盡管香港機場管理方面已一再向市民和立法會表明其第三跑道和深圳之間不會有空域問題，但實際情況是，激烈的空域矛盾橫亘在兩個毗鄰城市上空。
深圳機場和香港機場都在建第三跑道，因爲兩者距離過近，“香港第三跑道會大幅影響深圳，如果按照香港的方案，我們半個機場都不要飛了。”深圳機場(000089)航空業務部總經理陳進泉表示。
不過證券時報·e公司記者致電香港特區民航處，得到其回複稱，關于珠三角空域多方早已建立協調機制。對存在矛盾的提問，香港民航處沒有回應。
深圳方面的回複並不如此，深圳交委港航局對證券時報·e公司的回複時認爲：香港民航處設計的FAB方案（功能性空域區塊）可能會壓縮南珠三角地區深圳、澳門、珠海機場可用空域，對深圳、澳門、珠海機場現有航路航線有影響，制約各機場未來發展。
爭建三跑道
香港三跑道項目從去年8月開工，目前建設還處于首階段的填海造陸中，工地上還是一片大海，正在打樁，計劃需時約8年。計劃耗資約1415億元，其中填海成本爲562億元，爲香港有史以來最貴的工程。
現在的香港機場啓用于1998年，是全球最繁忙的貨運機場和全球第三大國際客運機場。2015年10月達到運力極限。香港機管局2010年發表《香港國際機場2030規劃大綱》，其中包括三跑道發展方案。該方案2015年3月17日獲行政會議通過。
香港機管局興建第三條跑道，和前兩條跑道一樣，都要靠填海，是在現有機場以北開拓約650公頃的土地，跑道長3.8公裏。
深圳現在使用的機場和香港機場一樣有兩個跑道，在老機場南側興建。2017年前達到2020年規劃預測的4500萬人次，今年達到設計容量。
深圳機場在快速擴容，老機場1991年10月12日使用通航，2011年早在第二跑道建成之際，就已經有計劃要建第三跑道，2014年深圳機場T4航站樓及第三跑道完成總體規劃，今年年初時任市長許勤在作政府工作報告時，提出將規劃建設深圳機場第三跑道。
深圳第三跑道環評今年4月獲得通過，工程總投資112億。今年3月份，中交天健與中國交建、中交四航院組成的聯合體，以43.2億元拿下深圳機場三跑道的先導工程。
據了解，目前深圳機場第三跑道手續還沒弄完，要到明年才能實際施工。整個工程預計3年時間完成，二跑道和三跑道規劃有通路連結。
盡管開工晚，但是由于工期短，只需要三年，預計比香港方面完工要早很多。
空域
開建跑道容易，問題是讓飛機能飛起來，需要一定空域支撐。
據了解，香港正在研究制定珠三角空域中期規劃設計方案，這一方案讓深圳方面如坐針氈。
深圳交委在接受證券時報·e公司記者采訪時表示，目前香港民航處正在研究制定珠三角空域中期規劃設計方案，該方案建議在香港情報區邊界西側（廣州情報區內）設置功能性空域區塊（FAB），以滿足未來香港機場三跑道獨立進近運行，並擬調整深圳、珠海、澳門機場的進離場飛行程序。 進近是指飛機下降時對准跑道飛行的過程。
對此，深圳交委于2月17日召集民航局深圳空管站、深圳機場集團、深圳機場、航空公司等開會研究探討，認爲香港民航處設計的FAB方案可能會壓縮南珠三角地區深圳、澳門、珠海機場可用空域，增加航空器調配難度，對深圳、澳門、珠海機場現有航路航線有一定影響，制約了各機場未來發展。
就此問題，香港民航處公共關系組表示，2016年5月，民航局空管局、香港民航處及澳門民航局簽署《強化內地與港澳民航空管珠江三角洲地區空中交通管理規劃與實施三方合作交流機制協議》，訂立三方工作組各層面定期會面機制，就珠三角地區空域資源管理使用，內地、香港和澳門透過協調機制促進三方協同合作，推展各項空域優化方案，並以循序漸進的方式，逐步落實《珠江三角洲地區空中交通管理規劃與實施方案》最終目標，實現珠三角地區機場共同健康有序發展，同時令香港國際機場三跑道發揮最大效用，以期長遠達至每小時處理102班航班的目標。
