福清南少林寺始建于李唐貞觀元年（公元627年）。位于福清市福清市東張鎮少林村。南少林五祖（鐵珠、鐵鞋、鐵臂、鐵杖、鐵手）就是出自這裏。
因東南沿海寇亂之波不靜。太宗降旨，選將總戎。北少林道廣和尚被欽點元帥，奉令遠征。百戰功成，受命留鎮邊庭。爲寄托僧兵懷念祖庭之情，道廣遍選閩中山水，最終擇定山川地貌酷似北少林之福清西境，于五老峰前，彌勒山下，在人稱九蓮山的正龍真穴的圓通寶地之上創建南少林寺。寺院曆經千年，香火不斷，高僧輩出。
但世事無常，到了清初，寺院不幸毀于戰火，旦夕之間，沉寂銷聲。又經百余年風雨，遺迹蕩然無存。
但天佑福清南少林，印尼福清華僑世界十大富豪林紹良，夜夢南少林高僧，要求重建福清南少林，于是就照夢中高僧所說的地址尋找，結果真的在福清市東張鎮少林自然村，找到了少林寺遺址。
一九九四年十一月，福建省宗教局和福州市政府先後批准在遺址上重建南少林寺，福清市各界人士及新加坡、馬來西亞、日本、印尼及美國、香港、台灣等海外華僑共集資5000萬元人民幣用于重建南少林寺。永國大和尚曆經十年施工，使少林祖庭重現輝煌。這座曆史悠久、富有文化底蘊的千年古刹，自古便以禅文化爲核心，以武醫文化爲載體，不僅在曆史上早已享譽四方。也曾孕育了許多德高望重的著名禅師。特別是高僧際然心傳、德誠、鐵鞭允韶，著名武僧鐵杖、鐵柄、鐵珠、鐵鞋以及詠春拳的創始人五枚師太等等，他們都爲福清南少林寺留下了許多寶貴的曆史文化遺存。
2018年3月9日，印尼福建福清籍鄉賢何文金又捐資1億元人民幣，修建福清南少林文化旅遊園區。何文金出席奠基儀式並爲福清南少林文化研究中心揭牌。