要確定病患是否感染變種病株，整個過程耗時六天至八天。
目前通過鼻腔拭子進行聚合酶鏈反應檢測（PCR），一天就能出結果，如果是陽性，實驗室就會把樣本送到國家傳染病中心的國家公共衛生實驗室（National Public Health Laboratory），展開全基因組排序，譜出3萬個核苷酸（nucleotides）的排列。
這意味著，很多確診病例通報給公衆時，還無法確定他是否感染了變種病毒。實驗室主任林擇彬副教授通過電郵，詳細解釋了這背後是怎樣的一門技術活。
他說，PCR能初步診斷病患病毒種類，但爲了公共衛生調查，實驗室仍須做排序工作，以確定病患之間是否有聯系。這就有如研究人員不滿足于知道病毒的姓氏，還想要知道他們的全名和身份證號碼。
研究人員必須從病患鼻腔深處提取樣本，如果樣本質量不夠好，研究人員得把核糖核酸（RNA）轉換爲脫氧核糖核酸（DNA），進行標記和多重聚合酶鏈反應測試，産生出更多互補DNA（complementary DNA），再使用全新一代測序（Next Generation Sequencing）的機器進行排序。結果出爐後，研究人員也會使用特別的生物信息軟件對結果進行檢查、集合和分析。
“在分析基因組序列數據時，我們要在軟件的參數設置和結果的解讀上做出專業判斷，必須和全球冠病病毒數據庫進行對比，數據庫到目前已有150萬個病毒基因組。我們也必須跟實地調查團隊溝通，將基因組序列和病例配對，結合流行病的調查結果進行對比分析，以協助衛生部和相關部門及時調整防疫措施和政策，樟宜機場感染群的調查就是典型的成功案例。”
林擇彬指出，變種病株雖已成爲主流，但根據現有技術，要快速檢測變種毒株還是不太准確。
“比如B16172是B1617的亞型，就如同人類的族譜一樣，每個家族有不同小家庭和成員，在病毒系統發育（Phylogen）中的世系（lineages）和它們的亞型中，也有不同毒株。陳笃生醫院和樟宜機場感染群的病毒同樣是B16172亞型，但基因組測序顯示這兩個感染群的病毒是不同的。”
找出病毒株基因標記 搞清誰將病毒傳給誰
雖然市面上的一些試劑盒能初步辨別包括B1617在內的主要毒株，但無法提供更詳實的信息，因此有必要必須展開全基因組測序。
他說：“許多國家只要知道國內有多少變種毒株病例，不要非常准確的結果。新加坡不同，我們要追查感染源，搞清誰將病毒傳給了誰以及傳播途徑，因此我們必須進行精確檢測，找出病毒株獨特的基因標記，以決定在哪些環節采取適當的措施。接下來我們希望借助科技提供快速、充分且具有深度的數據和信息。”