（二）“七七事變”之後冀中根據地共事的階段
孫志遠在人民自衛軍的身份，是黨代表和主內的政治部主任，負責分管部隊的黨政工作。孫志遠看到，呂正操領導的人民自衛軍，雖屬黨領導下的部隊，但畢竟剛從舊軍隊脫胎出來，還沒有經過認真改造，新編入的戰士則帶有較重的家鄉觀念，部隊紀律欠整頓，與地方黨之間也有思想隔膜。爲了把這支隊伍訓練成八路軍式的堅強隊伍，孫志遠做了大量政治思想工作。他組建模範營，專門培訓新入伍的青年幹部。親自講課，講抗日形勢和任務，講如何發動群衆，講加強部隊紀律和同地方的團結。他的講話，深入淺出，知識性、趣味性很強，大家都愛聽。經過半個月的培訓，孫志遠又將他們分派到連隊去做思想工作和整頓紀律工作。
孫志遠到了高陽，呂正操立刻同聶司令員接通了電報，報告了冀中的情況。這樣，人民自衛軍就和晉察冀軍區正式建立了關系。呂正操通過電報向聶司令員彙報，這個部隊是舊軍隊，黨的、紅軍的傳統都沒有，請求帶主力部隊到路西去見習、受訓。聶司令員回電同意了。于是，在1937年冬，呂正操和孫志遠率領人民自衛軍主力從高陽開到路西整訓。
聶榮臻對待呂正操、孫志遠他們極爲親切，讓呂正操和孫志遠就住在他的司令部，這樣朝夕相處，可以隨時交談。人民自衛軍在路西整訓期間，正趕上晉察冀邊區代表大會在阜平召開，這是宣告成立敵後第一個區域性抗日政權的曆史性會議。呂正操和孫志遠參加了這次大會。大會用民主選舉的方法産生了晉察冀邊區臨時行政委員會，即邊區臨時政府，呂正操和孫志遠被選爲委員（各界委員只有9名）。
呂正操和孫志遠還參加了晉察冀軍區政治工作會議，聽取了聶榮臻司令員對冀中區工作的指示，具體討論布置了冀中下一步的工作。聶榮臻指著地圖，對呂正操和孫志遠說：“你們就在平津路、平漢路、津浦路之間，南邊以滏陽河爲界，搞冀中根據地吧！”冀中，作爲一個正式的軍事、行政區，就是從此開始的。很顯然，聶榮臻對于冀中區和呂正操、孫志遠是寄予厚望的。聶榮臻說：“冀中這塊抗日陣地，是我們黨領導首創的平原根據地，意義非常深遠。你們成功了，對于全國其他平原地區的抗戰，將提供出借鑒的經驗。”
在阜平，聶榮臻還和呂正操、孫志遠等詳盡地討論了在平原地區開展遊擊戰爭的問題。
1938年初，孫志遠同黃敬、呂正操等率部返回冀中。這時，地方黨發展了很多武裝，統稱爲河北遊擊軍，一度與留下的人民自衛軍遊擊司令部産生隔閡，孫志遠等做了艱苦 的思想政治工作，對部隊進行了整編。又在省委領導下，與河北遊擊軍配合，迅速解決了幾十股漢奸土匪武裝，收編了各種雜牌武裝。是年3月，孫志遠等組織北上先鋒隊，赴大清河北開辟工作，在平、津、保三角地帶開展遊擊活動。4月，人民自衛軍和河北遊擊軍並肩作戰，勝利粉碎了日軍第一次春季“掃蕩”，根據地得到很大的擴展。西起平漢路，東至津浦路，北起平津路，南達滄石路，整個平原的廣大農村，幾乎都爲抗日武裝所控制。各縣建立了抗日政權和各種群衆性的抗日組織，人民生活有了改善，群衆踴躍參軍參戰。這就是人們所說的冀中抗戰的“黃金時代”。
1938年4月21日，新任冀中區黨委書記黃敬主持召開了冀中區黨委第一次代表大會，研究統一冀中黨的領導、統一編組部隊、統一政權組織和群衆組織等問題。根據中共中央指示，整編冀中部隊爲八路軍第三縱隊，呂正操爲縱隊司令員兼冀中軍區司令員，孟慶山任副司令員，孫志遠任政治部主任（並長期兼任冀中區黨委常委）。孫志遠上任之後，立即著手建立政治工作體制，調配政工幹部。政治部成立宣傳、組織、鋤奸、民運等部，團建立政治處，營、連調配政治教導員、指導員。政工幹部與軍事幹部同等待遇，並把軍饷制改爲津貼制，開始實行八路軍官兵一律平等的供給制。創辦“前線報”和“火線劇社”，活躍部隊文娛活動，開展抗日宣傳，鼓動群衆支援抗戰。通過對官兵的思想教育，保證了黨的領導，順利完成把部隊改編爲八路軍的任務。自此，這支部隊長期堅持冀中平原遊擊戰爭。
