1644年，紫禁城火光沖天，大明王朝宣告終結。
皇帝自缢前，殺掉了所有後宮女眷，將生的希望留給了三個皇子。雖說，皇權覆滅，但是，流落在外的三個皇子卻成了朱家王朝的最後希望。只要他們活著，哪怕不能在有生之年重回紫禁城，就算是爲皇室血脈開枝散葉，大明也有複興的可能。
李自成的百萬起義軍迅速占領了京城，昨日的明朝已成“前朝”，天下在一夜之間易主。作爲前朝遺孤，三個流落在外的皇子是各方勢力重點關注的對象，沒過多久，三個皇子就被李自成的部下抓了起來。
李自成是純粹的反賊，他不會做出宋朝皇帝安頓柴氏後裔的蠢事，之所以留著三位皇子的性命不殺，只是因爲，他想除掉吳三桂。而這三位有著朱家血脈的皇子，正好是牽制吳三桂的絕佳籌碼。令李自成措手不及的是，吳三桂根本沒給這些明朝遺孤面子。
之後，他對李自成的起義軍大打出手，還聯合清軍共抗闖王。李自成在連番攻擊中節節敗退，最終，不得不放棄繁華的京城。在撤軍之初，三個皇子仍被起義軍挾持著，可是，隨著起義軍逐漸被各地明朝殘余勢力與追兵打散，這三位皇子趁亂逃跑，行蹤成謎。
雖然，他們都消失了，但是，身爲“皇子”的政治價值仍在。
入主中原的滿族人假仁假義的將崇祯皇帝安葬，並對外宣稱：“進入山海關是爲了替明朝報仇，還承認明朝的正統性和合法性，並不以其他殘余的明朝勢力爲敵。”
在這樣的環境下，三個皇子的身價水漲船高，倘若，他們能在此時站出來，向滿人索要失去的天下，想必，入關的滿清統治者根本無法拒絕。畢竟，滿人是打著“靖難輔國”的旗號入主中原，倘若，不歸還明朝的江山，難免會陷入到輿論聲討之中。
在這樣的背景下，許多“朱太子”就站了出來，在清朝的早期統治中鬧出不少風波。
在一個深夜裏，前朝國丈周奎家門前，一個仆人把一個來曆不明的年輕人趕了出去。那個年輕人站在大門前不住叫罵，周家主仆則隔著院牆與之對罵。巡夜的士兵發現後，立即過來盤查。那個年輕人自稱：朱慈烺，是消失已久的太子。
巡夜的小兵根本不敢自作主張，連忙將這個年輕人“請”到刑部，請求上司定奪。刑部官員認爲，這個年輕人是真的太子無疑，所以，逐級上報，聽候多爾衮差遣。而周奎一家則立即上書朝廷，說：“這名年輕人就是個騙子，並非朱慈烺。”
多爾衮哪裏知道真正的太子相貌如何？
所以，他只能找來一群前朝太監進行辨認，最終，幾乎所有太監都說年輕人就是太子無疑；爲了進一步驗證，多爾衮又找來十幾個曾經的太子身邊的錦衣衛前來辨認，沒想到，這十幾個貼身侍衛一見到年輕人就跪了下來，並信誓旦旦的說這就是前朝太子。
多爾衮頓時覺得頭昏腦漲，這太子出現的太不是時候了。滿清剛剛名正言順的占領了北京，沒想到屁股還沒有坐熱，紫禁城真正的主子就回來了，這讓滿清統治者做何感想？倘若，朱慈烺還活著的消息傳到各地，那麽，前朝官員和老百姓必定會擁立朱慈烺登基。
而此時，清朝的統治尚未穩固，沒准努爾哈赤的基業會隨著太子複辟煙消雲散。對于滿人來說，不論年輕人的身份爲何，他都是個“冒牌貨”，也必須是“冒牌貨”。但是，多爾衮沒資格指認太子是假的，所有滿人都沒有這個資格。于是，他只能自導自演一場辨別太子的鬧劇。
多爾衮先是讓太子的親戚前來辨認，隨後，又叫來前朝宮人辨認。前朝的皇室們均認定這個年輕人就是太子，長平公主最先站出來指認，周奎破口大罵，並打了長平公主一記耳光；前朝晉王心裏明白了幾分，改口說：“自己並未見過太子真容，不能確認年輕人的身份。”
最終，第一批被召進皇宮中指認太子的太監們均被處死。似乎，太監們的死給後來者提供了警示，第二批前來指認的太監們都異口同聲的說這個年輕人是假冒的。多爾衮聽取了太監們的意見，第二年四月，獄中的“假冒”太子被處死，這場轟動全國的太子案宣布結案。
但是，有趣的是，滿清朝廷還特別昭告天下：“倘若有人能夠提供真太子的行蹤，朝廷必會將太子迎回紫禁城‘恩養’，提供行蹤的人將會得到重賞。”這份诏書一度在全國掀起尋找太子的熱潮，老百姓都認爲太子若重回紫禁城，就算不能拿回江山，也會被優待。
可是，所謂的“恩養”究竟是什麽呢？
