歐洲人大多信仰基督教，而基督教誕生于羅馬帝國境內，提倡人與人之間要忍耐、順從和包容，因而，被羅馬的統治階級所利用，成爲了羅馬國教。
經曆了這突如其來的巨大沖擊，天主教也在內部反思，他們認爲：要想穩定住自己的勢力範圍，就必須進行自身的改革和完善。
羅耀拉不再贊同羅馬教會的陳規陋習，比如：苦修、齋戒、統一服裝等，他大膽創新，靈活多變，有著自己獨到的眼光和遠見。主張從事社會、經濟、政治各個領域的各種事務，比如：創辦學校、醫院，投資工商業，進行科學研究等，還可以進行海外傳教。
羅耀拉把自己的一生忠誠地奉獻給了宗教事業，到他1556年去世時，其會士已經遍及世界各地。其中，到中國的傳教士中，影響比較大的有利瑪窦、湯若望、南懷仁等。盡管，耶稣會對教皇是絕對的忠誠，但是，他們還是能夠積極參與政商學各個階層的活動，所以，從另一層意義上來說，耶稣會的傳教也是一種文化交流。他們通過自己的文化活動，促進了東、西方文明的交流與融合。
對于中國而言，雖然，後來的鴉片戰爭和列強入侵打破了這種和平交流，但是，兩種文明曾經的碰撞卻意味深長，特別是最早到達東方的傳教士沙勿略，他的傳教思路對後來東西方文化的交流，産生了深遠的影響。
耶稣會在宣傳天主教教義和從事科技活動的過程中，不知不覺就偏離了主導方向。
利瑪窦來到中國的初衷是：在中國這塊神聖的領土上傳播宗教，並至死侍奉天主。然而，當他以從事科技活動，使傳教能夠順利進行時，無形之中便本末倒置，把注意力轉移到了這方面。後來，傳教士湯若望、南懷仁等，也因爲傳播西方的科技文化，得到了中國方面的重視。
另外，傳教士還利用西藥治愈了康熙皇帝的瘧疾，使西醫也得到了中國人士的好評。南懷仁在天文曆法和火炮方面造詣頗深，深得康熙皇帝的賞識，成爲了康熙的科學啓蒙老師，並且，負責當時天文台的研究工作，爲天文科學和火炮研究做出了很大貢獻，被封爲工部侍郎，官至正二品。
這些來華的傳教士，在傳教的過程中，盡力遵從中國的習俗，允許教徒拜天祭祖。然而，他們的這一行徑，卻直接引起了羅馬教廷的憤慨，羅馬教廷認爲：拜天祭祖是迷信活動，與教義相違背，並斥責傳教士失職，要求他們回到西方進行辯論。
對此，傳教士們寫好了關于中國信仰和文化方面的答辯文章，說明了拜天祭祖是中國人的禮儀，並非迷信。康熙皇帝在看了這些文書後，也是大加贊賞，非常支持他們，並對文書給予了高度評價。