都指揮使司爲明朝地區軍事總機構，長官有都指揮使1人（正二品）、都指揮同知2人（從二品）、都指揮佥事4人（正三品），設置有經曆司﹑斷事司﹑司獄司等3個職能機構，分別負責處理來往公文及刑獄之事。此外還有倉庫、草場大使、副使等掾屬。其中經曆司設經曆（正六品）、都事（正七品）；斷事司設斷事（正六品）、副斷事（正七品）；司獄司設司獄（從九品）。行都指揮使司，設官與都指揮使司相同。長官之中有一人統司事，稱掌印，簡稱都司，位次在布、按兩司之上。全國共設置了16個都指揮使司、5個行都指揮使司。《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五军都督府，而听命于兵部。”
都指揮使司可以協調一大片地區的軍務，統一管理。同時，它必須聽朝廷命令辦事。對于地方軍務，都指揮使司有很高的處置權。其中包括練兵、漕運、屯田，巡撫、以及軍隊內的刑獄等,這些事務都很重要。
都指揮使司以下設立“衛”，每個衛5600百人。都指揮使司能夠管轄的兵員數量，跟轄區內“衛”數量，有直接關系，沒有一個標准數字。
一般而言，邊地兵員會多于內地。因爲邊疆地區更容易爆發戰爭。明初時的陝西都指揮使司管轄著33個衛，而浙江都指揮使司只管轄20個衛。
都指揮使司擁有極大的地方權力。但是，也有很多限制。除了固定時間的巡撫監察，遇到一些重大事務，也不需要跟同級別的地方衙門商議。如果戰爭爆發，都指揮使司是沒有權力指揮作戰，需要讓位給朝廷臨時派遣的官員。