八路軍第三縱隊和冀中軍區，爲開創（我黨我軍）平原上第一個抗日根據地，做出了重要貢獻。實踐證明，開展敵後遊擊戰爭，主要是在山地，但也可以在平原進行。冀中平原抗日根據地就是一面光輝的旗幟。孫志遠說：“我們有千千萬萬老百姓做靠山，這就是最好的深山峻嶺，比敵人那些碉堡、炮樓厲害得多！”那時冀中軍區的工作，可謂是朝氣蓬勃，有開創新局面的勁頭。從四面八方來到冀中軍區的知識分子和工農青年，都有用武之地。也有不少青年在對日寇作戰中壯烈犧牲。1938年7月7日，河北省任丘縣城舉行了黨政軍各界紀念抗日一周年大會，孫志遠發表了慷慨激昂的講話，會後又親自擡起烈士的靈柩遊行，激發了軍民的抗日鬥志，給人們留下了深刻的印象。
孫志遠身爲政治部主任，每天大事纏身，還時時關心著青年的成長和進步。他經常找機會做思想工作，幫助青年學習，教給工作方法，介紹鬥爭經驗，用他的心血培養出一大批有才幹的青年幹部，讓許多青年幹部受益終生。當時政治部民運部部長李之琏回憶說：“孫志遠同志是冀中抗日根據地創建初期主要領導之一，他對抗日武裝的組建，特別是對各種武裝的團結、爭取、整編，使其在黨的領導下堅持抗日，做出了重大貢獻……他對我的培養和幫助，使我永遠難忘。”當時政治部文書科長韓辰回憶說：“孫志遠同志是我的首長，也是我的導師，他對我的親切關懷與諄諄教誨，使我終生永記！”當時的火線劇團副團長王炎回憶孫志遠出點子讓他們排練演出話劇《夏伯陽》給部隊看，對改造舊部隊的作用比上幾堂政治課還有力。王炎說：“話劇《夏伯陽》的演出，充分體現了孫志遠同志做思想政治工作的領導藝術……提起孫志遠同志，在我記憶的屏幕上，立刻浮現出兩個形象：一個是頭戴舊草帽，光著膀子，挽著褲管，赤著腳的＇農民＇形象；另一個是穿戴著八路軍灰軍裝，神情嚴肅而又和藹的首長形象。孫志遠同志雖然是個大學生，但由于他善于做＇農運＇工作，因此，他是一個和工農群衆有血肉聯系的八路軍高級指揮員。”當時的團政委蔣崇璟回憶說：“孫志遠同志是冀中八路軍中一位很有風度的政治家，是我們27團成長的引路人，是培養我們的革命導師……他的革命精神，將永遠激勵我做一名合格的共産黨員。”
《呂正操回憶錄》《冀中回憶錄》和《留給後世的故事——冀中抗戰史話》裏提到，由于冀中軍區高度重視和大力提倡，在冀中部隊中廣泛開展的歌詠活動，成了鼓舞抗日的有力工具。在部隊指揮員們來看，教戰士們唱會一支歌，等于上一堂生動活潑的政治課。部隊幹部戰士都歡迎宣傳隊、劇團派人到連隊去教唱歌。戰士們在整訓操練時要唱歌，在開大會集合時也要唱歌。連隊與連隊之間，常常開展歌詠比賽，互相叫陣、挑戰，看哪個連隊唱得多、唱得好。如果有的連隊不會唱歌，或者有的連隊唱得不多也不好，那就會被認爲是政治工作落後的表現。這樣的連隊，戰士們有意見，連長、指導員也覺得不光彩。在唱歌時，戰士們往往是歡迎首長帶頭唱。政治部主任孫志遠，長言辭，善鼓動，很活躍，具有歌唱的才能，在開會的場合，則多由他來帶頭唱，而後鼓動大家唱。孫志遠經常唱的最拿手的歌，是《國際歌》、《鐵騎兵之歌》、《遊擊隊歌》。另據梁茂春所撰寫的《<松花江上>憶寒晖》一文記載，“孫志遠的嗓子確實不一般，那是天生的黃鍾、大呂之聲，以前他在蘇聯遠東一個遊擊訓練班學習時，有位蘇聯聲樂專家偶爾聽到他的歌聲，非常欣賞，想要收他當學生，說要將他培養成男低音歌手。孫志遠因爲急于回祖國參加革命，沒有接受蘇聯聲樂專家的好意。”看來，孫志遠還是一位被日本鬼子耽誤了的歌唱家啊。
