新加坡在脫離英國殖民統治，走向獨立的過程中，爲了謀求自身發展，根據當時聯合國援助專家組的意見，就一直尋求與馬來西亞合並。
爲此，李光耀所領導的人民行動黨在通過選舉取得新加坡權力後，與吉隆坡方面保持了緊密的聯系，特別是在保持新加坡局勢穩定和清除新加坡左翼勢力方面，雙方保持了極爲默契的配合，吉隆坡方面甚至爲新加坡當局在這兩方面取得的成就進行了高度贊揚。
然而正是在這種緊密的聯系下，新加坡雖然最終得以順利加入馬來西亞，但也讓雙方最終走向解體埋下了隱患，它讓新加坡從馬來西亞的紐約走到了亞洲的黑暗角落。
這一原始症結的根源就在于新加坡在《馬來西亞協議》的談判過程中，太過激進的將自己的利益放在第一位，總是爲自己的利益討價還價，從而讓吉隆坡逐漸失去了對新加坡的好感。
在談判過程中，雙方一直圍繞金融、稅收、貿易等核心方面的問題苦苦博弈，談判因此一度陷入僵局。
1963年7月，雙方最終達成的協議中，新加坡最終獲得了保留60%財政收入的權力，在我國地方的這一權利被限制在20%以內，歐美國家也大多將其限制在50%以內。
同時在教育和勞工法規方面，新加坡幾乎擁有獨立的所有權力；在貿易方面新加坡保持了自己的自由港地位，以方便自己獲取廉價的原材料，同時又讓吉隆坡降低了關稅壁壘，以促進馬來亞共同市場的形成，爲此雙方在協議中明確，將在協議簽署的12年內，逐步建成一個共同市場。
從以上協議的內容來看，無論新加坡在加入馬來西亞的談判過程有多糾結，其結果明顯是偏向于新加坡的。
財政上的大比例留成，教育和勞工法規上的獨立，讓新加坡這個馬來西亞的紐約成爲了事實上的獨立王國，而貿易談判的結果則讓新加坡的廉價工業産品和轉口貿易優勢發揮到極致，這嚴重打壓了馬來西亞剛剛起步的工業基礎。
實際上在協議達成之初，馬來西亞官方的一些高官就不看好這個協議，其財政部長曾公開表示，自由港和共同市場，新加坡只能選擇一個。
雖然結果是新加坡贏得了他們所需要的所有，李光耀所領導的人民行動黨也因爲這一成就而取得了新加坡各階層的信任並得以在改選中獲勝連任，但新加坡與吉隆坡的矛盾症結也就此埋上。
12年的共同市場沒有等到，雙方因爲共同政治利益而結合在一起的短暫政治婚姻，最終也在兩年後的政治糾紛中而迅速走向解體。