基因組分析研究證實，土生華人是數百年前在馬來群島落足的移民與當地人共結連理的後代，其馬來血統主要源自馬來女性。
爲了解土生華人社群的遺傳基因混合（genetic admixture）程度，從科學角度證實其種群曆史，新加坡科技研究局（A*STAR）屬下的新加坡基因研究院展開一項研究，對177名新加坡土生華人的基因組進行分析，並與其他地區的華人加以對比。
土生華人平均有
5.62％馬來血統
科技研究局在文告中指出，全基因組排序顯示土生華人平均有5.62％的馬來血統，估計是190年前的遺傳基因。這明顯高于新加坡華人的1.08％，南方華人的0.86％，以及北方華人的0.25％。
團隊也發現，土生華人的馬來血統主要源自馬來女性，這也與我們所知的吻合，即早期在馬來群島經商的中國移民迎娶當地馬來女子，原因是當時的華族女性移民較少。
土生華人協會會長徐維德表示很榮幸與新加坡基因研究院合作進行這項調查，首次以科學角度證實土生華人是早期從中國、印度與歐洲而來的商人與東南亞馬來女性共結連理的跨族後代。
新加坡基因研究院院長陳文炜教授指出，調查旨在加深我們對華人的遷移曆史，以及他們與東南亞土著人口的關系。