海盜與權臣的交替
隨著馬哈茂德沙二世的暴斃，拜裏米蘇拉家族在馬來亞近三百年的統治至此終結。根據伊斯蘭教法對女性繼承權的有限承認，具有蘇丹家族女系血統的旁親有資格入嗣新的柔佛王室。吉蘭丹蘇丹試圖推舉已故北大年蘇丹羅阇·巴卡爾（Raja Bakr）的女兒爲蘇丹，理由是年幼的公主是柔佛帝國前蘇丹阿蔔杜勒·賈利勒三世的外玄孫女，前蘇丹馬哈茂德沙二世的族外甥女。
但這個要求遭到班達诃羅家族一致拒絕：1676年簽訂協議的時候，承認阿蔔杜勒·賈利勒三世複位的大前提就是不允許已經在北大年繼承蘇丹寶座的羅阇·巴卡爾及其後裔繼承柔佛。沒有男嗣繼承人的阿蔔杜勒·賈利勒三世唯一的血脈流傳到北大年，而北大年王族的父系血統來自吉蘭丹——北大年在17至18世紀初維持半個世紀的“女主時代”，除了羅阇·巴卡爾其他蘇丹都是女性。如果羅阇·巴卡爾的女兒上位，最直接的結果就是吉蘭丹吞並柔佛，這是柔佛權臣勢力絕不容忍的結局。
在大臣“一致”推舉的結果下，1699年末，時年43歲的阿蔔杜勒·賈利勒·馬吉德繼承蘇丹，柔佛班達诃羅王朝（1699-1824）自此建立。
班達诃羅家族治下的“柔佛帝國”保持對馬來亞南部、蘇門答臘東海岸和馬六甲海峽群島的統治權，這個稱謂既承認柔佛蘇丹的“共主”名分，但又帶有諷刺性。因爲布吉斯人出身的海盜們占據政壇重要地位，通過“天猛公”與“拉克薩馬納”階層成爲重要的實權力量，而且他們把血脈流傳到蘇丹的旁系中去。
與此同時，班達诃羅上位帶有過于強烈的“權臣接班”色彩，使得柔佛境內的反對者數不勝數。1718年，年輕的軍閥羅阇·克基爾（Raja Kecil，死于1746年）帶領布吉斯海盜起兵，襲擊柔佛。
阿蔔杜勒·賈利勒四世來不及召集兵馬應對克基爾的襲擊，最終被俘虜至西亞克並被羅阇·克基爾弑殺。羅阇·克基爾起兵的初衷是：他自稱是1699年遇刺身亡的馬哈茂德沙二世蘇丹遺腹子，對王位具有天然的合法性。
但最終羅阇·克基爾沒能如願以償成爲柔佛蘇丹，因爲阿蔔杜勒·賈利勒四世的兒子蘇萊曼·巴德爾·阿拉姆沙（Sulaiman Badrul Alam Shah，1699-1760）通過提升布吉斯“拉克薩馬納”的地位重新召集兵馬，驅逐克基爾麾下的布吉斯派系，恢複王權。他找到諸多文件，譴責羅阇·克基爾爲冒充的私生子——“一個20歲的羅阇，怎麽可能生出18歲的兒子？”（羅阇·克基爾起兵的時候，他的兒子已經能指揮軍隊），將後者趕到蘇門答臘。羅阇·克基爾帶著布吉斯人勢力在蘇門答臘東部海岸建國，即西亞克蘇丹國（Sultanate of Siak，1722-1949）。
西亞克蘇丹國的軍隊徽章
1850年西亞克蘇丹國版圖
西亞克蘇丹國的建立意味著柔佛帝國第一次被分裂、瓦解，自此柔佛失去對蘇門答臘的控制。柔佛雖然名義上是“帝國”，但中下層的布吉斯人通過擔任“天猛公”和“拉克薩馬納”等職務，逐步壟斷了馬來亞的上層建築，對巴生、林吉、雪蘭莪等地進行事實上的割據與管理。至18世紀中葉，布吉斯人在雪蘭莪建立獨立的蘇丹國（Selangor Sultanate）。
