1949年中華人民共和國成立後，英殖民政府實行阻斷新馬與中國大陸往來的政策，使得新馬地區華文學校的師資來源及高中畢業生的升學渠道遭到了前所未有的困難。此外，英殖民政府大力推行英文至上、排斥華文教育的政策，試圖割斷華人華僑的文化認同感，也一直令南洋華僑界憂心忡忡。在這種背景情況下，1953年初，新加坡福建會館主席陳六使倡議創辦一所華文大學，並首捐500萬元，獲得東南亞各地華人的響應。他曾說“吾人爲維護華人文化之長存，實有創辦華人大學之必要。”福建會館將位于新加坡裕廊西的212公頃土地捐獻出來作爲校址，終于在公司法令下創辦成立了“南洋大學有限公司”。南大在同年7月26日由陳六使主持動土，兩年後竣工。
董事會最初擬聘曾任清華大學校長的梅贻琦出山，但後來聘請林語堂擔任第一任校長。但林語堂和董事會意見不和，又嫌南洋大學經費不夠，結果不歡而散。
1950年代至1960年代初，南洋大學在新加坡政府政策下得到發展。1958年4月23日，南洋大學學生會宣告成立。次年，《南洋大學法令》在新加坡議會獲得順利通過。1960年，第一屆本科學生順利畢業。
1950年以後東南亞的反共政治氣候和新加坡政府崇尚英文至上、認爲華文爲中國的媒介語而排斥華文教育的政策下，以華文爲主要教學語言的南洋大學，其畢業文憑不能得到平等待遇。
1959年，林有福政府宣布不承認南洋大學學位，導致政府與南大學生之間爆發了沖突。1960年代初，執政的人民行動黨內左派領袖集體退黨，成立社會主義陣線。人民行動黨認爲，社陣在各華校內發展組織甚至包括轉入地下的共産黨與政府對抗。1963年2月2日，新加坡政府開始冷藏行動，軍警事先無經校方同意，私自闖入校園，大肆逮捕學生。在爭執中，造成不少學生受傷，學生會召開大會，表示抗議。
1963年8月31日新加坡加入馬來亞，成立馬來西亞聯邦。9月21日李光耀領導的人民行動黨在州選中獲勝。9月22日晚，新政府尚未正式組閣，州政府便宣布褫奪南洋大學理事會主席陳六使的公民權。9月26日新加坡政府派軍警進入校園，剝奪《大學論壇》等六種刊物的出版權，逮捕五名在籍學生和七名畢業生。10月7日，南洋大學千余名學生集合到政府大廈前草地，向代總理杜進才呈遞請願書。1964年6月27日，三千名軍警進入校園，逮捕了五十余名學生，封閉南洋大學學生會，學生展開絕食抗議。7月29日，南洋大學學生再次分別在新加坡大坡和小坡請願，遊行隊伍被鎮暴軍警驅散。同時以校長吳德耀、文學院院長兼學生福利委員會主席嚴元章爲代表的校方也展開護衛南大的活動。這一系列沖突使新加坡政府下定決心要對南洋大學進行大規模改組。
1965年，王赓武課程審查委員會報告書正式發表，建議南洋大學改用英國式的三年普通學位學制及增設榮譽學位，以取代原來的四年本科制。1966年4月25日，新學制開始實施；作爲回報，政府于1968年5月25日宣布承認南洋大學學位。
1970年代，新加坡政府開始推行以英文爲第一語言（教學媒介用語），包括華語在內的母語爲第二語言的雙語教育政策，除了導致華文教育在新加坡沒落，也導致南洋大學的生源不斷減少，質量也急劇下降，許多畢業生出現就業困難。1975年3月14日，教育部長李昭銘兼任南洋大學校長，對南洋大學進行徹底的改制，除中國語文科外，各院系的教學媒介語從中英雙語改爲單用英語。1980年7月7日，南洋大學和新加坡大學並未存在合並事宜，以爲1981年該校頒發了最後一批文憑。並且新加坡政府多次考慮將該校從曆史上改寫爲和新加坡大學合並，或者南洋大學自1981年改名爲南洋理工大都受到了校友的強烈反對。
1980年8月16日，南洋大學舉行第二十一屆畢業典禮，從此走入曆史。1981年，在原南大校址建立了南洋理工學院，並在1992年發展爲現今的南洋理工大學。