中醫望、聞、問、切四診方法所獲得的信息均有其五行歸屬，據此，可以綜合判斷患者的疾病。比如，患者面色發青，喜食酸食，脈弦，則可診爲肝病；面色紅，口中苦，脈洪大，可診斷爲心火旺。又如，痙攣拘急抽風，根據五行歸類屬木病，從人體髒腑來看，可診斷爲肝病；全身水腫，小便不利，五行歸類屬水病，而病位可定爲腎。
根據五行學說，治療疾病時不僅要考慮發生病變的髒腑本身，還應根據髒腑之間的生克關系，控制疾病的傳變。正如《難經》所論述的：“見肝之病，則知肝當傳之于脾，當先實脾。”
中醫根據五行“相生”規律，提出虛則補其母，實則瀉其子的治療原則：
1. 補母，主要用于母子關系的虛證，在針灸療法中，凡是虛證，可以補其所屬的母經或母穴，如治療肝虛證時，選取腎經合穴陰谷。此即虛則補其母，補母則子安。
2. 瀉子，主要用于母子關系的實證。在針灸療法中，凡是實證，可瀉其所屬的子經或子穴。如肝實證可取心經荥穴少府，或本經熒穴行間治療。此即實則瀉其子，瀉子則母安。
根據母子相生的關系，提出以下治療原則：
1.滋水涵木法，即滋養腎（水）陰以養肝（木）陰的方法，適用于腎陰虧損而導致的肝陰不足之症。
2.益火補土法，即溫腎陽（火）以補脾（土）陽的方法，適用于腎陽衰微而導致的脾陽不振之證。在五髒配屬五行中，火指心，但自命門學說興起，對機體的溫煦多指爲命門之火的作用，即腎陽的作用。
3.金水相生法，即滋養肺（金）腎（水）陰虛的治療方法，適用于肺虛不能輸布津液以滋腎，或腎陰不足，精氣不能上滋于肺，而致肺腎陰虛者。
4.培土生金法，即補脾（土）益氣而達到補益肺（金）氣的方法，適用于脾胃虛弱，不能滋養肺而致肺虛脾弱之證。