弑君悲劇再次發生在阿拉姆沙的兒子穆阿紮姆沙（Muazzam Shah，1738-1761）、孫子艾哈邁德·利亞特沙（Ahmad Riyat Shah，1752-1770）兩代人身上。阿拉姆沙晚年被布吉斯人“拉克薩馬納”完全控制，去世時柔佛已經是“支離破碎的帝國”。
穆阿紮姆沙在父親駕崩當年迅速自行繼位，僅僅過了一年被毒死在從柔佛前往廖內（Riau）的路上——布吉斯人把自己的大本營，位于今印度尼西亞北部的廖內群島當作“柔佛帝國”的首都，把所有的行政機構都遷到廖內群島。
9年後，類似的悲劇發生在穆阿紮姆沙長子艾哈邁德身上。由于艾哈邁德無嗣，“柔佛帝國”的管理權落到其年幼的弟弟馬哈茂德王子身上，即馬哈茂德沙三世（1756-1811）
班達诃羅家族時期柔佛君主列表及死因
同年，馬哈茂德沙三世的堂伯父、時任柔佛“班達诃羅”的敦·阿蔔杜勒·馬吉德（Tun Abdul Majid，1718-1802）割據彭亨，自稱“彭亨的羅阇·班達诃羅”（Raja Bendahara of Pahang）。
阿蔔杜勒·馬吉德的父親敦·阿巴斯（Tun Abbass）是阿蔔杜勒·賈利勒四世的長子，本來被父親任命爲“班達诃羅”予以培養，但由于敦·阿巴斯本人精神方面有疾病，並涉嫌殺害親族，作爲長孫的阿蔔杜勒·馬吉德被祖父排除繼承權。阿蔔杜勒·馬吉德雖然也尊柔佛爲宗主，但實際保持相當高的獨立自主權，自稱“羅阇·班達诃羅”（王公宰相）。彭亨的事實獨立給“柔佛帝國”帶來諸多不確定因素，也給後來英國趁虛而入埋下禍根。
英帝國主義殖民者的介入與“柔佛帝國”的滅亡
當年爲了驅逐葡萄牙人勢力，荷屬“東印度公司”就不斷向親荷的馬來貴族（尤其是布吉斯人）讓渡自主權，以至于當他們真正托管海峽殖民地的時候，實際必須依靠馬來貴族的合作。荷蘭除了在馬六甲有常駐辦事處，在馬來亞大區並沒有實現類似馬來群島這種直接的殖民統治。
相較于前代頻發的繼承人危機，經曆42年穩定的統治，馬哈茂德沙三世在年邁的時候並不擔憂繼承人的年齡和身份問題：在1812年，他有兩個年富力強的兒子，即長子侯賽因和次子阿蔔杜勒·拉赫曼。侯賽因此時已經35歲，有兩任出身高貴的妻子——即“天猛公”阿蔔杜勒·賈馬勒（Abdul Jamal，1720-1802）的孫女，和彭亨第四任“班達诃羅”敦·阿裏（Tun Ali，1782-1858，阿蔔杜勒·馬吉德的孫子）的女兒。唯一的問題，就是侯賽因的兩個妻子都比較年少，在當時尚未給侯賽因留下繼承人。二王子阿蔔杜勒·拉赫曼在此時已有諸多子女，但無論是生母出身還是妻子出身遠不及兄長。沒有人質疑，在馬哈茂德沙三世去世以後，下一任蘇丹必然是侯賽因蘇丹王太子。
1812年，馬哈茂德沙三世准備隱居。在他即將退位的時候，蘇丹授意侯賽因王太子去彭亨，因此鞏固與彭亨王族的聯姻關系。結果很快就傳來馬哈茂德沙三世蘇丹猝死的消息——雖然官方說法是馬哈茂德沙三世死于食物中毒，但時人普遍懷疑是布吉斯人背後下藥。