澳門方面的口徑和香港大致類似。澳門特區民航局公共關系處林寶金回應證券時報·e公司，內地與港澳民航當局2004年就開始就珠三角空域的規劃實施舉行會議，並且成立了工作組，定期會面討論如何加強珠三角空中交通的有效管理，無論珠三角的機場如何發展，大家都是按照共贏的方向規劃未來發展。
深圳機場航空業務部總經理陳進泉表示，這個方案對深圳的影響，簡而言之就是在內地空域辟出專門的空域提供香港機場新跑道使用，珠海、澳門，深圳進離場做相應調整。
在香港劃設功能性空域區塊（FAB）問題上，深圳交委的表態是，香港應加強與內陸各民航有關部門的溝通，統籌考慮，兼顧各方需求，尤其要考慮深圳機場三跑道未來的空域需求和其他機場未來的發展問題，最終實現多方共贏，促進珠三角地區各機場共同發展。
深圳交委表示，目前深圳第三跑道建設正按計劃有序推進，深圳交委向民航部門呼籲秉承加強區域合作共同發展的理念認真探討研究香港、深圳及其他機場空域協作發展問題。
今年3月23日在昆明舉行的兩岸暨港澳民航交流座談活動，兩岸及港澳航空公司和機場等80余名代表，在這次會議上，香港和深圳機場管理部門有一些具體業務接觸，中國民航局空域管理中心有一套模擬仿真系統，與會者把香港三跑道數據輸入程序運行了一下，顯示空域有不少沖突之處，有人就對香港民航處助理處長李國柱表示，香港機場第三跑道建在這裏的確不合適。
據與會人士介紹，李國柱當時表示，第三跑道經過多方評估，從經濟從物流等各方面評估都是最優的，現在不能提出這樣的問題，相當于把它徹底否決了，相當于整個決策錯誤。
內地民航局方面則提出共贏方案，讓香港方面開放更多空域給內地使用。不過香港方面表示其空域已經非常繁忙，沒有達成共識。
局促
珠三角機場群包括廣州白雲、深圳寶安、香港、澳門、珠海金灣、惠州平潭、深圳南頭、珠海九州、中山三角等多個民用機場，機場密度遠高于每10萬平方公裏2.3座機場的全國平均水平，由于機場密布，被稱爲世界上最爲複雜的空域。
香港機場和深圳機場直線距離只有37公裏，香港機場往西34.5公裏，是珠海機場，往西南39公裏，是澳門機場。
香港機場與深圳機場過近。直線距離近是一方面，由于香港和深圳使用不同的空域管制系統，還存在“空牆”之困，深圳機場南側距離香港管制區邊界僅20公裏，空域狹窄導致深圳機場雙跑道無法實施由南向北的相關進近及獨立進近。
兩者又使用不同的度量衡和氣壓基准面，這在飛行調控和空域靈活使用上造成極大的困難。
深圳方面早就計算過，香港第三跑道要想達到目標，會對己方空域形成影響。
2015年4月， 深圳機場召開珠三角地區空域規劃計算機模擬仿真評估專家評審會議， 中國民航大學項教授彙報計算機模擬仿真評估，認爲香港北三邊劃設方案對深圳地區乃至整個珠三角地區空域影響巨大，降低深圳機場的航班容量和運行效率，增加空中沖突以及管制員的工作負荷，嚴重幹擾珠三角地區的航班正常運行，將直接影響到深圳機場的正常運行。香港計劃在第三跑道北側執行三邊飛行，被業內稱作“北三邊”方案。
鑒于目前政策和體制難以解決深圳南側空域和香港提出的北三邊問題，深圳方面決定提升深圳機場容量潛力，引入GBAS技術，緩解深圳機場空域緊張的現狀。