著名作家王林在其《回憶<松花江上>作者張寒晖同志》一文中也證實了這一點事實：“我與孫志遠同志是中學同學，又有過組織聯系。他常常誇耀他的歌喉。他說他在蘇聯遠東一個遊擊訓練班學習時，蘇聯有個聲樂家聽見他唱歌，非常欣賞他的嗓子，要吸收他當徒弟，培養他當低音歌手。他說他還要回祖國革命，就沒有接受那位專家的好意。”不過，王林同志在文章中也提到，孫志遠同志是歌曲《松花江上》的第一個首唱者和第一個傳播者。在“西安事變前，東北軍學兵隊話劇隊的王林拿著地下黨員孫志遠給張寒晖的便條來到西安二中，向張寒晖索取《松花江上》歌譜。”歌曲在學兵隊和東北軍中流行之後，王林同志又把《松花江上》的簡譜悄悄寄給了北平中共地下市委負責人黃敬同志，並由其印成歌頁傳抄、傳印、傳唱而遍及全國的。而王林同志在其《憶人民的音樂家張寒晖》中又說：“我把他的《松花江上》帶回我們東城樓上學生隊裏去。我們學生隊是一群’愛國犯和流浪漢’……嫌他的《松花江上》太悲哀，不願唱。這時卻由正在奔走東北軍自動停止內戰、援綏抗日的孫志遠同志，（編者按：他首先在學生隊裏唱了這首歌曲），在革命朋友中間傳播這首歌”。“’七七’抗戰後……冀中軍事首長是呂正操將軍，幹部多是東北人，冀中（編者按：原文如此。應爲八路軍第三縱隊兼冀中軍區）政治部主任又是第一個傳播《松花江上》的孫志遠同志。于是，’我的家在東北松花江上……’就哼哼在廣大人民和幹部的口邊上了。”
1938年9月，孫志遠到山西省五台參加晉察冀軍區工作會議，並向陝甘甯邊區慰問參觀團介紹了在冀中開展平原遊擊戰的情況，分析了在平原打遊擊的可能性。隨團采訪的新加坡《星洲日報》華僑女記者黃薇在當時的報道文章中說：“孫主任有著健強的體格，善談的口才和一種頗帶幽默性的風度。”“講話很有藝術、有系統、有趣味。”
1940年8月，孫志遠曾寫了一篇題爲《在冀中平原上我們怎樣和敵人鬥爭》的全面總結性長文，後來以《冀中平原上的抗日鬥爭》爲題，發表在1940年9月16日出版的《解放》雜志第115期上。這篇文章對冀中的戰略地位、冀中“戰局如棋局”的現狀以及根據季節河水之變化形成新的鬥爭形勢等作了詳盡的分析，對破路鬥爭、打狗運動、保護收成與破壞收成的鬥爭、敵我之經濟鬥爭及群衆捕捉俘虜等各種抗日鬥爭形式作了詳細的描述，講了我黨政軍民在戰爭中改造著一切，在鬥爭中鍛煉一切，讴歌了“三縱隊是冀中人民子弟兵”。文章最後寫道：“總之，冀中平原它具有堅持遊擊戰爭的困難條件，但這只是事情的一方面，另一方面它更具有著許多有利條件，前者使鬥爭必然殘酷，後者使鬥爭必能堅持，以達勝利。以上這些具體的鬥爭，亦就是兩方面的具體表現。但無疑義的，鬥爭已經愈加殘酷了，今後還要更殘酷；可是殘酷不是嚇人的，而是鍛煉人的，就在殘酷的中間鍛煉得我們更堅強，只要我們能運用上許多有利的條件，新的鬥爭會創造出新的鬥爭方式來。我們說，鬥爭的殘酷是必然的，我們能夠堅持也是一定的，並且在堅持全國團結抗戰的方針之下，我們的最後勝利，也是有保證的。”