侯賽因王太子雖然是長子，但最大的軟肋就是沒有子嗣，以及與布吉斯人關系不睦。布吉斯人出身的“拉克薩馬納”長官、時任“副王”【按：“副王”職務在馬來語的發音爲“嚴迪普端·穆達”（Yang Dipertuan Muda），是布吉斯人設立的職務，類似于“攝政王”】的羅阇·賈法爾（Raja Jafar）立即通過法令，擁立二王子阿蔔杜勒·拉赫曼爲柔佛蘇丹，這件事情直接導致另外一個歐洲勢力對馬來亞事務的介入。
英國曾接管過荷蘭在馬來亞和馬來群島的一些屬地，但根據1814年8月13日簽署的《倫敦協定》，英國必須歸還原本租借、托管原屬荷蘭的爪哇、馬六甲等領地，很顯然這並不是英國殖民者的主觀意願。
萊佛士畫像
時任明古連（Bengkulu）副總督的英國冒險者托馬斯·斯坦福德·萊佛士（Thomas Stamford Raffles）爲了確保英帝國主義在馬來群島和馬來亞的利益不被損害，選擇尋求馬來貴族當權派的支持。1818年7月5日，萊佛士寫信給羅阇·賈法爾，懇求布吉斯“拉克薩馬納”派系“不要接待任何荷蘭來使”，以此中斷柔佛方面與荷蘭的合作。與此同時，英國在柔佛的駐紮軍官威廉·法誇爾（William Farquhar）也在同一年的10月15日給羅阇·賈法爾寫信，建議選取卡裏摩群島或新加坡作爲據點，英國在此建立港市。但兩人發現羅阇·賈法爾被荷蘭勢力影響頗深，絕無可能把新加坡的管理權交給英國。
與此同時“天猛公”阿蔔杜勒·拉赫曼（Temenggung Abdul Rahman，1775-1825）在繼承祖父爵位後一直支持妹夫侯賽因，即便他妹妹一直沒能生出子嗣。侯賽因在王位繼承中的失利，加上阿蔔杜勒·拉赫曼以“天猛公”的身份被派遣至新加坡管理當地防務，阿蔔杜勒·拉赫曼決定支持英國人的行動，從而確定侯賽因作爲蘇丹正統繼承人的地位。
阿蔔杜勒·拉赫曼蘇丹本人對柔佛王位興趣不大，對外一直自稱自己是“廖內-林加蘇丹”，加上柔佛上下對布吉斯“拉克薩馬納”派系意見頗深，因此萊佛士、法誇爾決定轉而支持侯賽因，收買“天猛公”阿蔔杜勒·拉赫曼的人情。
在阿蔔杜勒·拉赫曼的操作下，1819年2月6日，阿蔔杜勒·拉赫曼蘇丹宣布退居林加，侯賽因成爲柔佛的正統蘇丹。但侯賽因的執政領地在新加坡，而非廖內或柔佛。根據萊佛士和法誇爾與“天猛公”阿蔔杜勒·拉赫曼簽署的協議，新加坡的“商站”由英國管轄，歐洲和美洲其他強國無權在此建立殖民地。
至此，“柔佛帝國”正式被瓜分，侯賽因作爲名義上的合法蘇丹，實際臣服于大英帝國；阿蔔杜勒·拉赫曼蘇丹雖然管理林加，但他和他身邊的布吉斯人派系卻又歸荷屬東印度管理。英國殖民者開始變本加厲索取對新加坡的管理權限，至1824年8月2日宣布英國對新加坡具有完全的管轄權，侯賽因和“天猛公”家族失去島嶼上所有的政治實權，只剩下由英國官方發放的津貼和終身薪俸。
左：1819年的侯賽因蘇丹（後世還原形象）；右：東古·阿裏畫像
被英國一步步剝奪實權的侯賽因開始陷入自暴自棄的狀態，在“天猛公”阿蔔杜勒·拉赫曼去世後，他嚴重仰仗泰米爾穆斯林出身的女婿阿蔔杜勒·卡迪爾（Abdul Kadir），引發馬來穆斯林與印度裔穆斯林群體對立事件。
