按照每小時單向多達1萬人的承載量計算，新柔地鐵列車的間隔時間預計可介于四至六分鍾。至于車資則會由合資營運公司制定，並會在接近通車日期前公布票價細節。
根據馬來西亞媒體報道，馬國交通部長魏家祥昨天（7月30日）在記者會上說，無論在新山或新加坡購票，票價面額都相同；但在新山是以令吉購票，在新加坡則以新元購票。他說，馬國政府考慮到當地低收入群體及每日通勤者的經濟情況，因此車資不能太貴。
新柔地鐵系統最初的設計，是與我國湯申—東海岸線共用列車、信號、通訊系統及綜合監控這四個主要系統，以取得規模經濟效益。
不過，前希盟政府去年11月建議把項目改成中型地鐵系統，時任馬國交通部長的陸兆福當時說，這將能進一步降低成本。馬國前首相馬哈迪當時也指出，馬方將在新柔地鐵計劃中投入31.6億令吉（約10.3億新元），與原本預估的49.3億令吉（約16億新元）相比，減少了17.7億令吉（約5.8億新元）或36％。
僅須辦理一次通關手續
我國交通部昨晚答複《聯合早報》詢問時說，新柔地鐵使用的新系統，與裕廊區域線等地鐵線所使用的中型地鐵系統類似，可滿足每小時單向最多1萬人的載客量需求。這也與湯東線尖峰時段的承載量相同。
交通部也說，新柔地鐵改用的新系統，與當初根據湯東線系統設計的基礎設施匹配，日後只需進行一些設計上的微調，因此土木基礎建設成本大致不變。
不過，該項目的維修與營運設施將從原本計劃與湯東線共用的萬禮車廠，遷至距離新山關卡不遠的瓦迪哈那（Wadi Hana）。至于建設新車廠的費用，交通部說，這將由馬方承擔。
新柔地鐵照舊會有兩國聯設的關稅、移民及檢疫設施，乘客只須在搭車前辦理一次通關手續，到站後可直接出站，不必再辦通關手續。
新馬兩國政府已分別委任基礎設施承建公司，負責建造、擁有、融資與維修各國境內的基礎設施和地鐵站。新方的基礎設施承建公司繼續是陸路交通管理局，馬方的代表則從原本的馬來西亞國家基礎建設公司（Prasarana），改爲馬國捷運公司（MRT Corp）全資子公司MRT Sdn Bhd。
據魏家祥透露，在首階段工程期，馬方將持有聯營公司52％股權，新方則持股48％。