《小娘惹》講的是陳家、黃家、查理張三個家族三代人的故事。黃家裏有個二太太，生出個聾啞人菊香，不過兩人過的卻是下人的生活，在封建家族中，菊香與山本介洋結婚，生下月娘。
抗日戰爭結束，黃家也從新加坡回到國內。太太有兩個嫡孫女珍珠和美玉，還有一個嫡孫黃天寶，黃家希望有一個能嫁到有地位的陳家。
在黃家，玉珠因爲是最小的，黃家人沒有太關注，所以玉珠心地善良，時刻在關心著月娘。她的善良給了月娘溫暖，唯一一個黃家人把月娘當做朋友、姐妹的人。
珍珠看上了三代單傳有地位的陳錫，可陳家是荅荅（da）家族,珍珠作爲女方，是娘惹，不得不學習廚藝、刺繡。玉珠耐心刻苦，毫無怨言地學習，老娘惹看得出玉珠天賦好，也誇了幾次玉珠；玉珠也沒有想到自己的親姐姐竟然用滾燙的油倒在她的手上，月娘替玉珠擋了，姐姐還不依不饒的。
月娘生病，黃家因爲陳錫喜歡月娘，太太便派人將月娘丟出沒人的地方，讓她等死。玉珠雖然不說，但心裏卻是喜歡陳錫的，私下幫忙找月娘被母親發現，被姑姑罵，被母親打。
月娘被黃家逼親，玉珠幫月娘逃離黃家時，被醉酒的查理張的兒子羅伯特強暴，眼睜睜在門縫中看見親姐姐見死不救。
玉珠消極了一段時間，等她看開了時，卻因黃家人重利被迫嫁給羅伯特。玉珠不想嫁，卻被母親打了一巴掌，說她不懂事。但是玉珠自始至終都沒有說出姐姐見死不救的事情。
可查理張父子被玉珠姑姑要挾‘不交馬來西亞商業某些領域的代理權，就要打官司到洋人那’和必須對玉珠負責，羅伯特也記恨起了無辜的玉珠。羅伯特又因要討好洋人，親手將玉珠送到老洋人的床上。
玉珠受不了打擊瘋了，羅伯特將早已懷孕的她丟進一個偏僻的屋子裏鎖起來，不給吃不給喝。陳錫和月娘來救，也被羅伯特關起來放火。
陳錫救出了玉珠，而玉珠聽著他喊月娘漸漸恢複短暫的意識。玉珠生了個兒子，不知道是羅伯特的還是洋人的，羅伯特說她肚子裏的孩子都不知道是誰的。
月娘一生未嫁，將玉珠的孩子養大，而陳錫最後選擇了朋友麗貝兒。好人不長命，禍害遺千年，黃家人活得長久自在，但玉珠活得很悲慘，而且這悲慘的結局還是家人造成的。
假如玉珠的姑姑不要挾羅伯特對玉珠負責，玉珠就不會瘋。假如黃家不巴結親日的查理張，就不會扯上關系，黃家也就不會衰敗。
劇中的玉珠很悲慘，愛的人看到她瘋掉的模樣，但現實中他們是一對夫妻。
