4月25日，印度尼西亞軍隊已經正式確認，在4月21日失聯的印尼海軍“南伽拉”號潛艇已經沉沒，艇上53名官兵全部死亡，這53名船員中還包括印尼海軍潛艇部隊指揮官塞蒂亞萬少將。
印尼國民軍總司令哈迪在25日的新聞發布會上表示：印尼的搜救部隊發現了水面漂浮的油花，新加坡支援的潛艇救援器的水下攝像機已經發現失事海域的850米深度的海底散落的潛艇零件，搜救人員已經收到了來自海底的畫面，畫面中出現了“南咖拉”號潛艇的部分殘骸，包括後垂直舵、錨等部件。指揮塔圍殼被壓扁，扭曲得不成樣子。
“南咖拉”號潛艇已經斷裂成3部分，其中有一部分已經斷裂到了850米的海溝，而這已經大大超過了該潛艇250米的最大作戰深度。印尼軍方稱海底巨大水壓的擠壓作用下撕裂了艇體的耐壓殼，導致一些艇體內部的殘骸從縫隙中浮出水面。目前已經找到的屬于“南咖拉”號潛艇的物體，包括潛艇魚雷系統的一部分、用于潤滑潛艇潛望鏡的潤滑油，以及祈禱墊。甚至還有一套打開了包裝的潛艇救生衣，這說明艇員試圖自救，但沒有穿上救生衣，潛艇就發生了破裂。
印尼海軍在早年期間曾擁有12艘蘇聯建造的W級潛艇，但很快就報廢退役了。後來在70年代從德國引進了2艘209型潛艇。“南伽拉”號潛艇是德國209型常規潛艇系列的1300型潛艇，滿載排水量約爲1395噸，標准載員34人，裝備8具533毫米魚雷發射管。“南伽拉”號潛艇是印尼向德國訂購的209型潛艇的二號艦，由德國于1978年開始建造，1981年交付印尼海軍。是印尼軍隊擁有的5艘潛艇之一。
2011年印尼與韓國大宇造船簽署了第一批三艘209/1400型常規潛艇（韓國命名爲“張保臯”級）合同，其中2艘在韓國制造，1艘在印度尼西亞組裝，目前這三艘潛艇已經入役，但還沒有形成戰鬥力。所以此次2024年4月印尼又與韓國簽訂了第二批三艘209/1400型潛艇的合同，根據建造計劃印尼將在2024年擁有8艘209型潛艇。
“南伽拉”號潛艇是4月21日在印尼巴厘島以北海域進行魚雷發射訓練時失聯的。該艇在2016年曾在韓國大宇造船進行過中修和改裝，盡管艦齡高達40年，但經過多次維修，技術狀態還是不錯的。因此，此次失事不太可能是潛艇老化引起的。
此外，一開始有分析該潛艇可能是魚雷發射時失敗爆炸，導致潛艇沉沒的。但潛艇訓練時的周圍水面艦艇聲呐也沒有聽到水下的爆炸聲，救援的深潛器拍攝的畫面顯示潛艇並沒有遭到爆炸破壞，這說明，潛艇沉沒不是魚雷發射失敗引發殉爆導致的。
有分析認爲，“南伽拉”號潛艇沉沒的原因，很可能是遇到了水下“斷崖”，遭遇了極危險的“掉深”。由于海水密度不同，有密度分層，在某些海域會存在差異極大的密度斷層，如果潛艇不慎駛入，就會劇烈掉深，像在陸地上行駛的車輛從山崖上“掉”下來一樣，速度極快且不受控制地往下“掉”。遭遇海水密度突變造成的“斷崖”，失去浮力的潛艇會急速掉向深海海底。艇上的救生設備甚至來不及反應。
這艘柴電潛艇的最大下潛深度爲250米，一旦超過這一深度則可能致命。沉到850米的深度，潛艇耐壓殼會被壓破，造成潛艇解體，船員生還的可能性幾乎沒有。
“掉深”是潛艇水下航行最危險的狀況之一，“掉深”到潛艇的極限深度便會艇毀人亡。2013年中國海軍的俄制基洛級372號潛艇就遇到了”斷崖”，潛艇以45度的傾角沉向海底，但我潛艇官兵素質過硬，反應迅速，挽救了潛艇，創造了世界潛艇曆史上遭遇海中“斷崖”自救成功的奇迹。