傳統模式下飛機升降要走直線，基本上就要占用十幾海裏距離，引入衛星導航技術後，可以走曲線，就是把直線掰彎，可以節省大量空域。
“深圳借助技術提升，現有空域是可以滿足第三跑道需求的。問題是香港方面要占用深圳的資源。 ”深圳交委港航處一位前負責人表示。他曾長期參與規劃協調。
有香港媒體報道，若深圳不願讓出空域，未來機場“三跑道”系統每小時最多只能處理85至90架次升降，而非原本預計的102架次。
香港方面也試圖從其他方面提升，比如采用獨立混合（即單個跑道可獨立起飛降落）模式起降，但要想獨立混合起降，就要將大部分大嶼山山頂削掉，香港方面認爲這項工程很不現實。
香港機場現有的兩條平行跑道，其空域條件並不好，進、離場路線位于南北兩邊高地之間，淨空僅能滿足，沒有剩余空間，最初的總體規劃(包括近期和遠期)均未考慮第三條跑道。因而在跑道、航站樓、配套設施位置、構型和擴建靈活性等方面，都對第三條跑道建設准備不足。
香港要建第三跑道，提升起降能力，的確很有必要，問題是第三跑道的位置，建在了前兩條跑道北邊，要想運行得開，勢必要騰挪其他機場的空域。
如本文開頭深圳交委提到的，香港民航處正在研究制定珠三角空域中期規劃設計方案，該方案建議在香港情報區邊界西側（廣州情報區內）設置功能性空域區塊（FAB）。
這就是香港第三跑道，也從珠海機場空域內運作，才能滿足其需求。深圳、珠海、澳門機場的進離場都會受到影響。
協調
空域問題異常敏感，2015年之前，就有媒體多次報道深港空域沖突，香港民航處多次稱港深航道沖突之說屬無中生有。
香港方面稱有解決方案，其實只是一個框架性的協調機制。如香港方面所言，三方工作組自2004年成立至今，在內地、香港和澳門召開了超40次不同層面會議，交流相當頻繁。交流頻繁不意味著矛盾就能解決，上述香港民航處試圖向內地要空域解決矛盾的嘗試，就遭到深圳方面激烈反彈。
其實，香港方面也希望民航局盡早出面，給出深港空域管制問題的明確答複，不過2016年4月份中國民航局曾發出一個文件，民航局的答複僅表示下一步將繼續協調相關各方，著力從技術運行角度制定出既能滿足未來發展需求，又能促進本地區各機場共同發展且各方均能接受的空域方案。
“隱瞞的目的是爲了爲第三跑道早日上馬掃清障礙。”內地民航局有工作人員稱，香港方面有意識的掩飾與內地特別是深圳機場的矛盾，是希望快速推進，造成既成事實之後，向各方施壓。
香港第三跑道面臨環保等諸多壓力，經測算，如果晚建一年，總造價就會增加70億港元。
香港民航處2016年4月呈請給香港立法會的一份文件上， 香港民航處認爲， 三方早有空域協調解決機制，《二零零七年方案》已顧及香香港國際機場三跑道系統的運作需求，以及珠三角主要機場包括深圳第三跑道，廣州機場最終五條跑道的需求。香港機場三跑道循序實施各方均同意的方案，是最終達到每小時102架次航機升降目標的基礎。
《二零零七年方案》提到的解決方案之一是“空域代管”， 香港機場及深圳機場接近飛行情報區邊界，可通過“空域代管”安排，指定空管單位在指定空域部分內處理穿越該空域的航班，可使有限的空域資源得到充分利用。香港民航處還舉出兩個案例，新加坡和馬來西亞以及瑞士和德國都有成功先例。
不過這只是未來的一種設想，現在沒有解決方案，深港都在埋頭搞工程建設。
未來的難題反而會留給香港第三跑道，因爲深圳可以早建成早運營，如果要在這個基礎上改變就會增加困難程度。
深港爭建第三跑道背後：城市經濟命脈
一直以來，深圳機場和香港之間是有分工的。
深圳機場專注國內航線，香港機場專注國際航線，雙方相安無事好多年，還曾計劃建一條連接兩個機場的快軌，只需要23分鍾，但該計劃並沒有付諸實施。
