加入馬來西亞
1963-1965
1961年5月，馬來亞首相東姑阿都拉曼公布了想把新加坡、馬來亞、文萊、砂拉越和北婆羅洲聯合起來組成馬來西亞的建國方案。對此，李光耀決定舉行全民投票，最後71%的人投了贊成票。于是在1963年9月，新加坡脫離了英國的統治正式加入馬來西亞。
新馬合並後，新加坡開始和中央政府發生矛盾，對治國方針也有不同的看法。兩地政府第一次發生公開的矛盾是在1963年12月。李光耀批評馬來西亞的年度預算案沒有給予提升社會狀況足夠的預算。新加坡的商人也開始投訴中央政府歧視他們，沒有給他們和其他州屬一樣的利益，反而對他們實行固打制。雙邊經濟的矛盾在1964年12月，中央政府要求新加坡將上繳中央的稅收從4成增加到6成後升溫。當時馬來西亞財政部長說這是因爲印尼的對抗活動而導致軍備預算案增加。同月，中央政府宣布將關閉新加坡的中國銀行的分行，原因是中國銀行在資助馬來亞共産黨的武裝活動。
兩地在政治上也有沖突，1963年，由巫統、馬華和國大黨組成的聯盟黨在中央政府的支持下參加了新加坡州選舉。然而，聯盟黨不僅未添一席，原有的三個選區也被人民行動黨奪取。1964年9月，由于印尼特務的挑撥離間，新加坡又發生了嚴重的種族暴亂。“馬來人至上”的觀念也逐漸走向了舞台的中心。非馬來人的政黨都公開表示反對“種族主義”的信條。當時第一任首相東姑阿都拉曼擔心華人會主宰馬來西亞的政治及經濟環境，他認爲，解決兩個族群沖突的最好辦法就是以華人爲主體的新加坡獨立出去，以保證馬來族的統治。于是，以巫統爲首的執政聯盟在國會緊急通過修改憲法，以126票贊成、0票反對將新加坡驅逐出馬來西亞。
新加坡獨立
1965至今
1965年8月9日，新加坡脫離馬來西亞，成爲一個有主權、民主和獨立的國家。同年12月22日，新加坡成爲共和國，尤索夫·賓·伊薩克出任首任總統。建國以後，新加坡人民的集體危機感成經濟奇迹原動力，靠著勤奮的打拼在逆境中求得生存。
新加坡在建國後尋求國際承認，于1965年9月21日加入聯合國。同年10月新加坡加入英聯邦。1967年新加坡也協立東盟。作爲一個蕞爾小國，世界對于新加坡是否能繼續存在表示疑問，除了主權糾紛，其他重要的問題包括住宅短缺，缺乏土地與天然資源。失業率當時高達12%。
新加坡爲了求存求活，開始一連串的措施來發展工業及經濟。于1961年設立的經濟發展局致力于實行國家經濟發展方針，重視制造業，裕廊工業區正式成立，並在加冷、大巴窯等地建立輕工業基地。爲了吸引外資，政府決定給予外國企業優惠。同年，經濟發展局重組，裕廊鎮管理局以及新加坡發展銀行也在該年成立。工業化之迅速使得新加坡的制造業在十年內成爲世界主要電子産品出口國。雖然新加坡的國內政治上的自由空間逐漸被壓制，經濟上卻取得高速發展，很快成爲東南亞重要的金融和轉口貿易中心，成爲當時的“亞洲四小龍”之一。與此同時，人民的生活水平也得到大幅度提高，住房、教育、交通等問題都得到解決。
吳作棟在1990年11月接替從1959年開始執政的李光耀，成爲新加坡第二位總理。 新加坡在1993年舉行第一次民選總統選舉，王鼎昌出任第一任民選總統。納丹于1999年出任新加坡第二任民選總統。2011年8月總統選舉成績揭曉，陳慶炎僅以0.34%（7269票）微差的優勢領先陳清木和另外兩位候選人，當選爲第三任新加坡民選總統。