嘉靖三十七年(1558年)，刑科給事中吳時來，刑部主事張翀、董傳策聯手行動，在同一天上疏彈劾嚴嵩。吳時來說：嚴嵩輔政二十年，文武官員升遷或罷黜，由他一手包辦；縱容兒子嚴世蕃出入禁地，代行內閣首輔職權。嚴世蕃因此招權示威，對高官頤指氣使，視將帥如奴仆；公然收受賄賂，家中贓財堆積如山；安排親信萬案把持吏部文選司，方祥把持吏部職方司，按照他的意志來任免官員。如果不除去嚴氏父子，陛下雖然宵旰憂勞，必將于事無補。結果是在意料之中的，吳、張、董三人都遭到嚴懲，吳時來發配陝西橫州，張狲發配貴州都勻，董傳策發配廣西南甯。
嘉靖四十年(1561年)十一月二十五日夜裏，大火把皇帝居住的西苑(永壽宮)化作一片廢墟。如何善後?大臣中發生了分歧，有的主張修複，有的主張皇帝遷回大內。嚴嵩不知出于何種考慮，既不同意修複永壽宮，也不同意遷回大內，別出心裁地建議皇帝遷往南苑(重華宮)。這一建議觸犯了禁忌——南苑是一個不祥之地，當年被蒙古俘虜的英宗回京時，景帝把他幽禁在南苑。嘉靖皇帝對此頗爲忌諱，“嚴嵩爲什麽建議我去那個倒黴的地方?”
內閣次輔徐階一向圓滑，從不敢和嚴嵩對著幹，這時察覺到皇帝已經不再寵信嚴嵩，便反其道而行之，積極主張修複永壽宮；並且以最快的速度竣工，讓皇帝搬進心愛的永壽宮，因而博得了皇帝的歡心，眷顧的天平向徐階傾斜了。
徐階爲了扳倒嚴嵩，利用皇帝笃信道教的弱點，收買他身邊的道士藍道行，在扶乩時，假借神仙之口攻擊嚴嵩，取得出奇制勝的效果。“神仙”對皇帝說：如果把嚴世蕃發配到外地，便可以讓他粉身碎骨。
扶乩完畢後，藍道行馬上把這一機密情報告訴徐階。徐階唯恐皇帝反悔，半夜三更派人通知禦史鄒應龍撰寫奏疏，彈劾嚴嵩嚴世著父子，次日清晨立即送進宮裏。皇帝接到這份奏疏，當即下旨：勒令嚴嵩退休，逮捕嚴世蕃，流放邊疆。不久，他就有些反悔，多年積累的感情一時難以割舍，每每想起嚴嵩“贊修之功”，若有所失，悶悶不樂。寫了一道手谕給新任首輔徐階：“嵩已退，其子已伏辜，敢再言者，並(鄒)應龍斬之。”也就是說，今後如果再有官員提及嚴氏父子的事情，那麽就把那個官員連同鄒應龍一並處死。
皇帝態度的微妙變化，後果是明顯的。嚴嵩雖然退休，並未傷筋動骨；嚴世蕃流放廣東雷州，成了虛應故事的官樣文章，行至半路就返回江西老家，威風依舊。他的黨羽羅龍文也從流放地逃回江西分宜嚴府，與嚴世蕃策劃如何翻盤。
管轄分宜縣的袁州知府了解到這一動向，添油加醋地誇張爲嚴府“聚衆練兵謀反”，通報給巡江禦史林潤。林潤先前曾經彈劾嚴氏父子的黨羽鄢懋卿，擔心嚴世蕃如果東山再起，可能遭到報複，立即把這一情況上報朝廷，再度加以誇張：嚴世蕃、羅龍文“蔑視國法”，“有負險不臣之志”，聚集勇士幾千人，圖謀不軌，爲此還勾結“倭寇”，作著“謀反”的准備。
嘉靖皇帝對于嚴嵩罷官有點後悔，嚴世蕃流放途中擅自逃回，也就睜一眼閉一眼，不予追究，況且追究下去對自己也不光彩。不過作爲一國之君，可以容忍他們貪贓枉法，絕對不能容忍謀反，接到林潤的報告，馬上下達聖旨，逮捕嚴世蕃、羅龍文，押解來京審問。
嚴世蕃似乎早就做好了預案，胸有成竹。他聽說言官們想通過治他的罪，爲先前彈劾嚴氏父子的沈煉、楊繼盛平反，很是高興，得意洋洋地對黨羽說：“任他燎原火，自有倒海水。”那麽，他的“倒海水”是什麽呢?
“倒海水”就是他們策劃的“預案”：在定案時，可以接受貪贓枉法罪；絕對不能承認“聚衆”、“通倭”罪；務必要買通關節，在定罪文書上刪去這些詞句，而在沈煉、楊繼盛冤獄上大做文章，來激怒皇帝，借以脫身。以他昔日的余威，以及在官場的關系網，很容易地買通三法司(刑部、大理寺、都察院)的官員，在給他的定罪文書上寫進爲沈煉、楊繼盛翻案的文句。
嚴世蕃精心策劃的險招，被精明過人的徐階識破了。三法司把嚴世蕃的定罪文書交給內閣，徐階一下就看出了問題——定罪文書強調的重點是處死嚴世著爲沈煉、楊繼盛抵命，這種寫法是在“彰上過”(彰顯皇帝的過錯)，必然觸怒皇帝。因爲對沈煉、楊繼盛的懲處是皇帝親自作出的決定，爲他們平反昭雪就意味著皇帝先前的決定是錯誤的。皇帝豈肯承認錯誤，一旦暴怒，不但不能置嚴世蕃于死地，反而會導致林潤與鄒應龍一並處死，事情就一發而不可收拾了。
經過徐階修改的定罪文書，別出心裁地突出嚴世蕃“通倭”、“通虜”、“謀反”之類皇帝毫不知情的罪狀。爲此添加了子虛烏有的情節：嚴世蕃和羅龍文一起詛咒朝廷，召集亡命之徒幾千人，操練兵法，妄圖謀反，並且企圖勾結倭寇、蒙古，內外呼應。
嚴世蕃罪大惡極，不殺不足以平民憤，是毫無疑問的，但是把“謀反”、“通倭”、“通虜”的罪狀強加于他，是用捏造的罪狀來定案，顯然是在耍弄陰謀詭計，卻很奏效。這樣一來，避開了“彰上過”的要害，皇帝很平靜地接受了，作出這樣的批示：僅僅憑林潤的揭發，還不足以定案，也不足以昭示後世，必須進一步核實。徐階和三法司再度耍弄手段，根本沒有核實，徑直由徐階代替三法司起草“核實”報告，用肯定的語氣回答皇帝：經過核實，嚴世蕃“謀反”、“通倭”、“通虜”證據確鑿。
嘉靖四十四年(1565年)三月二十四日，皇帝下達聖旨，批准三法司的擬議，以“交通倭虜，潛謀叛逆”的罪名，判處嚴世蕃、羅龍文死刑。嚴、羅二人得到消息，抱頭痛哭，家人要他們寫遺書“謝其父”，竟然不能成一字。京城人心大快，百姓相約前往西市，觀看行刑，飲酒慶祝奸賊的下場。