該影片講述的是巴克利勳爵控制了瓊斯以後想要獲得更大利益，最終被威廉、伊麗莎白和傑克船長等人擊敗的故事。
巴克利從諾靈頓將軍處得到了瓊斯的心髒，控制了“飛翔荷蘭人”號，收買了新加坡海盜王嘯風，讓尋求嘯風幫助的威廉和伊麗莎白陷入險境，在英軍進攻嘯風基地的緊急關頭，威廉和嘯風做了一筆秘密交易。在巴博薩船長神經質的帶領下，衆人進入了海神魔域，遇到了被海神幫助的傑克，傑克智乎若妖的腦袋猜處了航海圖的玄機，帶領衆人走出海神魔域。
巴克利得知海盜大會消息，想利用威廉想要救出父親這一點，拿到了傑克的羅盤，抵達沉船海灣。面臨危機，繼承嘯風寶物的伊麗莎白力排衆議，拒絕解除女海神的封印，在海盜大會上競選成爲海盜大帝，通過交換人質救回了威廉，將傑克丟到“飛翔荷蘭人”號上取亡靈箱，以及鑰匙。在伊麗莎白的鼓舞下，雙方開戰，混戰中傑克拿著威廉的手刺穿了瓊斯的心髒，讓威廉成爲了“飛翔荷蘭人”號新的船長，“黑珍珠”號和“飛翔荷蘭人”號一起進攻巴克利的“奮進”號，擊殺了巴克利勳爵，英軍撤退。
該片有兩大亮點，一是人物語言，《黑珍珠的詛咒》中語言出色，本片中語言更加出色，充滿著哲理氣息。二是特效，船的翻轉、瓊斯的觸手臉、女海神的封印解除、漩渦上的戰鬥等等，讓觀衆大呼過瘾。
令我們感動的，是伊麗莎白從不妥協的抗爭精神，無論身邊有誰，無論多困難，都能夠豎起戰旗，拿起手中的劍，向著敵人的陰謀詭計和船堅炮利發起進攻。印象最深刻的，是法典看護者對傑克說的那句話：孩子，永生不重要，重要的是你得活出個人樣兒。