1835年，59歲的侯賽因蘇丹去世，他去世時長子東古·阿裏王太子（Tengku Ali，1824-1877）只有11歲。新加坡三任總督墨奇森、博納姆和巴特沃思都呈請孟加拉總督和馬來亞各派系承認阿裏爲柔佛新蘇丹，但因爲阿裏年紀過輕，外加侯賽因蘇丹生前欠賬過重，一直未能被批准。彭亨的“羅阇·班達诃羅”敦·阿裏無意支持外孫，而是試圖進一步爭取彭亨在王權問題上的獨立，以索取柔佛分裂後遺留的政治遺産。
左：敦·易蔔拉欣（1860年）；右：阿布巴克爾（1890年）
東古·阿裏繼位後變本加厲借債，以維系自己和妻妾子女在新加坡的高額開支，這引起“天猛公”敦·易蔔拉欣（Tun Ibrahim，1810-1862）、阿布巴克爾（Abu Bakr，1830-1895）父子的強烈不滿。
敦·易蔔拉欣是已故“天猛公”阿蔔杜勒·拉赫曼的繼任者，是新加坡與柔佛馬來穆斯林社群內部真正的軍政首領。1848年，阿布巴克爾明確告知新加坡總督，“天猛公”家族不可能視債台高築的東古·阿裏作爲他們父子倆共同的主公。隨著債務加深，東古·阿裏在沒有獲得任何支持的前提下，于1855年自行離開新加坡，遊離于馬來亞南部各區域，最終于1877年死于馬六甲。
溫斯泰德認爲，“天猛公”家族的崛起，以及彭亨的“羅阇·班達诃羅”敦·阿裏對外孫一直持“見死不救”的態度，原因在于兩個家族的源頭是被剝奪繼承權的敦·阿巴斯一系，蘇丹侯賽因的死給他們機會以小宗入嗣大宗。
阿蔔杜勒·賈馬勒與阿蔔杜勒·馬吉德均爲敦·阿巴斯之子，阿蔔杜勒·賈馬勒在1757年被叔父蘇萊曼·巴德爾·阿拉姆沙分封到廖內，因此分家爲“天猛公”家族。東古·阿裏死後，他的家人被集中安置在新加坡的“甘榜格南”（Kampong Glam），他本人也被追尊爲“阿裏·伊斯幹達沙”。
以蘇丹王宮和蘇丹清真寺爲核心，“甘榜格南”成爲新加坡著名的馬來-穆斯林社群典型區域，阿裏·伊斯幹達沙的部分後人依然住在蘇丹王宮周圍，成爲新加坡的穆斯林公民。由此，以“甘榜格南”爲核心，新加坡形成最早一批成規模的本土居民社區。
“天猛公”執掌柔佛與馬來亞蘇丹共同體形成
隨著英國在新加坡的統治日趨加深，一些與英國保持同盟關系的華人買辦“頭家”（Towkay是閩南話發音，意即“老板”）協助殖民者在中國華南沿海進行勞務貿易，俗稱“賣豬仔”，大量華人勞工被運往馬來亞南部和新加坡。
這些華人勞工數量龐大，他們爲殖民者和買辦服務，進行種植園建設和錫礦開采，逐步形成馬來亞南部和新加坡華人占較多數的族群規模。一些業務較爲傑出的華人領袖，通過殖民地當局的任命成爲“甲必丹”（Kapitan），薛福成對此記作：“擇其賢能者爲馬腰甲必丹等官，專理華人事務。”例如吉隆坡的開發者葉亞來（《馬來亞史》譯者譯作“葉阿來”），就是通過同時效忠于英國殖民當局、雪蘭莪蘇丹與彭亨“羅阇·班達诃羅”而獲取“甲必丹”一職，以此開展對吉隆坡華人社群的實際管轄權。
左：雪蘭莪的阿蔔杜勒·沙馬德蘇丹；右：吉隆坡“甲必丹”葉亞來
