10月3日，馬來西亞大增317起確診病例，爲疫情暴發9個月以來的單日新增最高紀錄，累計12088起。
馬國首相：疫情受控呼籲民衆要冷靜應對馬來西亞首相慕尤丁昨天主持國家安全理事會的冠病疫情特別會議。在會議上，慕尤丁強調，馬國疫情依然受控，各部門正密切監督及應對。他也承諾，政府會盡力控制疫情。
（首相慕尤丁主持國家安全理事會的冠病疫情特別會議。圖源：慕尤丁臉書）
（馬來西亞國家安全理事會冠病疫情特別會議。圖源：慕尤丁臉書）慕尤丁說，近期多數新增病例是來自三個源頭——監獄、實施行動限制令（TEMCO）的地區、已出現並已受控的感染群。未來幾天病例預料繼續攀升首相慕尤丁指出，由于當局積極展開檢測和追蹤密切接觸者，成功發現更多確診病例，因此數據有所攀升。馬來西亞衛生總監諾希山說，衛生部即將加強檢測，預計接下來兩三天，甚至未來一周會出現病例攀升的情況。
在冠病疫情特別會議之後，首相慕尤丁在臉書上貼文說，馬來西亞有40家醫院和34處隔離及護理中心，一共有5674個床位，目前病床使用率是24%；另，馬來西亞還有437個重症病床和1505個呼吸輔助器。
他呼籲所有人民冷靜應對目前的疫情趨勢。他說：“我相信，所有前線人員，特別是衛生部和保安部隊，有能力和足夠專業來處理當前的情況。”馬國主管抗疫部長：各州僅零星病例，不封州
馬來西亞國防部高級部長依斯邁指出，目前疫情嚴重的地區是沙巴州、吉打州和雪蘭莪州，其他州屬只出現零星病例。依斯邁是主管馬來西亞防疫事務的部長。馬來西亞昨天新增317起，在所有州屬中，沙巴州有155起，吉打州有102起，雪蘭莪州有32起，最靠近新加坡的柔佛州有4起。
（紅色數字爲馬國各州屬新增病例人數。圖源：馬來西亞衛生部）昨天新增的所有317起皆爲本土病例，沒有境外輸入病例。317起當中，有20名確診患者曾到過沙巴州，意味著從9月20日10月2日，全馬已有139起確診病例與沙巴州有關。依斯邁說：“雪蘭莪仍未達到紅色警戒的40起，其他州也只有零星病例，所以，這並非需要擔心的事。不可能全國都零病例，至今疫苗尚未面世，明天後天都會有人感染。如果出現零星一兩起病例就要封鎖全國，那麽全國和各州要到什麽時候才能開放？”他繼而指出，馬來西亞政府目前采取的是針對性措施，對特定的重災區進行“封鎖”，而非全州或全國。衛生總監：不建議關閉學校馬來西亞衛生總監諾希山說，除非學校出現確診病例，否則現階段不建議關閉學校。
（檢測人員准備開工。圖源：馬來西亞衛生總監諾希山臉書）諾希山說，如果有師生確診，如先前的鬥湖感染群出現教師確診，就會建議關閉學校並消毒；在目前階段，學校活動可以照常進行，不建議關閉學校，但必須謹慎並遵守抗疫防疫標准作業程序。
他也說，衛生部目前更加重視沙巴州疫情。沙巴州疫情由非法移民引發，必須由國防衛隊加強邊境管控，才能有效控制沙巴疫情。同時，衛生部要把醫療器械運往沙巴，也需要空軍協助。
馬來西亞沙巴州疫情主要由從“老鼠洞/老鼠路”（rat lanes）入境的非法移民引發。“老鼠洞/老鼠路”是俗稱，指走私者或偷渡客使用的通道。57歲男子出現症狀14天後才求醫馬來西亞昨天新增1起死亡病例，累計137起，占總病例1.2%第137起死亡病例是57歲馬來西亞籍男子（第10939例），有糖尿病、高血壓與血脂異常病史，9月10日開始出現咳嗽、缺乏胃口和發燒症狀，9月24日呼吸困難而送往仙本那醫院，之後再轉入鬥湖醫院。入院之後，需要呼吸輔助器，9月28日確診，病情逐漸惡化，10月2日2344時病逝。衛生總監諾希山說，該男子送院太晚，沒有獲得呼吸輔助器幫助供氧，是死亡的主要原因。印尼昨增4007起確診連續5天回升4000起以上
10月3日，印尼新增4007起確診病例，累計299506起，連續25天新增3000起以上，近5天每日新增4000起以上。從圖表上看，印尼疫情仍處于上升期。當天通報83起新增死亡病例（累計11055起）。印尼新冠死亡病例人數爲東南亞最高。菲律賓昨增2674起局面持續謹慎樂觀
10月3日，菲律賓新增2674起確診病例（累計319330起），過去12天基本維持在每日新增3000起以下，9月28日除外，較九月中旬有所緩解。從圖表上看，菲律賓疫情正處于高峰之後的緩降。菲律賓當天通報62起新增死亡病例（累計5678起）。泰國昨增8起境外輸入源自美俄印巴和阿聯酋
10月3日，泰國確診病例新增8起，皆爲境外輸入病例，皆無症狀，累計3583起。8起當中，源自美國3起、俄羅斯1起、印度2起、巴基斯坦1起、阿聯酋1起。源自美國的其中一起是23歲男性美國公民，9月17日從美國入境，3天之後，9月20日接受第一次檢測時，結果爲陰性；10天之後，9月30日接受第二次檢測時，結果爲陽性而確診。泰國自9月18日以來無新增死亡病例，維持在59起。