題後，陸交局接受縮小工地範圍的必要，也原則上答應把一些器材和設備移到他處。
他們也認爲，把這個工地局部或全部往島嶼鄉村俱樂部的地段遷移會更理想，但這有待對工程深入研究完成後才能確定。
他們坦言，起初擔心自然保護區會因隧道挖掘工程而出現坑洞，而圈內又沒有工程專家可對陸交局的隧道方案提出質疑，因此感到焦急。後來，陸交局成立了由海內外工程專家組成的獨立咨詢小組，並決定把建在麥裏芝地底下的隧道建得更深後，讓自然愛好者感到較安心。
他們希望，當局下來對工程進行深入研究時，也能繼續咨詢他們的意見，減低對自然生態可能造成的影響。