根據這份環評報告，施工地點位于西部集水區，那裏擁有豐富的植物和動物種類。這一區具保護價值的物種，包括在亞洲多個國家被視爲極度瀕危物種的蕨類植物七指蕨（Helminthostachys zeylanica），以及馬來穿山甲和黃冠鹎（Straw-headed bulbul）。
“公用事業局已充分考慮並采納自然組織提出的大部分建議，我們也就環評報告和當中的緩解措施咨詢了技術機構。采取這些措施雖將增加翻新項目的整體成本和時長，但我們致力于實施所有措施，以降低翻新對環境的影響。”
他強調，公用事業局希望能減少施工活動對周圍生物造成的影響，以保護生物多樣性和實現可持續發展。與其他地塊相比，當局選擇動用的土地地勢較低，不必建造抽水設備，從而減少能源消耗和降低蔡厝港自來水廠整體的碳足迹。
對此，周強說，當局打算調整建築的占地面積，以保護森林溪流，並加強土壤控制措施等。爲了減輕對原生植物的影響，當局會把具有保育價值的樹苗移植到指定的苗圃或其他合適的環境。若可行，當局也會探討將這些植物重新栽種在翻新後的水廠，並把它們用來鞏固斜坡土壤等。
當局將在蔡厝港自來水廠以南的約3.2公頃綠地實施土方工程和清除植被。他們爲此公布了一項環境影響評估，今年3月也咨詢了自然組織的意見，希望了解工程對環境可能造成的影響。
配合蔡厝港自來水廠翻新工程，南洋理工大學附近的西部集水區部分林木將清除，公用事業局咨詢了自然組織的意見，施工時將采取更多環境保護措施。
公用事業局供水（水廠）署署長周強受詢時說，蔡厝港自來水廠是唯一將處理過的自來水供應給我國西部地區的自來水廠。在提升這個水廠的基礎設施時，必須確保它繼續供水，但水廠當下並沒有足夠的空間來滿足現有設施的運作和新水供處理設備的建設，因此須清除更多土地。
報告指出，雖然翻新項目料會對環境造成輕微至嚴重的負面影響，但當局若實施報告提出的建議，將能把影響程度降到中度至輕度水平。報告的建議包括使用隔音屏來降低工地噪音，以減低對野生動物造成的影響、移植具有保護意義的植物，以及把一些水棲動物遷移至其他棲息地。