海昏侯墓的發掘，是我國考古史上的重大發現，而從發掘以來，海昏侯墓未解之謎一直有很多。而且很多發現甚至可以改寫中國曆史，需要進一步的去探索與發現。且海昏侯墓十分完整，在國內所挖掘的墓中是獨一無二的。
1、主墓發掘3年香氣不斷
一般的古墓中，只有厚重的泥土氣息與黴味，但海昏侯墓卻有所不同。主墓從發現盜洞到發掘的近3年間，一直彌漫著一股神秘香氣。這些香氣出自何處，現在也沒有找到答案。而且這股香氣，絕對在發掘之前就一直存在，所以從下葬起，可能就一直存在著。可以說是海昏侯墓未解之謎中的最神秘的一個謎團了。
2、蒸餾酒曆史可能提早千年
海昏侯墓葬出土文物中發現了一個形似制酒用品的青銅“蒸餾器”。一開始，研究人員就猜測這個器具是用來制作果汁或者煉丹的。經鑒定後，又發現了芋頭的殘留物。直到現在，日本制作清酒的主要原料還是芋頭，殘留物的發現讓專家們覺得這應該是蒸餾制作燒酒所用的器皿。而墓中的器皿是否是用來制作蒸餾酒，依然屬于海昏侯墓未解之謎。
資料顯示，中國發現的最早制酒蒸餾器屬于距今800多年的元代。如果能證明西漢時期中國就可以蒸餾白酒的話，相當于把蒸餾酒的曆史提早1000多年。
3、出土補藥改寫中國草藥史
在曾做過27天皇帝的劉賀的陪葬物品中，也發現了不少補品，而這些補品有可能是冬蟲夏草。蟲草是一種真菌，寄生于蟲草蝙蝠蛾的幼蟲體內，只生長在海拔3000米以上的高寒草場，因冬爲蟲，夏成草，又稱“冬蟲夏草”。海昏侯墓未解之謎其三就是其中出土的補藥。
關于冬蟲夏草最早的文字記載見于清朝王昂的《本草備要》(1694年)：“冬蟲夏草，甘平，保肺益腎，止血化痰，止勞咳。”而此次墓室出土的補藥類似于冬蟲夏草，且有可能是從西藏傳過來的。如果真是冬蟲夏草，中國以冬蟲夏草入藥的曆史又將提前千年。