在這種定位下，深圳機場一直沒有著力發展國際航線，但深圳經濟發展速度驚人，對外客運貨運需求都飛速發展，轉到香港都面臨著諸多不便。
定位不高，導致深圳民航發展遠遠落後于香港和廣州。由于國際網絡發展的弱勢，約85%的本地國際航空旅客不得不選擇經香港和廣州機場出港，本地旅行社組織的出境遊相當于廣州的兩倍，現在廣州都在准備建第四第五條跑道。
2016年3月深圳國際航空樞紐定位獲全國人大“十三五”規劃綱要批准。2016年8月26日深圳市委六屆三次全會指出，深圳在全國全省航空運行版圖中的實際地位不高，要求開通更多國際航線，爲集聚配置全球資源要素提供支撐，國際航線倍增計劃已開始實施，計劃到“十三五”末，深圳機場國際旅客吞吐量占比從目前的4%提升到10%。
隨著深圳開辟國際航線，香港機場已感受到危機，開始在深圳頻繁打廣告，深圳地鐵口都出現香港航班的廣告。
香港建第三跑道，是爲了維護國際航運樞紐的位置。這是香港少數幾個尚有競爭優勢的領域之一。
香港第三跑道施工期間將創造1.39萬個工作崗位，2030年可創造1.23萬個直接職位和16.5萬個間接崗位，每年增加300億港元收入。對于700萬人口的香港可謂舉足輕重。
香港機場年貨運量400多萬噸，是深圳的四倍，其中七成需求來自深圳，客運也有相當一部分來自深圳，深圳經濟規模已和香港相當，有衆多國際交流，國際航空主要靠香港。
深圳交委表示，深圳已成爲我國重要的高新技術研發和制造基地、國際貿易中心和經濟創新中心，産業發展深度參與全球分工，擁有華爲等高新技術企業4700家，在深投資的世界500強企業超過260家，國際交流頻繁，需要在更大範圍、更高層級集聚配置資源，特別是落戶寶安的國際會展中心和國際會議中心更是亟需洲際航線的支撐。
中國民航大學航空運輸經濟研究所所長李曉津認爲，深圳這麽多科技企業，科技企業就要求速度快，時間就是金錢，手機每天就有千分之一的貶值，轉道香港畢竟不如在深圳更方便，深圳機場能否提供高強度的快捷服務，關系到這些企業能否保持競爭力。
他同時表示，地方政府對航空有著非比尋常的重視，民航每産生1元的經濟增加值，可以轉化爲其他行業11元的增加值，
中山大學鄭天祥教授表示，過去深港兩地合作得很好，互相配合，現現在經濟發展了，國內有上億人次的出境需求。怎麽分配空域，應該由政府出面協調，地方博弈，最終多方滿意。
隨著香港工業轉移向珠三角，其海運地位已被深圳取代，目前航空運輸之所以還有優勢，是因爲金融業、旅遊業和貿易的需求，但香港經濟和人口增長有限，其航空運輸增量主要來自珠三角特別是深圳的需求。一旦深圳也要發展國際業務，勢必會削弱其地位。
關于香港第三跑道的選址，令深圳航空行業人士有不少猜測：
“實際上，深圳方面一開始就對香港機場的選址有異議，香港完全可以選擇一個對深圳影響比較小的位置， ”有業內人士稱。此外香港機場跑道方向與深圳和澳門機場呈90度角，這樣三個機場的航班升降就會互相制約。“香港很早就發展航空業，對技術的了解在國內是最早的。肯定明白機場跑道方向是有影響的。
內地方面通過提升技術挖掘潛力，也曾向香港推薦新的升降導航系統，事實上，雙方都使用廣州民航設計院的技術方案，但是香港方面並未采納內地方面的建議。
由此深圳不少業內人士猜測，香港方面目的是爲了在自己發展的同時限制深圳航空競爭力，“不然跑道建起來了，可能面臨客源不足的窘境”。
深圳現在拼命發展國際航班，力上第三跑道，是在努力爭取生存空間。