1957年8月31日，馬來西亞聯合邦首席部長東姑阿杜拉曼宣布馬來西亞聯合邦獨立，結束了被英國殖民的曆史，1963年，馬來西亞聯合邦會同新加坡，沙巴，砂拉越組成了新的馬來西亞，東姑阿杜拉曼被推選爲首任首相，馬來西亞開始了新的征程。但僅僅過了兩年，新加坡便退出了馬來西亞，獨立建立了新加坡共和國，這是爲何？
一，合並曆史
1959年6月3日，新加坡自治邦成立，作爲自治邦首任總理的李光耀明白，新加坡地狹人少，很難發展，相鄰的馬來西亞擁有更廣闊的空間，于是李光耀積極促成與馬來西亞聯邦的合並。爲日後新加坡發展提供強力的保障，也能更好的鏟除新加坡的馬共勢力。于是在1963年7月，李光耀和東姑阿杜拉曼在倫敦就新政府的成立達成協議，一個新的馬來西亞誕生了。
二，種族問題
盡管兩國都曾經屬于英國的殖民地，但是馬來西亞是以馬來人爲主導的國家，新加坡則華人居多。獨立後的馬來西亞以馬來人爲優先，有意忽視和打壓新加坡華人，這使得華人大爲不滿，要求種族平等，獲得和馬來人一樣的待遇和福利，顯然，馬來人並沒有這麽做，于是爆發了許多的抗議，滋生太多矛盾，加劇了馬來西亞的不穩定。
三，政治問題
加入馬來西亞後的新加坡想要謀求在政治上的平等地位，後來的新加坡國父李光耀曾要求參與馬來西亞的各種內政，新加坡人可以出任政府官員，並享有和馬來人同等的參政權和選舉權，這本無可厚非，但是此舉遭到了東姑阿杜拉曼和馬來高層的反對，使得李光耀大爲不滿，爲後來的退出埋下了伏筆。
四，利益沖突
合並初期，兩國關系親密無間，合並後的馬來西亞聯邦政府幫助新加坡逮捕了多名馬共高層，消除了新加坡日益壯大的馬共勢力，解決了李光耀的政治威脅。然而，奉行馬來優先的馬來西亞處處將新加坡排出在外，這讓李光耀大爲光火，不僅如此，兩個聯邦的民衆經常發生沖突。時常爆發種族騷亂，兩個聯邦在經濟，政治等多個重大決策上産生重大分歧。最終東姑阿杜拉曼爲了避免可能發生的諸如戰爭等問題，決定將新加坡“逐出”聯邦。1965年，新加坡宣布獨立建國。
兩國的經濟都曾在90年代獲得騰飛，雖然後來的經濟危機沖擊了兩國的經濟，但兩國的經濟仍有可增長性。盡管合並失敗，但兩國直到現在，都保持著良好的關系，這，也是對當年的一種慰藉。