葉亞來的宗主爲雪蘭莪的阿蔔杜勒·沙馬德蘇丹（Abdul Samad Sultan of Selangor，1805-1898），此人曆史上因擅長放任各地馬來人擾亂殖民秩序、但又能讓殖民當局對他忌憚減弱而聞名。在阿蔔杜勒·沙馬德執政的41年裏，原本派系、家族不同的各馬來亞蘇丹逐步形成共識，即對殖民主義的政治經濟予以消極應對，內部著力建構兼有馬來亞民族認同與伊斯蘭文化系統的國家建構，對馬來穆斯林社群內部進行有效管理。對于逐步壯大的殖民主義體系，馬來蘇丹更多是放任本地居民對殖民者進行層出不窮的起義，事後消極鎮壓。但與此同時，另外一部分馬來穆斯林蘇丹對歐洲先進的技術非常重視，倡導子弟留學並研習。
“天猛公”阿布巴克爾也就在這種情況下逐漸崛起，成爲馬來亞諸蘇丹中最有名望的一員。1885年，阿布巴克爾正式宣布取消原有的古老頭銜“天猛公”與“摩诃羅阇”，改稱“蘇丹”，至此柔佛蘇丹國進入新時期——“天猛公王朝”。
彭亨蘇丹敦·艾哈邁德，1910年留影
在19世紀後期，班達诃羅家族在馬來亞的統治發生巨大變化：彭亨在19世紀80年代實現蘇丹制度，蘇丹敦·艾哈邁德（Tun Ahmad，1836-1914）取消古老的“羅阇·班達诃羅”制度，只保留班達诃羅家族傳承。
1911年，荷蘭當局廢黜阿蔔杜勒·拉赫曼二世蘇丹（1851-1930，1883-1911在位），把廖內-林加蘇丹國並入荷屬東印度。阿蔔杜勒·拉赫曼二世是一個民族主義者，與他唯唯諾諾的曾祖父阿蔔杜勒·拉赫曼一世不同，他把父親馬哈茂德四世被廢黜視爲恥辱，終其一生追求重組一個馬來民族國家，結果被荷蘭鎮壓並放逐到新加坡。至此，蘇萊曼·巴德爾·阿拉姆沙一世的嫡系傳承終結。
廖內-林加蘇丹世系（注：1857年荷蘭殖民者聯合布吉斯“副王”廢黜馬哈茂德四世，強行擁立馬哈茂德四世的叔父爲蘇丹，即蘇萊曼·巴德爾·阿拉姆二世。阿蔔杜勒·拉赫曼二世既是馬哈茂德四世的兒子，同時也是叔祖父蘇萊曼·巴德爾·阿拉姆二世的女婿，因此得以繼承無嗣的阿拉姆二世之位。）
阿布巴克爾成爲柔佛蘇丹後，對國內的政治文化進行全方面的改革。他自幼接受英式教育，在新加坡教會學校完成學業，從而掌握非常流利的英語。阿布巴克爾傾向于以西方紳士的標准要求自己，以至于當時的新加坡總督奧德如此評價阿布巴克爾：“就其品味和習慣而言，他是一位英國紳士。”
在“天猛公”敦·易蔔拉欣尚未離世的時候，阿布巴克爾沒有像父親那樣剛成年就迎娶妻子，而是跟著英國輪船周遊世界，拜見英國女王維多利亞和日本孝明天皇，以此了解不同地區的文化。
1862年敦·易蔔拉欣去世，阿布巴克爾第一時間著手的事務是返回柔佛。當時的柔佛政治經濟文化都非常混亂，阿布巴克爾運用自己娴熟的英語水平，通過身邊的英國人顧問，在柔佛各地招商引資，把英國體制和馬來穆斯林蘇丹體制相結合，因此恢複柔佛的管理。1868年廖內-林加蘇丹蘇萊曼·巴德爾·阿拉姆二世贈與阿布巴克爾“摩诃羅阇”（Maharaja）頭銜，以承認其在柔佛的統治。
