1、王恭廠大爆炸之謎
王恭廠大爆炸，史稱天啟大爆炸或王恭廠災，為1626年5月30日(明朝天啟六年五月初六)，端午節次日上午9時，北京西南隅的王恭廠火藥庫附近區域發 生的離奇爆炸事件，造成半徑達750米、面積達2.25平方公里的爆炸範圍及2萬餘人的巨大死傷。
據後人估算，此次爆炸的威力約為1萬至2萬噸當量的黃色 炸藥(TNT)(相當於廣島原爆)。對於王恭廠特大爆炸，幾百年來一直眾說紛紜，大體上有這幾種說法，即地震說、火藥自爆說、隕石說、核爆炸說、龍捲風說、外星人入侵說等等，但每一個觀點 都沒有擺出無可辯駁的證據，使人完全信服。
由於時間久遠，現場早無痕跡可查，從歷史資料記載來看，僅能作出大體上猜測，還不能證實這次大爆炸的起因，時至 今日大爆炸之謎仍未解開。
2、「景山坐像」之謎
1987年3月在北京地區航空遙感成果展覽會上，曝出一個驚人的消息：遙感拍攝的北京景山公園平面園林圖，酷似一尊盤腿打坐的人像，被稱為「景山坐像」。這是怎麼回事呢?遙感衛星拍攝回來的景山公園照片清晰可見公園的整體建築群落，酷似一尊閉目盤坐著的人像。
人像面帶微笑，公園的壽皇殿建築群為「坐像」的頭部，大殿和宮門組成眼、鼻、口，眉毛由樹組成，兩邊非常對稱的三角形樹林組成了鬍鬚，但它被壽皇殿外牆隔開了。
經過仔細辨認，這個圖像的邊框是由景山公園四周的內外圍牆構成，近似於最美的黃金分割比例，如果真是一幅人像的話，那它將是世界上最大的用人工建築組 成的人像。「景山坐像」引起了科技界、考古界的廣泛興趣。
這幅近似人像的圖形為什麼會在北京中軸線上的景山公園出現呢?作為皇城宮苑園林，景山從遼代堆山，金代建 園，逐步成為北京城南北軸線的中心點。這座人像究竟是古人有意建造還是一種巧合?幾年來，專業人員為此作了大量的研究考證，但收穫均微，至今還是一個沒有解開的謎。
3、頤和園裡暗含圖案之謎
頤和園的布局也極其奇妙。衛星照片上的昆明湖變成了一個壽桃，萬壽山展翅成了一隻蝙蝠，連十七孔橋也成了一隻長長的龜頸。北京人極其熟悉的頤和園在高空中看起來竟然是一幅福山壽海的圖案。這些精妙的設計到底是古人有意建造還是一種巧合?
相傳修建頤和園之初，皇帝曾下令要在園林中體現福、祿、壽三個字，當時匠人巧用心思，設計了一個人工湖，將這個人工湖挖成一個壽桃的形狀，在平地上看不 出它的全貌，但從萬壽山望下去，呈現在眼前的就是一個大壽桃。
而十七孔橋連著的湖中小島則設計成龜狀，十七孔橋就是龜頸，寓意長壽。至於福字，是將萬壽山 佛香閣兩側的建築設計成蝙蝠兩翼的形狀，整體看來成了一隻蝙蝠，蝠同福，寓意多福。
4、北京古城牆缺個角
翻開明清時期北京城地圖，細心的人會發現，明清時期城牆沒有西北角，為什麼明清時城牆沒有西北角?這是長久遺留下來的不被普通百姓所熟知的一個謎。如今，古城牆已不見蹤影，早已被二環路替代。
北京古城牆始創於元代，建成於明代，沿用於清代至民國，經歷了7個世紀之久。據史書記載，巍巍北京古城牆在元代時是方方正正的，此所謂城方如印。到了明代，內城、外城和皇城均有缺角現象。內城沒有西北角，破壞了北京城整體的對稱性，從整體布局上看，似有缺憾之處
關於北京古城牆缺個角大體上有三種說法，其一修建時人為去掉西北角，其二修建後屢建屢塌形成缺口狀，其三古人故意設計為缺口狀。不論哪一種說法，都有一定的道理，目前只是個猜測，還不能證實北京古城牆為何獨缺西北角。
5、東華門門釘謎團
義大利攝影家馬達羅的20世紀初的北京攝影作品展上，有一張1898年從正東向西拍攝的東華門照片，照片上的門釘數是橫七豎九。有細心人提出，現在東華門的門釘數是橫八豎九。《帝京舊影》一書中有張攝於1922年的東華門照片，門釘數也是橫七豎九。
而《北京老城門》一書攝於20世紀80年代的一幅東華門照片，與1898年那張照片的拍攝角度完全相同，門釘數卻已經是橫八豎九了。古代中國人認為：單為陽，雙為陰。九是陽數之極，故九路門釘是體現最高等級的門釘排列。紫禁城南(午門)、北(神武門)、西(西華門)三門都是橫九豎九，共81顆門釘。
