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根據新加坡所得稅法（IncomeTax Act）第13A條和13F條的規定，運營新加坡注冊船舶和外國船舶的航運公司可以享受某些航運收入的免稅待遇。
運營新加坡注冊船舶的國際航運公司可以享受以下的免稅待遇：
1. 運送旅客、郵件、牲畜或貨物
2. 拖拽或打撈作業
3. 船舶的租賃
4. 用于挖泥或開采海底天然氣或石油活動的地震船或船舶
5. 外彙和風險管理活動，這些活動必須與公司的運營密切相關
6. 向經營或擁有新加坡船舶的公司提供的船舶管理服務（2010年2月22日起生效）
7. 集裝箱的挪動、穩固、租賃等活動（2015年2月24日起生效）
8. 勘探或開采海上能源（2016年3月25日起生效）
9. 勘探或開采海上礦物（2016年3月25日起生效）
10.任何對第8和第9條的輔助和支持活動（2016年3月25日起生效）
對于外國船舶，免稅條款只適用于在新加坡提貨的收入。然而，稅務豁免不包括由新加坡轉運或在新加坡港口範圍內的運輸費用和運費。
如何申請免稅
根據第13A條，申請免稅符合免稅資格的航運公司無需向新加坡稅務局申請免稅，只需在申報年度所得稅和稅款計算表時報告收入的數額和性質即可。
第13F條下的國際航運利潤，根據新加坡所得稅法第13F條的規定，在國際海域運營的經批准的國際航運公司可以享有對某些航運收入的免稅待遇。特許的國際航運公司是由新加坡海事和港務管理局（Maritime andPort Authority of Singapore, MPA）管理的“海運海事優惠計劃-國際海運企業榮譽”（Maritime SectorIncentive – Approved International Shipping Enterprise Award, MSI-ASI）批准的公司。具體詳情，請參閱MPA官方網站www.mpa.gov.sg
免稅項目
經批准的國際航運企業可享受以下收入的免稅：
1. 運送旅客、郵件、牲畜或貨物
2. 將船舶包租予任何人，並且此人只在新加坡港口以外的海域運送遊客、郵件、牲畜或貨物
3. 以轉運爲目的的運送旅客、郵件、牲畜或貨物的外國船舶
4. 外國船舶的拖拽或打撈作業
5. 將船舶包租予任何人，並且此人只進行拖拽或打撈作業
6. 用于挖泥或開采海底天然氣或石油活動的地震船或船舶
7. 挖泥船或開采石油或天然氣活動的地震船或船舶的租賃
8. 與上述業務有關的外彙和風險管理活動
9. 向經營或擁有任何特別目的的船舶的公司提供的船舶管理服務（2010年2月22日起生效）
10.集裝箱的挪動、穩固、租賃等活動（2015年2月24日起生效）
11.勘探或開采海上能源（2016年3月25日起生效）
12.勘探或開采海上礦物（2016年3月25日起生效）
13.任何對第8和第9條的輔助和支持活動（2016年3月25日起生效）
船舶處理的特許權和豁免權
根據2012年財政預算案所公布的海事業獎勵計劃（Maritime SectorIncentive），2011年6月1日及以後，符合條件的船舶經營人和出租人可享受對船舶處置收益的免稅待遇。這是爲了使新加坡的稅收制度與其他國家的海運稅收保持一致，並爲海運行業提供穩定性和確定性。然而，此豁免條款不包括從事船舶交易業務的公司的船舶出售收益。
稅務計算和准備指南
1. 公司必須爲其擁有的每艘新加坡船舶和外國船舶單獨記錄和准備經營賬目，以便能夠分別確定每艘船舶的收入和直接費用。
2. 公司應爲每艘船舶保留證書，如稅務局有要求，需立即提交給稅務局檢閱
a. 對于第13A條下的稅務豁免，公司應保存每艘船舶的新加坡注冊證書（Certificate ofSingapore Registry）的副本
b. 對于第13F條下的稅務豁免，公司應保存外國注冊證書的副本
3. 要求稅務豁免的公司必須確保符合MPA規定的條款和條件。
4. 公司應確保稅收計算可以明確區分激勵性收入的不同類別，並根據收入來源指出相關的所得稅法規或激勵計劃。
5. 在獲得免稅和非免稅收入的情況下，公司應當在合理的基礎上分配每艘船舶不能直接識別的常見費用（通常是指行政費用）。
申請資本減免
如果海運公司獲得免稅和非免稅收入，應當按照營業額計算出常用固定資産的資本減免額。如果固定資産可以直接確認爲特定的免稅或非免稅收入來源，則這些資産的資本減免將從各自的收入來源中扣除。例如，在國際海域運行的新加坡注冊的船舶只能對第13A條中規定的航運收入申請資本減免。
根據第13A條，航運公司可以選擇要求不享有部分免稅收入的資本減免。但是根據第13F條的規定，航運公司必須爲其免稅航運收入申請資本減免。如果航運公司根據第13A條爲現在的財政年度申請免稅收入的資本減免，未用余額（如果有）不能用來抵消任何其他收入或結轉。
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