對于阿布巴克爾的行爲，贊許的聲音多半來自殖民者，當地馬來穆斯林社群一開始是非常抵觸他的。雖然阿布巴克爾所屬的“天猛公”家族本質上是顯赫的班達诃羅家族分支，但鑒于阿蔔杜勒·拉赫曼、敦·易蔔拉欣與阿布巴克爾祖孫三代“天猛公”在新加坡的所作所爲，很多馬來穆斯林內心深處非常看不起這種以下克上的“僭越”行爲。當時的馬來穆斯林作出一首“班頓”（Pantun，馬來短詩），諷刺阿布巴克爾在1885年加冕蘇丹的行爲：
“燈籠系在藤條上，The Gaudy lantern is bound in ratten,
木劍鞘裏裝短劍；Humble Kemuning wood holds the Kris.
天猛公已爲蘇丹，The Temenggong has become a Sultan,
效法先輩布吉斯。Through his royal forebears the Bugis.”
（Carl Trocki, Prince of Pirates: The Temenggongs and The Development of Johor and Singapore, 1784-1885, National University of Singapore, 2007, pp 203）
雖然實際上阿布巴克爾的先祖是顯赫的班達诃羅家族，但在時人眼中，他先輩在馬來穆斯林心目中聲名狼藉的“布吉斯人”是同夥。由于布吉斯人是底層海上軍人起家，在講究尊卑秩序的馬來穆斯林看來就是僭越的典型。
阿布巴克爾對此滿不在乎，他直接把“天猛公”作爲家族的稱謂，甚至不惜親自對伊斯蘭教的經訓著手大刀闊斧的解釋重讀，以此“更適合歐洲人的想法”，配合登嘉樓穆斯林學者巴金達·烏瑪爾（Baginda Umar）把成系統的伊斯蘭法學並入馬來亞司法系統的實踐。
阿布巴克爾有過四次婚姻：他第一任妻子是彭亨“班達诃羅”敦·塔希爾（Tun Tahir）的女兒，兩人育有一女東古·芭莎·普特麗（Tunku Besar Putri）；第二任妻子是丹麥籍歐亞混血兒塞西莉亞·卡特裏娜·蘭格（Cecilia Catherina Lange，1848-1939），兩人在1870年結合，爲此塞西莉亞皈依伊斯蘭教並采用經名“祖拜達”（Zubaidah），3年後生下柔佛王儲易蔔拉欣（Tunku Ibrahim，1873-1959），此時阿布巴克爾已經43歲，除易蔔拉欣外，塞西莉亞還育有一女東古·瑪利亞姆（Tunku Mariam，生于1871年）；19世紀80年代他迎娶廣東華裔女子王氏（Wong Ah Gew，終于1891年），于1886年育有一女東古·阿茲紮（Tunku Aziah），王氏爲此改宗伊斯蘭教，取經名“法蒂瑪”（Fatimah）。阿布巴克爾最後一任妻子是他到奧斯曼帝國進行國事訪問時迎娶的切爾克斯穆斯林女性海迪徹·可敦（Khadijah Khanum），後者于1894年誕下阿布巴克爾最小的女兒東古·法蒂瑪（Tunku Fatimah）。
1874年，阿布巴克爾、塞西莉亞（祖拜達王後）與王太子易蔔拉欣
由此可見，阿布巴克爾的改革並不是完全迎合西方的價值觀，他更多試圖重整馬來穆斯林社群原有的秩序體系，改變過往被貴族和宗教上層壟斷的等級制度，把原本的“真主-蘇丹”（神王）二元秩序體系改爲以馬來文化-伊斯蘭教爲核心的民族國家秩序。