在清軍掃清所有殘余的明朝勢力後，原本被“恩養”在京城的十幾個明朝藩王全都橫死。清廷對前朝皇族進行了大規模的肅清，這才讓老百姓反應過來，原來，這就是所謂“恩養”！
正當京城被太子案鬧得滿城風雨時，由前朝遺老組建的南明王朝也冒出一個朱慈烺。
有個年輕人流落到南方，對外宣稱自己是逃亡的太子。聽說此事後，南明朝廷第一時間將這名年輕人“請”進皇宮。南明皇帝朱由菘派老太監李繼周前去迎接年輕人，李繼周見到年輕人後，覺得面前的年輕人十分眼熟，且器宇軒昂，就跪下磕頭說：“奴才給小爺請安。”
年輕人說道：“我見過你，但是，我忘了你的名字。”李繼周立即報上姓名，希望年輕人能與自己回宮。年輕人又問道：“你讓我隨你進宮，是要讓我當皇帝嗎？”李繼周哪敢妄言，只能老實答道：“這種事我一個奴才怎麽會知道呢？”得不到准確回答的年輕人拒絕進宮。
過了一段時間，朱由菘面見群臣，說道：“有個年輕人自稱是先皇的兒子，倘若，他的身份是真實的，那麽，我會將他視同己出，也會撫養優待，不能讓先皇的血脈受委屈。”注意，朱由菘的說法十分巧妙：
首先，一句“自稱”就已將此事擬定了基調；
此外，朱由菘並未許諾將皇位還給朱慈烺，而是說要撫養優待。
緊接著，朱由菘派出兩名太監，去年輕人的住所辨別真僞。
兩名太監一見到年輕人，立馬走過去抱住他失聲痛哭，他們看年輕人的衣服非常單薄，還脫下自己的衣服爲其遮寒。當然，這兩名太監已認定面前的年輕人就是朱慈烺。朱由菘聽說這件事後不置可否，只是賜李繼周自盡，隨後，處死了兩個太監，算是表了態。
南京老百姓聽說太子就在城內，紛紛要求南明朝廷迎回太子。至于，年輕人的身份，朱由菘從三個太監的表現上已猜了個大概，但是，他根本不可能將來之不易的皇位拱手讓人。爲了拖延時間，朱由菘再次進行了冗長的辨識行動，他派出一批又一批官員前往年輕人的家中。
名爲探望，實則辨別真僞。當然，並不是每個明朝遺老都曾目睹過太子的真容，所以，對年輕人的身份大家紛紛莫衷一是。朱由菘不想讓事態隨意發展，索性就將年輕人“請”到宮裏，命令侍衛嚴加看管。朱由菘拿捏不定，最終，只能找來馬士英等一衆官員商討。
馬士英早就察覺到朱由菘的態度，立馬借坡下驢指證年輕人就是假冒太子，還說出三個理由：
首先，太子離開李自成後爲什麽沒有立即來南京避難，反而在南方流竄？
其次，聽說太子是個不苟言笑的人，表情嚴肅且不善言談，然而，此人卻很健談。
最後，京城的滿清朝廷也在審理太子案，不知北方的太子是真是假。
馬士英一口咬定年輕人就是個冒牌貨，一邊建議朱由菘詢問年輕人其他兩個皇子兄弟的生辰年月以及深宮裏的制度，另一邊請來三個曾教育過太子的官員前去辨認。最終，審問開始了，年輕人拿著紫禁城地圖，將每個宮殿的作用與居住的人物娓娓道來。
此時一個官員突然發問：“公主現在身在何方？”年輕人說道：“我不知道，我覺得她已經死了。”而當三位曾經教育過太子的老師出現時，年輕人只認出了方拱乾。方拱乾便問年輕人當年授課的地點與內容，結果，年輕人都沒答對。
此時，又有官員問嘉定伯的真實姓名，年輕人答不出來。後來，楊維垣指認年輕人叫王之明，是曾經驸馬都尉的侄孫，根本不是什麽太子。
最終，年輕人被認定爲假冒的太子，南明太子案告破。
由于，這場案件的審理太過撲朔迷離，結果，各地官員和百姓均表示不服。南明王朝本來根基就不牢固，太子案使原本格局不穩的南明王朝更加松散。沒過多久，清軍大舉南下，朱由菘倉皇出逃，被關進監獄中的年輕人王之明被老百姓救了出來，且以朱慈烺的身份成了南明皇帝。
但是，可惜的是，這個年輕人登基不滿五天，南京城就被清軍攻占，最終，這個年輕人也被押赴京城處死，到死也沒人知道他究竟是不是真的朱慈烺。
其實，除了衆人皆知的南北太子，還有不少關于太子的傳說，其中有一個：太子未死，被當年東宮講讀之一李士淳帶回其老家廣東省梅州市，並采訪到李家後人保留的東西可供參考：
首先，三百多年來，至今在李家後人所處的梅州，都會在農曆三月十九拜太陽，此舉實爲紀念崇祯。其次， 李家現存明末修建的世徳堂，其建築竟采用皇家規格，楹聯隱含“保明”二字。還有，李家保留的一塊石碑，上有“趙雲阿鬥兼孤命，仁貴征袍護主來” 。