地鐵營運持續蒙受巨額虧損令人關注，政府將檢討目前用于經營濱海市區線的融資框架，並確保地鐵業者新捷運會持續以可靠、高效率及可持續的方式經營該地鐵線。
受訪學者認爲，當局料傾向于采用同業者共享風險的框架來經營市區線。
交通部長王乙康在國會撥款委員會辯論交通部開支預算時指出，新地鐵融資框架（New Rail Financing Framework，簡稱NRFF）實行了好些年，當局早前也對此框架做出了調整，而濱海市區線仍在第一版本的框架下營運，業者得承擔巨大的車資收入風險。
NRFF于2010年推出，由政府持有地鐵營運資産和基礎設施的擁有權，並以出租的方式讓地鐵業者提供服務。濱海市區線是首個在該框架下營運的地鐵線，新捷運每年得支付一筆固定的執照費給政府。
王乙康指出，市區線的經營者仍承擔巨大的商業風險，若有足夠乘客量，車資收入遠超過營運成本，業者可享有大部分利潤，但若情況相反，則將蒙受虧損，而不穩定的公共交通業務是“不理想”的。
南北與東西線、環線和東北線則自2016年轉至第二版本的NRFF下經營，由政府與業者共同承擔收入風險，減少商業波動。
湯申—東海岸線則在啓用初期采用類似公共巴士發包合約的營運模式，由政府收取車資及承擔所有收入風險，但待乘客量穩定後，將回歸到第二版本的NRFF營運。
新躍社科大學商學院副教授特斯拉（Walter Theseira）受訪時說：“在現有的NRFF下，市區線的盈利能力過于側重乘客量，當乘客量達不到預期，新捷運將會持續虧損。”
他認爲，乘客量不在業者的控制之內，而第三版本的NRFF將促使更多業者進場，或會影響地鐵業的穩定性，因此他相信政府會傾向于把市區線轉爲第二版本的NRFF運營，由政府和業者共享風險和損益。
王乙康：不能讓納稅人賬單再膨脹否則將加重後代財務負擔
多名議員參與辯論時也對公交系統可持續性表示關注。
王乙康回應時說：“政府須繼續補貼地鐵和公共巴士的營運，我們不能逃避，但同時也不能讓納稅人的賬單不斷膨脹，否則將加重後代的財務負擔。”
他指出，要確保公交系統長遠保持可持續性發展，車資就須不時根據成本的增加而進行調整，公交業者也須進一步培訓員工，並繼續尋找新方法節省成本，但不省去維修費用。
此外，也須設法減少過剩的公交容量，尤其是在新地鐵線啓用後，與該線平行的巴士乘客量銳減，每年就須提供數千萬元的營運補貼，因此當局得逐步調整這些巴士服務。