他的改革暫時緩解英國殖民主義統治者對他的忌憚，贏得大量來自英國及其他歐洲國家的支持，從而成功實現在柔佛的招商引資，成功重組柔佛。
他的婚姻同樣體現出這種文化交融：他的四任妻子象征著柔佛的內外政治交往狀態。與原配的婚姻，象征著相互聯結的馬來蘇丹王室；與塞西莉亞的婚姻，象征著與歐洲人的結合；與王氏的婚姻，象征著與華人社團打交道；與海迪徹的婚姻，則象征伊斯蘭國家之間的交往。
這種模式被應用于以往互動較少的其他馬來亞蘇丹王族，例如北部的吉打蘇丹馬哈旺薩（Mahawangsa）家族，在19世紀以來就逐步與馬來亞主體蘇丹王族發生更爲密切的聯系，在此之前他們主要的聯姻對象是北部的北大年蘇丹國，政治體系也是馬來亞北部的“金銀花”朝貢——北大年于1902年被暹羅（後來的泰國）徹底吞並。
以往注重北部外交的吉打與吉蘭丹面對暹羅的壓力，不得不通過後續一系列條約並入英屬馬來亞，轉向逐步形成的馬來亞蘇丹政府聯盟，以免被佛教君主直接統治。
阿布巴克爾把西方的民族國家意識納入馬來亞的國家構建中，取代原本的“神王”秩序，淡化馬來各族系之間以往因階層、方言和祖籍地所存在的差異，逐步形成以伊斯蘭教-馬來文化爲核心的馬來亞土著族群。
雖然維系這種民族國家共同體建構的主導者還是馬來亞的蘇丹政府，但與以往相對獨立且被賦予過多神權色彩的“神王”相比，19世紀開始延續至今的馬來亞蘇丹體系更像是一個共同體中多個君主共同議政，爲後來馬來西亞最高元首制度（馬來語爲Yang di-Pertuan Agong）奠定基礎。
目前馬來西亞共有13個州（新加坡獨立後，位于加裏曼丹北部的砂勞越、沙巴相繼加入，從而馬來亞更名馬來西亞），除槟城、馬六甲、砂勞越和沙巴實行總督任命制，一共有9個州實行君主制，即吉蘭丹、吉打、森美蘭、霹雳、玻璃市、雪蘭莪、柔佛、彭亨以及登嘉樓。這些州中玻璃市州采用“羅阇”制度、森美蘭州采用“嚴端王公”（Yang di-Pertuan Besar）制度，其余均爲“蘇丹”制度。可以說，與後來馬來群島的穆斯林通過革命方式聯統“努桑塔拉”，把伊斯蘭教融入“潘查希拉”以奠定印度尼西亞的立國基礎相比，馬來亞諸蘇丹國的轉變無疑是相對保守、穩定的。
一方面，馬來亞（包括後來的馬來西亞）的國家構建過程更多是協商後的結果，蘇丹保持實權的同時也受聯邦議會制約，這是“副王”或“嚴端”制度延續下的成果，國家的聯結點即伊斯蘭教；另一方面，這種制度具有大量封建主義殘余，改革往往難以觸動蘇丹階層的核心利益，且蘇丹爲了馬來亞早期發展無節制縱容英國殖民者當局和華人買辦大規模從中國、印度引入外勞，而同時引導帶有宗教色彩的馬來民族主義，兩方面的沖擊勢必導致馬來亞-馬來西亞的國家構建中存在一些長期的糾紛隱患。
即使如此，從現今馬來西亞的國家構建看，阿布巴克爾的改革至少達到團結馬來亞本土穆斯林社群爲“馬來族人”的效果，終結不適應時代的“神王”二元政治，促進馬來亞有機會擺脫殖民主義，這個是必須承認的。