唯獨東華門是橫八豎九，共72顆門釘。那麼東華門門釘究竟是橫七還是橫八?從什麼時候起橫七變成了橫八?那東華門門釘數目變動有什麼歷史背景?是故宮修繕過程中不慎弄錯了還是其他原因?至今仍然是一個謎。
6、中軸線有點歪，起點指向是個謎
專家發現：一直被認為是正南正北貫穿北京城的中軸線卻出現了與子午線不重合的現象，似乎有點歪。在元、明、清三代皇城中，中軸線代表的是皇權至上和大一統思想的標誌，應突出正和中的中心位，同時也是向心對稱各級建築為依據的軸線。
然而，令人費解的 是，這條有著730年歷史的中軸線並非想像中的正南正北，而是向逆時針方向傾斜。更令人不解的是，中軸線直指270公里外的元上都遺址。經準確測量顯示：以永定門為端點的北京中軸線，從逆時針方向與子午線有一個2度多的夾角。
雖然只偏離了2度多的夾角，但在永定門北6公里多的地安門已向 西偏離子午線200多米，而在永定門北約8公里的鼓樓則向西偏離子午線近300米。由於偏差角度比較小，普通市民根本感覺不到。
還有讓人所不解的是：北京中軸線繼續往北延伸，它的延長線直指距離北京270多公里的元上都遺址，為什麼延長歪斜的中軸線，恰好經過曾經的元上都的遺址，這中間又有什麼含義呢?科學家們仍在繼續尋找著答案。
7、北京城裡的「雙龍」布局
有關專家對北京景山地區的遙感航攝照片進行了研究，發現這裡的古代建築群的整體設計形狀貌似一組擬人化的建築。科學家利用遙感技術所拍攝的全北京城鳥瞰照片，翻閱了大量有關史料，相互印證。
他們驚奇地發現，明朝人對北京城的設計建造是雙龍布局形狀，即一條水龍和一條陸龍衡山環水，蔚為奇觀。
北京的「雙龍」，水龍以南海為龍頭部分，湖心島是龍眼，中南海和北海構成龍身，什剎海是龍尾，擺向西北方向。陸龍俯臥在北京的中軸線上，天安門宛若龍 吻，金水橋為龍的頷虯，東西長安街仿佛龍的兩條長須。從天安門到午門一帶是龍鼻骨部，太廟和社稷址如同龍眼，故宮恰似龍骨龍身。
四座角樓好像是龍的四爪， 伸向八個方向，景山、地安門大街和鐘鼓樓構成龍尾。正陽門好似一寶珠。通覽北京中軸線的古建築，呈現出巨龍鎖珠之勢，極富匠心。這種神奇的雙龍布局設計是 中國古人的藝術造詣，還是天然的巧合，仍然是一個謎。
8、靈光寺的「三絕」之謎
靈光寺，位於北京西山八大處，是一座1200多年歷史的佛家古剎。靈光寺始建於唐代大曆年間，初名龍泉寺，遼代曾擴建，金代改叫覺山寺，明代成化十五年重修後，才改稱為靈光寺。一千多年來，靈光寺有著千古傳奇，還有讓人讚嘆不已的「三絕」以及它的未解之謎。
如今，靈光寺已是聞名中外，全國各地的遊人都慕名前來燒香敬拜，來這兒遊客的不光燒香拜佛，還想對古寺廟中的「三絕」一探究竟，那她有哪「三絕」呢? 「三絕」就是：
「一絕」為千年生死樹;「二絕」為寺中大雄寶殿的香火從不熏人;「三絕」為大雄寶殿後面山上古木綠樹繁陰，但大殿屋頂上卻沒有一片樹葉。多年來，靈光寺「三絕」吸引了許多國內外專家學者前來獵奇、解題，卻至今仍無人能解其中之謎。
9、北京十字寺之謎
房山周口店鎮的車場村曾有個十字寺。1919年的一天，有個叫哈丁的洋人來到這裡。寺中的兩塊石刻上清晰的「十字」吸引了他的注意。後來，這兩件石刻經過鑑定，它們是珍貴的景教遺物。石刻的發現曾轟動中外學術界。
景教石刻的發現，揭開了一段被歷史掩埋了許久的真相——這座供奉著佛教諸神的十字寺，原來曾經是一座景教寺院。車場村西北十字寺遺址上，有兩塊石碑，一塊元碑、一塊遼碑，它們默默地講述著十字刻的千年滄桑。
這座寺院為東晉建武元年高僧慧凈創建。遼代叫崇聖院。元 順帝賜名十字寺。但從建成直至景教石刻被發現的1600年間，十字寺留下的都是佛教寺院記載，未見景教寺院的任何資料記載。