1941年太平洋戰爭爆發後，“北京人頭蓋骨”化石不知所蹤，此後，人們一直在試圖破解“北京人頭蓋骨”失蹤之迷。1998年中國科學院14位資深院士發起了“世紀末大尋找”，但最後也是無果而終，後來北京市房山區還專門成立了尋找“北京人頭蓋骨”化石工作委員會，力圖揭開北京人頭蓋骨的失蹤之迷。
北京猿人化石到底下落何處？讓我們先看看他是如何失蹤的。
北京猿人的發現是世界古人類考古中的一個重大成就，1918年，瑞典人安特生在北京西南50千米的周口店附近，偶然發現了一些動物化石。
1921年和1923年，他組織人員再次發掘出兩個人牙，叩開了沉睡幾十萬年的北京人大門。1929年，我國年輕考古學家裴文中發掘出了一個完整的頭蓋骨，轟動了全世界。
此後，屢次發掘，多有發現，截至抗日戰爭爆發前，周口店共出土了5個頭蓋骨，15塊頭骨碎片，14塊下颌骨，147個牙齒以及不少碎肢骨。
“北京人“頭骨低而平，額向前低，眉脊骨粗大，像屋檐一樣遮住雙眼，其腦殼比現代人厚一倍，腦容量約爲現代人的80%，嘴巴前緣前伸，顴骨高，鼻骨寬，沒有下颏，牙齒較大。
以其肢股看，北京人同現代人類似，處于從猿到人的轉變過程中已能直立行走，屬于人科。
其生活的年代，一般認爲在六七十萬年前，這些東西證實了直立人的存在，使人類進化的序列得以基本確立。
周口店發現的這些人類化石和一些靈長類化石被中國人民視爲國寶，一直保存在北京協和醫院底層，抗日戰爭爆發後，化石標本的轉移和保護成了一個大問題，它們一度被移送美國銀行的保險庫內，後又送歸原處。
1941年，日美關系緊張，在京美國僑民紛紛回國，至此危急時刻，中美雙方達成協議，把北京猿人化石標本運送到美國，戰爭結束後交還，全部化石分裝到兩個大木箱，准備運往美國。
12月5日，載有化石的專用列車離開北京駛往秦皇島，計劃在那裏由美國定期航班”哈裏遜總統號“運往美國（定于12月8日到秦皇島）。計劃未待實現，珍珠港事件就發生了，包括協和醫院在內的美國各種機構均被日軍迅速占領，專用列車在秦皇島被劫，”哈裏遜總統號“也未能抵達秦皇島。
珍珠港事件
從此北京猿人化石標本就神秘地失去了蹤迹，至今不知下落，在失蹤的國寶中，還包括生活在18,000年前的山頂洞人的完整頭骨。
多年來，有關專家對于”北京人頭蓋骨”化石是否在是這個問題，基本持三種態度：一種認爲化石還在世，一種認爲化石已經毀于戰火，還有一種就是認爲化石的去向無法推測。
持化石在世態度的專家們的依據是：化石包裝的相當考究，即使沒有多少文化素養的人看到他也不會輕易將其扔掉或毀壞，根據中國古人類學家，最後一個見到化石的胡承志老人講述，包括“北京人頭蓋骨”在內的化石，當時被包了整整6層，而且由內到外相當仔細，不過胡承志對化石能否被人們保存下來並不樂觀，他認爲在當時戰爭頻繁的狀況之下，如果是金銀珠寶倒還可能保存下來，但對于“北京人頭蓋骨”化石來說，並不是所有發現化石的人都有辨別他們價值的能力。
複旦大學
上海複旦大學文物與博物館學系教授，“北京人”之父賈蘭坡的學生陳淳則認爲化石極有可能已經毀于戰火，從目前的資料判斷，北京人頭蓋骨化石當時應該被存放在協和醫院的地下室保險庫，這些化石在戰爭爆發後，很可能在地下室裏就被日軍毀掉了，由于當時日軍是突然發動戰爭並占領醫院的，所以化石可能根本沒有時間被運走，而且在當時，連協和醫院的院長和美國海軍陸戰隊的隊員都被日軍俘虜了，人們連逃命都來不及，誰還能顧及這些化石呢？
直到今天，這個已經持續半個多世紀的謎團，仍然是人們爭論不休的一個話題。